SPARQLthon66

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* [https://research-er.jp/projects/view/965239 データサイエンスを加速させる微生物統合データベースの高度実用化開発] (黒川) - http://microbedb.jp/
* [https://research-er.jp/projects/view/965239 データサイエンスを加速させる微生物統合データベースの高度実用化開発] (黒川) - http://microbedb.jp/
* [http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/TPP2-kinoshita 糖鎖科学ポータルの構築] (木下)
* [http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/TPP2-kinoshita 糖鎖科学ポータルの構築] (木下)
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** 糖タンパク質のビュアーがだいたいできた(ズカさん)
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** 糖タンパク質の一覧を表示する(ファセット検索可能な)ウェブ画面を検討した(ズカさん、木下、山田)
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*** [https://docs.google.com/document/d/1GoMdaLFIRrZUSDrBnwlgTMYXVqv5-iQLJWdwl5v46CE/edit?usp=sharing SPARQL]文をひたすら作った(ズカさん)
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** アンケートの英語版の英文を直した(木下)
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** 金曜日:
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*** PubAnnotationを使ってGlyTouCanに登録されているIUPAC文字列のアノテーションをしはじめた
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*** 糖鎖遺伝子のバリアント解析
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*** できなかった:
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**** 糖鎖遺伝子とMicrobeDBゲノムとの連携
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**** 糖鎖遺伝子とPGDBjとの連携の可能性も検討したい
* [https://research-er.jp/projects/view/965238 蛋白質構造データバンクのデータ検証高度化と統合化] (栗栖) - http://pdbj.org/
* [https://research-er.jp/projects/view/965238 蛋白質構造データバンクのデータ検証高度化と統合化] (栗栖) - http://pdbj.org/
* [https://research-er.jp/projects/view/965241 個体ゲノム時代に向けた植物ゲノム情報解析基盤の構築] (田畑) - http://pgdbj.jp/
* [https://research-er.jp/projects/view/965241 個体ゲノム時代に向けた植物ゲノム情報解析基盤の構築] (田畑) - http://pgdbj.jp/
* [https://research-er.jp/projects/view/965240 疾患ヒトゲノム変異の生物学的機能注釈を目指した多階層オーミクスデータの統合] (菅野) - http://kero.hgc.jp/
* [https://research-er.jp/projects/view/965240 疾患ヒトゲノム変異の生物学的機能注釈を目指した多階層オーミクスデータの統合] (菅野) - http://kero.hgc.jp/
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** ChIP-atlasとKEROの連携機能についての可能性を探るための準備(若栗)
* [https://research-er.jp/projects/view/965235 エピゲノミクス統合データベースの開発と機能拡充] (沖) - http://chip-atlas.org/
* [https://research-er.jp/projects/view/965235 エピゲノミクス統合データベースの開発と機能拡充] (沖) - http://chip-atlas.org/
* [https://research-er.jp/projects/view/965236 ゲノム・疾患・医薬品のネットワークデータベース] (金久) - http://www.kegg.jp/kegg/medicus/
* [https://research-er.jp/projects/view/965236 ゲノム・疾患・医薬品のネットワークデータベース] (金久) - http://www.kegg.jp/kegg/medicus/
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==== 継続中(〜H30) ====
==== 継続中(〜H30) ====
* [[TPP-ishihama|プロテオーム統合データベース:jPOST]] (石濱) - http://jpostdb.org/
* [[TPP-ishihama|プロテオーム統合データベース:jPOST]] (石濱) - http://jpostdb.org/
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** 3月26日DB公開!!(予定!!!)
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** DB構築中:http://globe.jpostdb.org/
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** DBのHELP草稿を執筆ちう(にほんごでだ)
* [[TPP-onami|生命動態システム科学のデータベースの統合化]] (大浪)
* [[TPP-onami|生命動態システム科学のデータベースの統合化]] (大浪)
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=== SPARQLthon グループ ===
=== SPARQLthon グループ ===
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* いろいろ(守屋)
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** [http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/SPARQList#fetch SPARQList 外部API連携例]
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** d3.js と togostanza (JS 版) 問題
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*** _header.html で d3.js を呼んで、element 上のマウス相対座標を取得する d3.mouse() を呼ぶスタンザを複数同じページに配置するというかなり特殊な状況で、Webkit 系ブラウザで conflict する。Firefox ではしない
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**** 解決法1:親ページで d3.js を1回だけ呼ぶか、片方の _header.html だけで呼ぶ(Stanza単体では動かなくなる)
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**** 解決法2:d3.mouse() を使わずにマウス相対座標を取得する
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** virtuoso 今月のバグ
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*** RDFを virtuoso に import 直後の状態で、VALUES で変数代入の挙動がおかしくなる現象(代入されない)
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**** 解決法:virtuoso 再起動で正常になる
