SPARQLthon67

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*  物質循環を考慮したメタボロミクス情報基盤 (有田) - http://www.massbank.jp/
*  物質循環を考慮したメタボロミクス情報基盤 (有田) - http://www.massbank.jp/
* プロテオームデータベースの機能深化と連携基盤強化(石濱)- https://jpostdb.org/
* プロテオームデータベースの機能深化と連携基盤強化(石濱)- https://jpostdb.org/
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** スタンザの改良(守屋)
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*** [http://db-dev.jpostdb.org/ts/stanza/proteoform_browser/help.html Proteoform 可視化スタンザ]:isoform 間の比較、ペプチド揃え
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*** [http://db-dev.jpostdb.org/ts/stanza/slice_comparison/help.html 変動解析スタンザ]:変動しているペプチドの可視化
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** RDF を ftp で公開して、portal に渡す準備
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** スキーマ図修正
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*** draw.io 死ね
==== (継続中)H29〜 ====
==== (継続中)H29〜 ====
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* [https://research-er.jp/projects/view/965235 エピゲノミクス統合データベースの開発と機能拡充] (沖) - http://chip-atlas.org/
* [https://research-er.jp/projects/view/965235 エピゲノミクス統合データベースの開発と機能拡充] (沖) - http://chip-atlas.org/
* [https://research-er.jp/projects/view/965236 ゲノム・疾患・医薬品のネットワークデータベース] (金久) - http://www.kegg.jp/kegg/medicus/
* [https://research-er.jp/projects/view/965236 ゲノム・疾患・医薬品のネットワークデータベース] (金久) - http://www.kegg.jp/kegg/medicus/
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** RDF 化、スキーマ図作成(五斗)
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==== 〜H30 ====
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==== (終了)〜H30 ====
* [[TPP-ishihama|プロテオーム統合データベース:jPOST]] (石濱) - http://jpostdb.org/
* [[TPP-ishihama|プロテオーム統合データベース:jPOST]] (石濱) - http://jpostdb.org/
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** ↑終わってから気付いたが、テーマ名は正しくは「プロテオーム統合データベースの構築」だった
 
