SPARQLthon63

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==== H29〜 ====
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* [https://research-er.jp/projects/view/965239 データサイエンスを加速させる微生物統合データベースの高度実用化開発] (黒川) - http://microbedb.jp/
* [https://research-er.jp/projects/view/965239 データサイエンスを加速させる微生物統合データベースの高度実用化開発] (黒川) - http://microbedb.jp/
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** MEOのオートアノテーションツールの検証(ユーザが自然言語で入力したメタデータをPythonのNLTKなどを使ってMEO IDを付与)(森)
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** [[MicrobeDB.jpポータル開発#SPARQLthon63]](藤澤、岡別府、森)
* [http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/TPP2-kinoshita 糖鎖科学ポータルの構築] (木下)
* [http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/TPP2-kinoshita 糖鎖科学ポータルの構築] (木下)
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** JPOSTのProtein Browserで糖鎖修飾部位の表示を追加してもらう(守屋・新町・Thukaa・三浦)
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*** Protein Browserで修飾部位をクリックするとダミーのアクセッション番号を表示するファイル開発(守屋)
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*** CROSドメインの問題にぶつかる(Thukaa)
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* [https://research-er.jp/projects/view/965238 蛋白質構造データバンクのデータ検証高度化と統合化] (栗栖) - http://pdbj.org/
* [https://research-er.jp/projects/view/965238 蛋白質構造データバンクのデータ検証高度化と統合化] (栗栖) - http://pdbj.org/
* [https://research-er.jp/projects/view/965241 個体ゲノム時代に向けた植物ゲノム情報解析基盤の構築] (田畑) - http://pgdbj.jp/
* [https://research-er.jp/projects/view/965241 個体ゲノム時代に向けた植物ゲノム情報解析基盤の構築] (田畑) - http://pgdbj.jp/
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** 植物共生(ミヤコグサゲノムとRhizobaseのゲノム)の RDF を作るために GenBank 形式でデータを用意(平川・藤澤)
* [https://research-er.jp/projects/view/965240 疾患ヒトゲノム変異の生物学的機能注釈を目指した多階層オーミクスデータの統合] (菅野) - http://kero.hgc.jp/
* [https://research-er.jp/projects/view/965240 疾患ヒトゲノム変異の生物学的機能注釈を目指した多階層オーミクスデータの統合] (菅野) - http://kero.hgc.jp/
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=== SPARQLthon グループ ===
=== SPARQLthon グループ ===
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* ゲノム・グラフ [[SPARQLthon63/vg]] (片山・横山・原薗)
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* [http://docman.dbcls.jp/im/ng.html inMeXes]に対して、同じ文脈で使われる語を列挙する機能を追加。(左のURLはテスト用です。近いうちに従来サービスに統合します。)
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* Virtuoso7.2の不具合調査  [[SPARQLthon63/virtuoso_v7.2]]
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* グラフDBクエリ言語の調査:Neo4jのCypher, OracleのPGQL、SPARQLとの対応関係(千葉)
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* GEOメタデータのDBCLS SRA APIからの取得スクリプトの作成→githubへ (坊農)
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* integbioDB catalog RDF の更新(DB類似性情報)(信定・畠中・櫛田・川島)
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* Text2LOD データのRDF化(継続)(川島)
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* ユーザクエリを秘匿するセキュアビーコンのNBDCサーバへのポーティング(三橋、神保)
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* TogoVarの変異ビュー検索の仕様とそれに必要なデータを確認(三橋、豊岡、佐藤)
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* 新着論文レビュー用の形態素解析辞書拡張(山本、小野、建石、飯田、大石)
=== 今後の予定 ===
=== 今後の予定 ===
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* 平川英樹(かずさ)14日のみ
* 平川英樹(かずさ)14日のみ
* 横山稔之(東大)
* 横山稔之(東大)
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* 原薗陛正(東大)14日・15日の17時〜
* 豊岡理人(NBDC)14日PM〜
* 豊岡理人(NBDC)14日PM〜
* 西出浩世(基生研)
* 西出浩世(基生研)
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* 三浦信明(創価大)ひとまず14日
* 三浦信明(創価大)ひとまず14日
* Kuoka Thukaa(創価大)ひとまず14日
* Kuoka Thukaa(創価大)ひとまず14日
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* 新町 大輔(創価大)ひとまず14日
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* 新町大輔(創価大)ひとまず14日
* 山田一作(野口研)14日の 14時〜17時
* 山田一作(野口研)14日の 14時〜17時
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* 大石直哉(DOGRUN)
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* 山中遼太(Oracle)ひとまず14日
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* 守屋勇樹(DBCLS)
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* 内藤雄樹(DBCLS)
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* 藤原豊史(DBCLS)
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* 仲里猛留 (DBCLS)
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* 神保 元脩(早稲田大学) 15日
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* 建石由佳(NBDC)14日15時ごろ〜

