SPARQLthon66

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* [https://research-er.jp/projects/view/965239 データサイエンスを加速させる微生物統合データベースの高度実用化開発] (黒川) - http://microbedb.jp/
* [https://research-er.jp/projects/view/965239 データサイエンスを加速させる微生物統合データベースの高度実用化開発] (黒川) - http://microbedb.jp/
* [http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/TPP2-kinoshita 糖鎖科学ポータルの構築] (木下)
* [http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/TPP2-kinoshita 糖鎖科学ポータルの構築] (木下)
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** 糖タンパク質のビュアーがだいたいできた(ズカさん)
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** 糖タンパク質の一覧を表示する(ファセット検索可能な)ウェブ画面を検討した(ズカさん、木下、山田)
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*** SPARQL文をひたすら作った(ズカさん)
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** アンケートの英語版の英文を直した(木下)
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** 明日やりたいこと:
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*** 糖鎖遺伝子とMicrobeDBゲノムとの連携
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*** 糖鎖遺伝子のSNP解析
* [https://research-er.jp/projects/view/965238 蛋白質構造データバンクのデータ検証高度化と統合化] (栗栖) - http://pdbj.org/
* [https://research-er.jp/projects/view/965238 蛋白質構造データバンクのデータ検証高度化と統合化] (栗栖) - http://pdbj.org/
* [https://research-er.jp/projects/view/965241 個体ゲノム時代に向けた植物ゲノム情報解析基盤の構築] (田畑) - http://pgdbj.jp/
* [https://research-er.jp/projects/view/965241 個体ゲノム時代に向けた植物ゲノム情報解析基盤の構築] (田畑) - http://pgdbj.jp/

2018年3月15日 (木) 07:39時点における版

第66回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。

目次

開催概要

プロジェクト

TPP グループ全体

H29〜

** 糖タンパク質のビュアーがだいたいできた(ズカさん)

継続中(〜H30)

〜H29

SPARQLthon グループ

  • いろいろ(守屋)
    • SPARQList 外部API連携例
    • d3.js と togostanza (JS 版) 問題
      • _header.html で d3.js を呼んで、element 上のマウス相対座標を取得する d3.mouse() を呼ぶスタンザを複数同じページに配置するというかなり特殊な状況で、Webkit 系ブラウザで conflict する。Firefox ではしない
        • 解決法1:親ページで d3.js を1回だけ呼ぶか、片方の _header.html だけで呼ぶ(Stanza単体では動かなくなる)
        • 解決法2:d3.mouse() を使わずにマウス相対座標を取得する
    • virtuoso 今月のバグ
      • RDFを virtuoso に import 直後の状態で、VALUES で変数代入の挙動がおかしくなる現象(代入されない)
        • 解決法:virtuoso 再起動で正常になる
      • OPTIONAL で入れた変数を DISTINCT したとき、挙動がおかしい(Query)。
        • 解決法:もう一度 SELECT で囲む(Query
        • CLEAR GRAPH を失敗している可能性を指摘されたので、今後調べる

今後の予定

参考リンク

参加者

  • 片山俊明 (DBCLS)
  • 川島秀一 (DBCLS)
  • 坊農秀雅 (DBCLS) 15日のみ
  • 山本泰智 (DBCLS)
  • 山口敦子 (DBCLS)
  • 岡別府陽子 (MSS)
  • 岡本忍(DBCLS)(予定)
  • 守屋勇樹 (DBCLS)
  • 吉沢明康 (京都大学)
  • 永野朗夫 (penqe)
  • 中庭めぐみ (penqe)
  • 平原麗華 (penqe)
  • 千葉啓和 (DBCLS)
  • 嶋田健一 (Harvard)
  • 小野浩雅 (DBCLS)
  • 仲里猛留 (DBCLS)
  • 内藤雄樹 (DBCLS)
  • 大田達郎 (DBCLS)
  • 藤原豊史 (DBCLS)
  • 大石直哉 (dogrun)
  • 藤澤貴智(遺伝研)15日のみ
  • 山田一作(野口研究所)15日のみ (予定)
  • 木下聖子(創価大学)
  • Thukaa Kuoka(創価大学)
  • 佐藤大輔(レベルファイブ)
  • 若栗浩幸(BITS)
  • 櫛田達矢(NBDC)16日のみ
  • 田中聡 (Trans-IT)
  • 内藤雄樹 (DBCLS)
  • 三橋信孝 (NBDC) 16日のみ
  • 桝屋啓志 (理研BRC) 16日のみ
  • 臼田大輝 (理研BRC) 16日のみ
  • 森宙史(遺伝研)15日のみ
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