* [[TPP-onami|生命動態システム科学のデータベースの統合化]] (大浪)
* [[TPP-onami|生命動態システム科学のデータベースの統合化]] (大浪)
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==== 〜H29 ====
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==== (終了)〜H29 ====
* [[TPP-masuya|生命と環境のフェノーム統合データベース]] (桝屋)
* [[TPP-masuya|生命と環境のフェノーム統合データベース]] (桝屋)
* [[TPP-arita|生物種メタボロームモデル・データベースの構築]] (有田)
* [[TPP-arita|生物種メタボロームモデル・データベースの構築]] (有田)
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**** http://dev.togogenome.org/rest/hgnc_to_seq_hg38 (hg38)
**** http://dev.togogenome.org/rest/hgnc_to_seq_hg38 (hg38)
*** ENST のトランスクリプトごとに Ensembl REST API で配列を取得するか、RefSeq の location だけ取得して座標変換するか悩ましいところ
*** ENST のトランスクリプトごとに Ensembl REST API で配列を取得するか、RefSeq の location だけ取得して座標変換するか悩ましいところ
-
**** https://rest.ensembl.org/archive/id/ENST00000254846.5?content-type=application/json
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**** https://rest.ensembl.org/sequence/id/ENST00000254846?content-type=text/x-fasta;type=cdna
** 変異サマリを表示するようなスタンザの開発
** 変異サマリを表示するようなスタンザの開発
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*** http://dev.togogenome.org/rest/hgnc_to_togovar_with_clinvar
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*** https://www.asahi.com/articles/ASL4R6SXTL4RULBJ013.html
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<pre>
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rs671 12 112241766 GG
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rs2066702 4 100229017 GG
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</pre>
* 新着論文レビュー機能拡張(小野・山本・大石・建石)
* 新着論文レビュー機能拡張(小野・山本・大石・建石)
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**https://www.openmicroscopy.org/events/13th-annual-users-meeting-2018.html
**https://www.openmicroscopy.org/events/13th-annual-users-meeting-2018.html
-
* MONDO調査(藤原)
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* MONDO調査(藤原)少し更新:2018/4/27
** https://docs.google.com/presentation/d/1tkpOeF5DHohc3D-Lz3uho2WgVGMaEwdRNG2eChfjOGo/edit?usp=sharing
** https://docs.google.com/presentation/d/1tkpOeF5DHohc3D-Lz3uho2WgVGMaEwdRNG2eChfjOGo/edit?usp=sharing
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* SPARQLエンドポイント実装調査(山本)
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** 引っ越しました。[[SPARQLthon/SPARQL11test]]
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** [https://www.wikidata.org/wiki/Wikidata:WikidataCon_2017 WikidataCon 2017]で紹介されていた[http://tinyurl.com/ydb5docl Wikidataへのサンプルクエリ]に「%」から始まる変数があって、それは何だろうと調べると、[https://wiki.blazegraph.com/wiki/index.php/NamedSubquery ANZO SPARQL Extension]という拡張で、Named Subqueryという機能があり、特定のクエリを変数化して適宜呼び出せるようです。
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* Virtuoso8のテスト(千葉)
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** 購入したライセンスは [https://virtuoso.openlinksw.com/offers 5 connections, 16 cores] (最近、買い切り→1年更新に?)
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** [http://wikis.openlinksw.com/VirtuosoWikiWeb/VirtuosoInstallUnixPE#this インストール]
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** ロード速度は、13Mトリプル/分 くらい出ていた(並列化なしで)
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** 接続数の制御が面倒で、制限にかかると止まってしまったり失敗したり [http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/index.php/BH12.12/SPARQLthon9/Virtuoso7]
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** うりは[https://medium.com/virtuoso-blog/magic-sets-and-custom-inference-rules-in-virtuoso-8-x-db783f8d98d2 Custom Inference Rules] なんですが、まだ試せていません..
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* BioSample for everyone(川島秀、川島武、吉沢、山田、大田)
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** BioSample に、DNA配列のサンプル以外のサンプル(プロテオーム、メタボローム、糖鎖等)も登録したらいいのではないか、という話
