SPARQLthon68
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2018年5月25日 (金) 03:30時点における版
第68回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。
目次 |
開催概要
- 開催期間:2018年 5月 24(木)- 25日(金)
- 開催場所:ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS) @ 東京大学 柏の葉キャンパス駅前 サテライト 6階
- アクセス:http://dbcls.rois.ac.jp/access
- 開催連絡:http://groups.google.com/group/biohackathon-jp メーリングリストにて
- NBDC RDFポータルでは5/25(金)10:00-13:00にディスクのメンテを行います。高負荷な作業は避けていただけると助かります。
プロジェクト
TPP グループ全体
H29〜
- データサイエンスを加速させる微生物統合データベースの高度実用化開発 (黒川) - http://microbedb.jp/
- 糖鎖科学ポータルの構築 (木下)
- 蛋白質構造データバンクのデータ検証高度化と統合化 (栗栖) - http://pdbj.org/
- 個体ゲノム時代に向けた植物ゲノム情報解析基盤の構築 (田畑) - http://pgdbj.jp/
- 疾患ヒトゲノム変異の生物学的機能注釈を目指した多階層オーミクスデータの統合 (菅野) - http://kero.hgc.jp/
- エピゲノミクス統合データベースの開発と機能拡充 (沖) - http://chip-atlas.org/
- ゲノム・疾患・医薬品のネットワークデータベース (金久) - http://www.kegg.jp/kegg/medicus/
継続中(〜H30)
〜H29
- 生命と環境のフェノーム統合データベース (桝屋)
- 生物種メタボロームモデル・データベースの構築 (有田)
- 個別化医療に向けたヒトゲノムバリエーションデータベース (徳永)
SPARQLthon グループ
- 画像メタデータの構築
- http://metadb.riken.jp/metadb/db/clstMultimodalMicrostruct
- OMEに準拠したイメージングオントロジーの構築
- 老化現象の解明に資する、オープンデータを体系的に利用した知識推論基盤の構築
- GRASEの技術を使って老化関連データを検索する仕組みを構築、このためにRDFデータを収集
- ChEBI から老化関連化合物を収集しRDFデータセットを作成
- GRASEの技術を使って老化関連データを検索する仕組みを構築、このためにRDFデータを収集
- SPARQL Endpointメタデータの収集、公開
- 昨年度定義したメタデータに準拠したクローラを再構築、軽量化。https://github.com/LODSurfer/lodsurfer-metadata/tree/develop
- 公開サイト構築準備
- メタデータの閲覧、検索を行うツールとして実装。特に連合検索を行うLOD Surferに特化した機能を優先的に実装。
今後の予定
参考リンク
- これまでの SPARQLthon
参加者
- 片山俊明 (DBCLS)
- 川島秀一 (DBCLS)
- 坊農秀雅 (DBCLS)
- 内藤雄樹 (DBCLS)
- 山田一作 (野口研究所)
- 三浦信明(野口研究所)
- 山口敦子 (DBCLS)
- 岡別府陽子(MSS)
- 千葉啓和(DBCLS)
- 永野朗夫(penqe)24日のみ
- 平原麗華(penqe)24日のみ
- 小林紀郎 (理研)
- 山本泰智 (DBCLS)
- 大石直哉 (DOGRUN)
- 桝屋啓志 (理研BRC) 24日のみ
- 福山翼 (アクシオヘリックス)24日午後のみ:桝屋小林と打ち合わせ
- 五斗進(DBCLS)
- 櫛田達矢(NBDC)24日午後&25日
- 仲里猛留 (DBCLS)
- Kuoka Thukaa (創価大学) 24日のみ
- sunmyoung Lee (創価大学) 24日のみ
- 藤澤貴智(遺伝研) 24日午後&25日
- 守屋勇樹(DBCLS)
- 藤原豊史(DBCLS)
- 建石由佳(NBDC) 24日午後&25日
- 畠中秀樹 (NBDC) 25日のみ