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*** OPTIONAL で入れた変数を DISTINCT したとき、挙動がおかしい([http://sparql-support.dbcls.jp/?query=DEFINE%20sql%3Aselect-option%20%22order%22%0APREFIX%20rdf%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fwww.w3.org%2F1999%2F02%2F22-rdf-syntax-ns%23%3E%0APREFIX%20rdfs%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fwww.w3.org%2F2000%2F01%2Frdf-schema%23%3E%0APREFIX%20jpo%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Frdf.jpostdb.org%2Fontology%2Fjpost.owl%23%3E%0APREFIX%20dct%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fpurl.org%2Fdc%2Fterms%2F%3E%0APREFIX%20faldo%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fbiohackathon.org%2Fresource%2Ffaldo%23%3E%0APREFIX%20%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Frdf.jpostdb.org%2Fentry%2F%3E%0ASELECT%20DISTINCT%20%3Fmodification%20%3Fposition%0AWHERE%20%7B%0A%20%20%3ADS201_1%20jpo%3AhasProtein%2Fjpo%3AhasPeptideEvidence%2Fjpo%3AhasPeptide%2Fjpo%3AhasPsm%20%3Fpsm%20.%0A%20%20%3Fpsm%20dct%3Aidentifier%20%3Fpsm_id%20.%0A%20%20%3Fpsm%20jpo%3AhasModification%20%3Fmod_blank%20.%0A%20%20%3Fmod_blank%20a%20%3Fmod%20.%0A%20%20OPTIONAL%20%7B%20%3Fmod_blank%20faldo%3Alocation%2Ffaldo%3Aposition%20%3Fposition%20.%20%7D%0A%20%20FILTER%20(%3Fmod%20!%3D%20jpo%3AModification)%0A%20%20%3Fmod%20rdfs%3Alabel%20%3Fmodification%20.%0A%7D%0AORDER%20BY%20%3Fmodification%20%0AOFFSET%200%0ALIMIT%20100&endpoint=http://tools.jpostdb.org/proxy/sparql Query])。
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**** 解決法:もう一度 SELECT で囲む([http://sparql-support.dbcls.jp/?query=DEFINE%20sql%3Aselect-option%20%22order%22%0APREFIX%20rdf%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fwww.w3.org%2F1999%2F02%2F22-rdf-syntax-ns%23%3E%0APREFIX%20rdfs%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fwww.w3.org%2F2000%2F01%2Frdf-schema%23%3E%0APREFIX%20jpo%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Frdf.jpostdb.org%2Fontology%2Fjpost.owl%23%3E%0APREFIX%20dct%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fpurl.org%2Fdc%2Fterms%2F%3E%0APREFIX%20faldo%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fbiohackathon.org%2Fresource%2Ffaldo%23%3E%0APREFIX%20%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Frdf.jpostdb.org%2Fentry%2F%3E%0ASELECT%20DISTINCT%20%3Fmodification%20%3Fposition%0AWHERE%20%7B%0A%20%20%7B%0A%20%20%20%20SELECT%20DISTINCT%20%3Fmodification%20%3Fposition%0A%20%20%20%20WHERE%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%3ADS201_1%20jpo%3AhasProtein%2Fjpo%3AhasPeptideEvidence%2Fjpo%3AhasPeptide%2Fjpo%3AhasPsm%20%3Fpsm%20.%0A%20%20%20%20%20%20%3Fpsm%20dct%3Aidentifier%20%3Fpsm_id%20.%0A%20%20%20%20%20%20%3Fpsm%20jpo%3AhasModification%20%3Fmod_blank%20.%0A%20%20%20%20%20%20%3Fmod_blank%20a%20%3Fmod%20.%0A%20%20%20%20%20%20OPTIONAL%20%7B%20%3Fmod_blank%20faldo%3Alocation%2Ffaldo%3Aposition%20%3Fposition%20.%20%7D%0A%20%20%20%20%20%20FILTER%20(%3Fmod%20!%3D%20jpo%3AModification)%0A%20%20%20%20%20%20%3Fmod%20rdfs%3Alabel%20%3Fmodification%20.%0A%20%20%20%20%7D%0A%20%20%7D%0A%7D%0AORDER%20BY%20%3Fmodification%20%0AOFFSET%200%0ALIMIT%20100&endpoint=http://tools.jpostdb.org/proxy/sparql Query])
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**** CLEAR GRAPH を失敗している可能性を指摘されたので、今後調べる
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** [http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/SPARQL-proxy#SPARQL.E3.83.91.E3.83.BC.E3.82.B9.E9.96.A2.E9.80.A3 SPARQL-proxy tips]
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* Quanto の RDF を修正しました、元データ書き換え中 https://github.com/inutano/quanto-rdf (おおた)
=== 今後の予定 ===
=== 今後の予定 ===
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* 片山俊明 (DBCLS)
* 片山俊明 (DBCLS)
* 川島秀一 (DBCLS)
* 川島秀一 (DBCLS)
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* 坊農秀雅 (DBCLS)
+
* 坊農秀雅 (DBCLS) 15日のみ
* 山本泰智 (DBCLS)
* 山本泰智 (DBCLS)
* 山口敦子 (DBCLS)
* 山口敦子 (DBCLS)
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* 大石直哉 (dogrun)
* 大石直哉 (dogrun)
* 藤澤貴智(遺伝研)15日のみ
* 藤澤貴智(遺伝研)15日のみ
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* 山田一作(野口研究所)15日のみ (予定)
+
* 山田一作(野口研究所)15日のみ
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* 木下聖子(創価大学)
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* Thukaa Kuoka(創価大学)
 +
* 佐藤大輔(レベルファイブ)
 +
* 若栗浩幸(BITS)
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* 櫛田達矢(NBDC)16日のみ
 +
* 畠中秀樹 (NBDC) 16日午後のみ
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* 田中聡 (Trans-IT)
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* 三橋信孝 (NBDC) 16日のみ
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* 桝屋啓志 (理研BRC) 16日のみ
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* 臼田大輝 (理研BRC) 16日のみ
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* 森宙史(遺伝研)15日のみ

