SPARQLthon61

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==== H29〜 ====
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* [https://research-er.jp/projects/view/965239 データサイエンスを加速させる微生物統合データベースの高度実用化開発] (黒川) - http://microbedb.jp/
* [https://research-er.jp/projects/view/965239 データサイエンスを加速させる微生物統合データベースの高度実用化開発] (黒川) - http://microbedb.jp/
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** [[MicrobeDB.jpポータル開発#SPARQLthon61]] (森、内山、西出、千葉、岡別府、藤澤)
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** [[SPARQLthon61/MicrobeDB.jp-Umakaviewer]](藤澤)
* [http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/TPP2-kinoshita 糖鎖科学ポータルの構築] (木下)
* [http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/TPP2-kinoshita 糖鎖科学ポータルの構築] (木下)
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** 複合糖質リポジトリの開発(山田、木下)
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*** 糖脂質データの登録について、脂質のリポジトリがないので脂質リポジトの構築を検討することに
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**** 脂質の同一性についてcanonical SMILES、MAP(WURCSで使っている修飾の表記法)の利用を検討することにした。
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** ワークショップの打ち合わせ(山田、木下)
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** Galaxy2の打ち合わせのメールを送信(山田、木下)
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** 総合グライコミクスデータベースのRDF化の検討(三浦、山田)
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*** [https://github.com/glyconavi/glycoabun/blob/master/GlycoAbun.png?raw=true 複合糖質のRDFスキーマ]の利用検討・使用可能オントロジー検索(SIO, CHEMINF)
* [https://research-er.jp/projects/view/965238 蛋白質構造データバンクのデータ検証高度化と統合化] (栗栖) - http://pdbj.org/
* [https://research-er.jp/projects/view/965238 蛋白質構造データバンクのデータ検証高度化と統合化] (栗栖) - http://pdbj.org/
* [https://research-er.jp/projects/view/965241 個体ゲノム時代に向けた植物ゲノム情報解析基盤の構築] (田畑) - http://pgdbj.jp/
* [https://research-er.jp/projects/view/965241 個体ゲノム時代に向けた植物ゲノム情報解析基盤の構築] (田畑) - http://pgdbj.jp/
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=== SPARQLthon グループ ===
=== SPARQLthon グループ ===
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*  [[BRC-RDF|バイオリソース情報のRDF化]] (川島・森・桝屋)
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*  [[VirtSBM|ローカルVirtuosoにアクセスするSBM抽出ツール開発]] (山口)
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*  NBDCのRDFストア群を事典風に見せるためにacetaminophenページのモック作成 (畠中)
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* RDF をグラフ DB にロードできる [https://github.com/ryotas/g2gml/wiki G2GML] のプロト版作成(松本・山中)
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* http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/INSDC (大田)
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* 新着論文レビュー機能拡張の詳細検討(小野・山本・飯田・大石・建石)
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* TogoGenomeの更新 [http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/SPARQLthon/TogoGenomeUpdate/2017_09#UniProt (2017_09)] (岡別府)
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* [https://gist.github.com/hanzou666/d5228b4d7f4aff19af787948c58fc542 GFAのドキュメント作成](大和田)
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* グラフゲノム可視化パイプライン(横山・大和田・原薗)
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* ChIP-seq ピーク情報のRDFスキーマ作成 (若栗)
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* グラフDBの利用を検討(千葉)
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* JavaScript版TogoStanza [http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/SPARQLthon/togostanza_js#.E3.83.86.E3.82.B9.E3.83.88.E7.94.A8.E3.83.90.E3.82.A4.E3.83.8A.E3.83.AA Web Component v1対応/jQuery排除] (守屋)
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** [https://drive.google.com/open?id=0B_NAUKeuU1pmejg1RVJtX0lmRXM linux_amd64] (for linux)
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** [https://drive.google.com/open?id=0B_NAUKeuU1pmWE9DZVlwTFREMG8 darwin_amd64] (for mac)
=== 今後の予定 ===
=== 今後の予定 ===
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* 木下聖子(創価大)24日のみ
* 木下聖子(創価大)24日のみ
* 塩田正明(創価大)24日のみ
* 塩田正明(創価大)24日のみ
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* 小野多美子(創価大)24日のみ
 
* 三浦信明(創価大)24日のみ
* 三浦信明(創価大)24日のみ
* 新町大輔(創価大)24日のみ
* 新町大輔(創価大)24日のみ
* 山田一作(野口研)24日のみ
* 山田一作(野口研)24日のみ
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* 千葉啓和(DBCLS)
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* 大和田周甫(東工大)
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* 桝屋啓志(理研BRC) 24日 (できたら23日午後も)
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* 横山稔之(東大)〜24日12時半
 +
* 原薗陛正(東大)〜24日12時半
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* 畠中秀樹 (NBDC) 両日午後
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* 大石直哉 (DOGRUN)
 +
* 若栗浩幸 (BITS) 23日午後、24日
 +
* 小野浩雅 (DBCLS)
 +
* 平川英樹 (かずさDNA研)
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* 五斗進(DBCLS)
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* 藤澤貴智(遺伝研)
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* 内山郁夫(基生研)
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* 西出浩世(基生研)
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* 小林紀郎(理研)
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* 田中聡 (Trans-IT) 24日
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* 山中遼太(Oracle)23日のみ
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* 大田達郎 (DBCLS)
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* 建石由佳(NBDC)24日のみ

2017年11月7日 (火) 23:40時点における最新版

第61回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。

目次

開催概要

プロジェクト

TPP グループ全体

H29〜

継続中(〜H30)

〜H29

SPARQLthon グループ

今後の予定

参考リンク

参加者

  • 片山俊明 (DBCLS)
  • 川島秀一 (DBCLS)
  • 坊農秀雅 (DBCLS)
  • 岡別府陽子(MSS)
  • Andrea Ghelfi (かずさDNA研)
  • 守屋勇樹 (DBCLS)
  • 永野朗夫(penqe)〜24日16時
  • 山本泰智(DBCLS)
  • 佐藤大輔(レベルファイブ)
  • 松本翔太(レベルファイブ)
  • 野村祐介(レベルファイブ)
  • 山口敦子 (DBCLS)
  • 内藤雄樹 (DBCLS)
  • 森宙史(遺伝研)
  • 木下聖子(創価大)24日のみ
  • 塩田正明(創価大)24日のみ
  • 三浦信明(創価大)24日のみ
  • 新町大輔(創価大)24日のみ
  • 山田一作(野口研)24日のみ
  • 千葉啓和(DBCLS)
  • 大和田周甫(東工大)
  • 桝屋啓志(理研BRC) 24日 (できたら23日午後も)
  • 横山稔之(東大)〜24日12時半
  • 原薗陛正(東大)〜24日12時半
  • 畠中秀樹 (NBDC) 両日午後
  • 大石直哉 (DOGRUN)
  • 若栗浩幸 (BITS) 23日午後、24日
  • 小野浩雅 (DBCLS)
  • 平川英樹 (かずさDNA研)
  • 五斗進(DBCLS)
  • 藤澤貴智(遺伝研)
  • 内山郁夫(基生研)
  • 西出浩世(基生研)
  • 小林紀郎(理研)
  • 田中聡 (Trans-IT) 24日
  • 山中遼太(Oracle)23日のみ
  • 大田達郎 (DBCLS)
  • 建石由佳(NBDC)24日のみ
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