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*** 参考: [https://www.omicsdi.org/ OmicsDI]
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** DDBJ管轄でないレポジトリに登録されるサンプル情報について、DDBJが受け入れるかどうかはセンター全体での意思決定が必要とのこと
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** 参考: 既存の BIoSample package
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*** https://docs.google.com/spreadsheets/d/1AEmg0m_QSpYssc63JshGLbh368O3T2lFy06ZDRRM_no/edit?usp=sharing
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* 分子の名前のリスト - 分子(糖鎖)の構造と分子の名前のRDFを整理し、名前から構造を検索できるようにしたい。(山田)
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** CHEMBL, CHEBIから chembl_23.0_molecule.ttl.gz, chebi.owl.gz をダウンロードし、Virtuosoにロード。SPARQLで名前を取得。
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*** CHEMBL: http://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/chembl/ChEMBL-RDF/23.0/
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*** CHEBI: ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/chebi/ontology/
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<pre>
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# CHEMBL
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prefix skos: <http://www.w3.org/2004/02/skos/core#>
 +
 +
select distinct ?prefLabel ?altLabel
 +
from <http://rdf.glycoinfo.org/chembl>
 +
{
 +
#?chembl_molecule a ?type .
 +
?chembl_molecule a <http://rdf.ebi.ac.uk/terms/chembl#Oligosaccharide> .
 +
?chembl_molecule skos:prefLabel ?prefLabel .
 +
    MINUS {
 +
?chembl_molecule skos:prefLabel ?prefLabel .
 +
        FILTER( contains(?prefLabel, 'CHEMBL' ) )
 +
    }
 +
    OPTIONAL {
 +
    ?chembl_molecule skos:altLabel ?altLabel .
 +
    }
 +
}
 +
 +
# CHEBI
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select distinct str (?o) as ?name
 +
from <http://rdf.glycoinfo.org/chebi-owl>
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where {
 +
?s <http://www.geneontology.org/formats/oboInOwl#hasExactSynonym>|<http://www.geneontology.org/formats/oboInOwl#hasRelatedSynonym> ?o .
 +
}
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</pre>
=== 今後の予定 ===
=== 今後の予定 ===
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* 3/19-23 [https://github.com/dbcls/rdfsummit3/wiki RDF summit 3]@京都
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 +
* 7/15-20 [[BH18.7]] 国内版バイオハッカソンBH18.7@徳島
 +
* 12/9-15 or 12/16-22 国際版BioHackathon 2018
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** 前後の学会
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*** 9/5-7 生物工学会@関西大
 +
*** 9/8-12 ECCB@Athens
 +
*** 9/15-17 生物物理学会@岡山
 +
*** 9/19-21 IIBMP@鶴岡
 +
*** 9/27-29 がん学会@阪大
 +
*** 9/30-10/3 HUPO(ヒトプロテオーム機構世界大会)@Orlando
 +
*** 10/3-5 GA4GH@Basel
 +
*** 10/4-5 トーゴーの日
 +
*** 10/9-11 CBI年会@船堀
 +
*** 10/10-13 人類遺伝学会@横浜
 +
*** 10/16-20 ASHG@San Diego
 +
*** 10/17-19 メタボローム・シンポジウム@鶴岡
 +
*** 11/12-16 EU ELIXIR BioHackathon@Paris
 +
*** 11/26-28 JIST@淡路島
 +
*** 11/28-30 分子生物学会@横浜
 +
*** 12/3-6 SWAT4HCLS@Antwerp
 +
** 現在の候補地
 +
*** 12/16-22 岡山 瀬戸大橋 鷲羽ハイランド http://hailand.co.jp/
 +
*** 12/9-15 島根 松江 ホテル一畑 https://www.ichibata.co.jp/hotel/
 +
*** 12/9-15 or 12/16-22 新潟 越後湯沢 湯沢ニューオータニ https://www.yuzawa-newotani.jp/
 +
** その他
 +
*** 高知
 +
**** 高知会館 https://www.kourituyasuragi.jp/kochi/
 +
**** 高知サンライズホテル https://kochi-sunrise.com/
 +
**** クラウンパレス新阪急高知 https://www.crownpalais.jp/kochi/
 +
**** 城西館 https://www.jyoseikan.co.jp/
 +
*** 新潟 月岡温泉 https://www.senkei.com/
 +
*** 新穂高
 +
*** ニセコ、洞爺湖、支笏湖
 +
*** 秋田
 +
*** 鹿児島
 +
*** 沖縄
 +
*** 富士山
 +
*** :
== 参考リンク ==
== 参考リンク ==
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* 田中聡 (Trans-IT) 27日のみ
* 田中聡 (Trans-IT) 27日のみ
* 藤澤貴智(遺伝研)26日のみ
* 藤澤貴智(遺伝研)26日のみ
 +
* 三橋信孝(NBDC)27日のみ
 +
* 畠中秀樹 (NBDC) 27日午後のみ