2018年3月16日 (金) 11:34時点における最新版

第66回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。

目次

開催概要

プロジェクト

TPP グループ全体

H29〜

継続中(〜H30)

〜H29

SPARQLthon グループ

  • いろいろ(守屋)
    • SPARQList 外部API連携例
    • d3.js と togostanza (JS 版) 問題
      • _header.html で d3.js を呼んで、element 上のマウス相対座標を取得する d3.mouse() を呼ぶスタンザを複数同じページに配置するというかなり特殊な状況で、Webkit 系ブラウザで conflict する。Firefox ではしない
        • 解決法1:親ページで d3.js を1回だけ呼ぶか、片方の _header.html だけで呼ぶ(Stanza単体では動かなくなる)
        • 解決法2:d3.mouse() を使わずにマウス相対座標を取得する
    • virtuoso 今月のバグ
      • RDFを virtuoso に import 直後の状態で、VALUES で変数代入の挙動がおかしくなる現象(代入されない)
        • 解決法:virtuoso 再起動で正常になる
      • OPTIONAL で入れた変数を DISTINCT したとき、挙動がおかしい(Query)。
        • 解決法:もう一度 SELECT で囲む(Query
        • CLEAR GRAPH を失敗している可能性を指摘されたので、今後調べる
    • SPARQL-proxy tips

今後の予定

参考リンク

参加者

  • 片山俊明 (DBCLS)
  • 川島秀一 (DBCLS)
  • 坊農秀雅 (DBCLS) 15日のみ
  • 山本泰智 (DBCLS)
  • 山口敦子 (DBCLS)
  • 岡別府陽子 (MSS)
  • 岡本忍(DBCLS)(予定)
  • 守屋勇樹 (DBCLS)
  • 吉沢明康 (京都大学)
  • 永野朗夫 (penqe)
  • 中庭めぐみ (penqe)
  • 平原麗華 (penqe)
  • 千葉啓和 (DBCLS)
  • 嶋田健一 (Harvard)
  • 小野浩雅 (DBCLS)
  • 仲里猛留 (DBCLS)
  • 内藤雄樹 (DBCLS)
  • 大田達郎 (DBCLS)
  • 藤原豊史 (DBCLS)
  • 大石直哉 (dogrun)
  • 藤澤貴智(遺伝研)15日のみ
  • 山田一作(野口研究所)15日のみ
  • 木下聖子(創価大学)
  • Thukaa Kuoka(創価大学)
  • 佐藤大輔(レベルファイブ)
  • 若栗浩幸(BITS)
  • 櫛田達矢(NBDC)16日のみ
  • 畠中秀樹 (NBDC) 16日午後のみ
  • 田中聡 (Trans-IT)
  • 三橋信孝 (NBDC) 16日のみ
  • 桝屋啓志 (理研BRC) 16日のみ
  • 臼田大輝 (理研BRC) 16日のみ
  • 森宙史(遺伝研)15日のみ
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