SPARQLthon67

提供:TogoWiki

(版間での差分)
移動: 案内, 検索
(SPARQLthon グループ)
(SPARQLthon グループ)
78行: 78行:
** ロード速度は、13Mトリプル/分 くらい出た(並列化なしで)
** ロード速度は、13Mトリプル/分 くらい出た(並列化なしで)
** 接続数の制御が面倒で、制限にかかると止まってしまったり失敗したり [http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/index.php/BH12.12/SPARQLthon9/Virtuoso7]
** 接続数の制御が面倒で、制限にかかると止まってしまったり失敗したり [http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/index.php/BH12.12/SPARQLthon9/Virtuoso7]
-
** .dbファイルを消してやり直すと[http://wikis.openlinksw.com/SupportWeb/ApplyVIRTLic5Unix ライセンス適用処理]が必要になったり、煩わしい.
+
** .dbファイルを消してやり直すと[http://wikis.openlinksw.com/SupportWeb/ApplyVIRTLic5Unix ライセンス適用処理]が必要になったり、煩わしい..
 +
** うりは[https://medium.com/virtuoso-blog/magic-sets-and-custom-inference-rules-in-virtuoso-8-x-db783f8d98d2 Custom Inference Rules] なんですが、まだ試せていません..
* BioSample for everyone(川島秀、川島武、吉沢、山田、大田)
* BioSample for everyone(川島秀、川島武、吉沢、山田、大田)

2018年4月27日 (金) 08:27時点における版

第67回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。

目次

開催概要

プロジェクト

TPP グループ全体

(継続中)H30〜

(継続中)H29〜

(終了)〜H30

(終了)〜H29

SPARQLthon グループ

  • 新着論文レビュー機能拡張(小野・山本・大石・建石)
    • 論文追加時の更新に関する方針決め
    • 遺伝子名のMap:RefSeqを遺伝子名(Alias含む)で検索
  • Virtuoso8のテスト(千葉)
    • 購入したライセンスは 5 connections, 16 cores (最近、買い切り→1年更新に?)
    • インストール
    • ロード速度は、13Mトリプル/分 くらい出た(並列化なしで)
    • 接続数の制御が面倒で、制限にかかると止まってしまったり失敗したり [1]
    • .dbファイルを消してやり直すとライセンス適用処理が必要になったり、煩わしい..
    • うりはCustom Inference Rules なんですが、まだ試せていません..
  • BioSample for everyone(川島秀、川島武、吉沢、山田、大田)

今後の予定

  • 7/15-20 BH18.7 国内版バイオハッカソンBH18.7@徳島
  • 12/9-15 or 12/16-22 国際版BioHackathon 2018
    • 前後の学会
      • 9/5-7 生物工学会@関西大
      • 9/8-12 ECCB@Athens
      • 9/15-17 生物物理学会@岡山
      • 9/19-21 IIBMP@鶴岡
      • 9/27-29 がん学会@阪大
      • 9/30-10/3 HUPO(ヒトプロテオーム機構世界大会)@Orlando
      • 10/3-5 GA4GH@Basel
      • 10/4-5 トーゴーの日
      • 10/9-11 CBI年会@船堀
      • 10/10-13 人類遺伝学会@横浜
      • 10/16-20 ASHG@San Diego
      • 10/17-19 メタボローム・シンポジウム@鶴岡
      • 11/12-16 EU ELIXIR BioHackathon@Paris
      • 11/26-28 JIST@淡路島
      • 11/28-30 分子生物学会@横浜
      • 12/3-6 SWAT4HCLS@Antwerp
    • 現在の候補地
    • その他
      • 新潟 月岡温泉 https://www.senkei.com/
      • 新穂高
      • ニセコ、洞爺湖、支笏湖
      • 秋田
      • 鹿児島
      • 高知
      • 沖縄
      • 富士山
      •  :

参考リンク

参加者

  • 片山俊明 (DBCLS)
  • 川島秀一 (DBCLS)
  • 守屋勇樹 (DBCLS)
  • 川島武士 (NIG)
  • 山口敦子 (DBCLS)
  • 山本泰智 (DBCLS)
  • 岡別府陽子 (MSS)
  • 千葉啓和(DBCLS)
  • 山田一作(野口研究所)26日午後(15時頃までには着く予定)〜27日
  • 大田達郎(DBCLS)
  • 坊農秀雅(DBCLS)
  • 仲里猛留(DBCLS)
  • 内藤雄樹(DBCLS) 26日のみ
  • 小野浩雅(DBCLS)
  • 大石直哉(dogrun)
  • 永野朗夫(penqe)
  • 中庭めぐみ(penqe)
  • 平原麗華(penqe)
  • 吉沢明康(京都大学)
  • 内山郁夫(基生研)
  • 加藤雅樹(基生研)
  • 西出浩世(基生研)
  • 三原基広(ダイナコム)
  • 五斗進(DBCLS)
  • 建石由佳(NBDC)26日午後のみ
  • 櫛田達矢(NBDC)27日のみ
  • 新町大輔 (sparqlite) 26日のみ
  • 木下聖子(創価大)26日のみ
  • Kuoka Thukaa (創価大学) 26日のみ
  • 小野多美子(創価大)26日のみ
  • 塩田正明(創価大)26日のみ
  • 久米慧嗣(理研BDR)26日のみ
  • 佐藤大輔(レベルファイブ)
  • 藤原豊史 (DBCLS)
  • 田中聡 (Trans-IT) 27日のみ
  • 藤澤貴智(遺伝研)26日のみ
  • 三橋信孝(NBDC)27日のみ
個人用ツール