2018年5月25日 (金) 00:54時点における最新版

第67回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。

目次

開催概要

プロジェクト

TPP グループ全体

(継続中)H30〜

(継続中)H29〜

(終了)〜H30

(終了)〜H29

SPARQLthon グループ

rs671	12	112241766	GG
rs2066702	4	100229017	GG
  • 新着論文レビュー機能拡張(小野・山本・大石・建石)
    • 論文追加時の更新に関する方針決め
    • 遺伝子名のMap:RefSeqを遺伝子名(Alias含む)で検索
  • Virtuoso8のテスト(千葉)
    • 購入したライセンスは 5 connections, 16 cores (最近、買い切り→1年更新に?)
    • インストール
    • ロード速度は、13Mトリプル/分 くらい出ていた(並列化なしで)
    • 接続数の制御が面倒で、制限にかかると止まってしまったり失敗したり [1]
    • うりはCustom Inference Rules なんですが、まだ試せていません..
  • BioSample for everyone(川島秀、川島武、吉沢、山田、大田)
# CHEMBL
prefix skos: <http://www.w3.org/2004/02/skos/core#>

select distinct ?prefLabel ?altLabel
from <http://rdf.glycoinfo.org/chembl>
{
	#?chembl_molecule a ?type .
	?chembl_molecule a <http://rdf.ebi.ac.uk/terms/chembl#Oligosaccharide> .
	?chembl_molecule skos:prefLabel ?prefLabel .
    MINUS {
		?chembl_molecule skos:prefLabel ?prefLabel .
        FILTER( contains(?prefLabel, 'CHEMBL' ) )
    }
    OPTIONAL {
    ?chembl_molecule skos:altLabel ?altLabel .
    }
}

# CHEBI
select distinct str (?o) as ?name
from <http://rdf.glycoinfo.org/chebi-owl>
where {
 ?s <http://www.geneontology.org/formats/oboInOwl#hasExactSynonym>|<http://www.geneontology.org/formats/oboInOwl#hasRelatedSynonym> ?o .
}

今後の予定

  • 7/15-20 BH18.7 国内版バイオハッカソンBH18.7@徳島
  • 12/9-15 or 12/16-22 国際版BioHackathon 2018
    • 前後の学会
      • 9/5-7 生物工学会@関西大
      • 9/8-12 ECCB@Athens
      • 9/15-17 生物物理学会@岡山
      • 9/19-21 IIBMP@鶴岡
      • 9/27-29 がん学会@阪大
      • 9/30-10/3 HUPO(ヒトプロテオーム機構世界大会)@Orlando
      • 10/3-5 GA4GH@Basel
      • 10/4-5 トーゴーの日
      • 10/9-11 CBI年会@船堀
      • 10/10-13 人類遺伝学会@横浜
      • 10/16-20 ASHG@San Diego
      • 10/17-19 メタボローム・シンポジウム@鶴岡
      • 11/12-16 EU ELIXIR BioHackathon@Paris
      • 11/26-28 JIST@淡路島
      • 11/28-30 分子生物学会@横浜
      • 12/3-6 SWAT4HCLS@Antwerp
    • 現在の候補地
    • その他

参考リンク

参加者

  • 片山俊明 (DBCLS)
  • 川島秀一 (DBCLS)
  • 守屋勇樹 (DBCLS)
  • 川島武士 (NIG)
  • 山口敦子 (DBCLS)
  • 山本泰智 (DBCLS)
  • 岡別府陽子 (MSS)
  • 千葉啓和(DBCLS)
  • 山田一作(野口研究所)26日午後(15時頃までには着く予定)〜27日
  • 大田達郎(DBCLS)
  • 坊農秀雅(DBCLS)
  • 仲里猛留(DBCLS)
  • 内藤雄樹(DBCLS) 26日のみ
  • 小野浩雅(DBCLS)
  • 大石直哉(dogrun)
  • 永野朗夫(penqe)
  • 中庭めぐみ(penqe)
  • 平原麗華(penqe)
  • 吉沢明康(京都大学)
  • 内山郁夫(基生研)
  • 加藤雅樹(基生研)
  • 西出浩世(基生研)
  • 三原基広(ダイナコム)
  • 五斗進(DBCLS)
  • 建石由佳(NBDC)26日午後のみ
  • 櫛田達矢(NBDC)27日のみ
  • 新町大輔 (sparqlite) 26日のみ
  • 木下聖子(創価大)26日のみ
  • Kuoka Thukaa (創価大学) 26日のみ
  • 小野多美子(創価大)26日のみ
  • 塩田正明(創価大)26日のみ
  • 久米慧嗣(理研BDR)26日のみ
  • 佐藤大輔(レベルファイブ)
  • 藤原豊史 (DBCLS)
  • 田中聡 (Trans-IT) 27日のみ
  • 藤澤貴智(遺伝研)26日のみ
  • 三橋信孝(NBDC)27日のみ
  • 畠中秀樹 (NBDC) 27日午後のみ
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