SPARQLthon65

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* [https://research-er.jp/projects/view/965239 データサイエンスを加速させる微生物統合データベースの高度実用化開発] (黒川) - http://microbedb.jp/
* [https://research-er.jp/projects/view/965239 データサイエンスを加速させる微生物統合データベースの高度実用化開発] (黒川) - http://microbedb.jp/
* [http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/TPP2-kinoshita 糖鎖科学ポータルの構築] (木下)
* [http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/TPP2-kinoshita 糖鎖科学ポータルの構築] (木下)
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** 糖タンパク質糖鎖のRDF修正(GlyConnectデータベースとの連携のため)、SPARQList-SPARQLet作成(山田)
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** 糖タンパク質糖鎖データベース作成のため、UniProtからのタンパク質の糖鎖修飾データをSPARQListを利用してPythonで取得(Thukaa)
* [https://research-er.jp/projects/view/965238 蛋白質構造データバンクのデータ検証高度化と統合化] (栗栖) - http://pdbj.org/
* [https://research-er.jp/projects/view/965238 蛋白質構造データバンクのデータ検証高度化と統合化] (栗栖) - http://pdbj.org/
* [https://research-er.jp/projects/view/965241 個体ゲノム時代に向けた植物ゲノム情報解析基盤の構築] (田畑) - http://pgdbj.jp/
* [https://research-er.jp/projects/view/965241 個体ゲノム時代に向けた植物ゲノム情報解析基盤の構築] (田畑) - http://pgdbj.jp/

2018年2月15日 (木) 08:20時点における版

第65回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。

目次

開催概要

今回は別の研究会と日程が重なっているため、シャトルバスに乗りきれない可能性があります。その場合はタクシーもしくは公共バスをご利用ください。

RDFポータルと関連RDFストアが2月16日(金)16:30より停止しますのでご注意下さい (NBDC)。

  • 開催期間:2018年 2月 15(木)- 16日(金)
  • 開催場所:遺伝学研究所 生命情報研究センター棟 (DDBJ棟) 4F会議室 (W403-405)
  • アクセス:http://dbcls.rois.ac.jp/access
    • 遺伝研行きのシャトルバスがあります。乗り口は北口から出てロータリー向かって左手です。
    • 新幹線ーNIGシャトルバス接続情報
    • 9:30出発のシャトルバスに乗ってお越しいただくと、DDBJ棟までご案内します。
      • 関東方面からお越しの方は こだま639号 (東京8:26発、品川8:34発) がスムーズです。
      • 関西方面からお越しの方は こだま632号 (名古屋7:29発) がスムーズですが、朝が早いので前泊する方が楽です。
  • お昼について
    • 所内には小さい食堂がありますが、売店などはありません。お弁当などをお持ち頂くことをお勧めします。
  • ホテルについて

プロジェクト

TPP グループ全体

H29〜

継続中(〜H30)

〜H29

SPARQLthon グループ

  • SPARQList(片山)
    • 最新版では params. を廃止してパラメータはグローバル変数にしました
    • NBDC RDF ポータルが叩けない…
    • LODチャレンジ
  • AMED ClinVar RDF(片山・川島・佐藤)
    • XML -> JSON -> JSON-LD 化の方法も検討
  • AMED ClinVar RDFから学習データ作成 (多湖)
    • variant_typeが抜けているので追加をお願いしたい⇒佐藤さん

今後の予定

参考リンク

参加者

  • 片山俊明 (DBCLS)
  • 川島秀一 (DBCLS)
  • 山本泰智 (DBCLS)
  • 守屋勇樹 (DBCLS)
  • 坊農秀雅 (DBCLS)
  • 岡別府陽子 (MSS)
  • 山中遼太 (Oracle)
  • 吉沢明康 (京都大学)
  • 永野朗夫(penqe)
  • 佐藤大輔(レベルファイブ)
  • 松本翔太(レベルファイブ)15日のみ
  • 大田達郎 (DBCLS)
  • 大石直哉(DOGRUN)
  • 山田一作(野口研究所)
  • 千葉啓和(DBCLS)
  • 多湖真一郎(富士通研)
  • 小柳祐介(富士通研)
  • 内藤雄樹(DBCLS)
  • 仲里猛留(DBCLS)
  • 五斗進(DBCLS)15日のみ
  • 木下聖子(創価大)16日のみ
  • 細田正恵(創価大)16日のみ
  • 塩田正明(創価大)
  • 小野多美子(創価大)
  • Kuoka Thukaa(創価大)
  • 大村宗寛(Gsearch)
  • 杉山博一(Gsearch)15日のみ
  • 田中聡 (Trans-IT)
  • 藤澤貴智(遺伝研)
  • 熊谷禎洋(日立) 15日のみ
  • 小林紀郎(理研)
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