SPARQLthon68

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2018年5月25日 (金) 03:30時点における版

第68回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。

目次 1 開催概要 2 プロジェクト 2.1 TPP グループ全体 2.1.1 H29〜 2.1.2 継続中（〜H30） 2.1.3 〜H29 2.2 SPARQLthon グループ 2.3 今後の予定 3 参考リンク 4 参加者

開催概要

• 開催期間：2018年 5月 24（木）- 25日（金）
• 開催場所：ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS) @ 東京大学 柏の葉キャンパス駅前 サテライト 6階
• アクセス：http://dbcls.rois.ac.jp/access
• 開催連絡：http://groups.google.com/group/biohackathon-jp メーリングリストにて
• NBDC RDFポータルでは5/25(金)10:00-13:00にディスクのメンテを行います。高負荷な作業は避けていただけると助かります。

プロジェクト

TPP グループ全体

H29〜

• データサイエンスを加速させる微生物統合データベースの高度実用化開発 (黒川) - http://microbedb.jp/
• 糖鎖科学ポータルの構築 (木下)
• 蛋白質構造データバンクのデータ検証高度化と統合化 (栗栖) - http://pdbj.org/
• 個体ゲノム時代に向けた植物ゲノム情報解析基盤の構築 (田畑) - http://pgdbj.jp/
• 疾患ヒトゲノム変異の生物学的機能注釈を目指した多階層オーミクスデータの統合 (菅野) - http://kero.hgc.jp/
• エピゲノミクス統合データベースの開発と機能拡充 (沖) - http://chip-atlas.org/
• ゲノム・疾患・医薬品のネットワークデータベース (金久) - http://www.kegg.jp/kegg/medicus/

継続中（〜H30）

• プロテオーム統合データベース：jPOST (石濱) - http://jpostdb.org/
• 生命動態システム科学のデータベースの統合化 (大浪)

〜H29

• 生命と環境のフェノーム統合データベース (桝屋)
• 生物種メタボロームモデル・データベースの構築 (有田)
• 個別化医療に向けたヒトゲノムバリエーションデータベース (徳永)

SPARQLthon グループ

• 画像メタデータの構築
  • http://metadb.riken.jp/metadb/db/clstMultimodalMicrostruct
  • OMEに準拠したイメージングオントロジーの構築

• 老化現象の解明に資する、オープンデータを体系的に利用した知識推論基盤の構築
  • GRASEの技術を使って老化関連データを検索する仕組みを構築、このためにRDFデータを収集
    • ChEBI から老化関連化合物を収集しRDFデータセットを作成

• SPARQL Endpointメタデータの収集、公開
  • 昨年度定義したメタデータに準拠したクローラを再構築、軽量化。https://github.com/LODSurfer/lodsurfer-metadata/tree/develop
  • 公開サイト構築準備
    • メタデータの閲覧、検索を行うツールとして実装。特に連合検索を行うLOD Surferに特化した機能を優先的に実装。

今後の予定

参考リンク

• これまでの SPARQLthon

参加者

• 片山俊明 (DBCLS)
• 川島秀一 (DBCLS)
• 坊農秀雅 (DBCLS)
• 内藤雄樹 (DBCLS)
• 山田一作 (野口研究所)
• 三浦信明（野口研究所）
• 山口敦子 (DBCLS)
• 岡別府陽子(MSS)
• 千葉啓和（DBCLS）
• 永野朗夫（penqe）24日のみ
• 平原麗華（penqe）24日のみ
• 小林紀郎 (理研)
• 山本泰智 (DBCLS)
• 大石直哉 (DOGRUN)
• 桝屋啓志 (理研BRC) 24日のみ
• 福山翼 (アクシオヘリックス）24日午後のみ：桝屋小林と打ち合わせ
• 五斗進（DBCLS）
• 櫛田達矢（NBDC）24日午後＆25日
• 仲里猛留 (DBCLS)
• Kuoka Thukaa (創価大学） 24日のみ
• sunmyoung Lee (創価大学） 24日のみ
• 藤澤貴智(遺伝研) 24日午後＆25日
• 守屋勇樹（DBCLS）
• 藤原豊史（DBCLS）
• 建石由佳（NBDC） 24日午後＆25日
• 畠中秀樹 (NBDC) 25日のみ