2017年12月15日 (金) 09:44時点における最新版

第63回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。

目次

開催概要

プロジェクト

TPP グループ全体

H29〜

継続中(〜H30)

〜H29

SPARQLthon グループ

  • ゲノム・グラフ SPARQLthon63/vg (片山・横山・原薗)
  • inMeXesに対して、同じ文脈で使われる語を列挙する機能を追加。(左のURLはテスト用です。近いうちに従来サービスに統合します。)
  • Virtuoso7.2の不具合調査  SPARQLthon63/virtuoso_v7.2
  • グラフDBクエリ言語の調査:Neo4jのCypher, OracleのPGQL、SPARQLとの対応関係(千葉)
  • GEOメタデータのDBCLS SRA APIからの取得スクリプトの作成→githubへ (坊農)
  • integbioDB catalog RDF の更新(DB類似性情報)(信定・畠中・櫛田・川島)
  • Text2LOD データのRDF化(継続)(川島)
  • ユーザクエリを秘匿するセキュアビーコンのNBDCサーバへのポーティング(三橋、神保)
  • TogoVarの変異ビュー検索の仕様とそれに必要なデータを確認(三橋、豊岡、佐藤)
  • 新着論文レビュー用の形態素解析辞書拡張(山本、小野、建石、飯田、大石)

今後の予定

参考リンク

参加者

  • 片山俊明 (DBCLS)
  • 川島秀一 (DBCLS)
  • 大田達郎 (DBCLS)
  • 岡別府陽子 (MSS)
  • 岡本忍 (DBCLS)
  • 山本泰智 (DBCLS)
  • 坊農秀雅 (DBCLS)
  • 永野朗夫(penqe)14日16:30〜
  • 千葉啓和(DBCLS)
  • 藤澤貴智(遺伝研)
  • 三橋信孝(NBDC)14日PM〜
  • 森宙史(遺伝研)15日のみ
  • 佐藤大輔(レベルファイブ)
  • 平川英樹(かずさ)14日のみ
  • 横山稔之(東大)
  • 原薗陛正(東大)14日・15日の17時〜
  • 豊岡理人(NBDC)14日PM〜
  • 西出浩世(基生研)
  • 田中聡 (Trans-IT) 15日は15:00 まで
  • 三浦信明(創価大)ひとまず14日
  • Kuoka Thukaa(創価大)ひとまず14日
  • 新町大輔(創価大)ひとまず14日
  • 山田一作(野口研)14日の 14時〜17時
  • 大石直哉(DOGRUN)
  • 山中遼太(Oracle)ひとまず14日
  • 守屋勇樹(DBCLS)
  • 内藤雄樹(DBCLS)
  • 藤原豊史(DBCLS)
  • 仲里猛留 (DBCLS)
  • 神保 元脩(早稲田大学) 15日
  • 建石由佳(NBDC)14日15時ごろ〜
個人用ツール