SPARQLthon60

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BioHackathon 2017 おつかれさまでした。第60回 SPARQLthon を下記日程で開催します。

目次

開催概要

プロジェクト

TPP グループ全体

H29〜

継続中(〜H30)

〜H29

SPARQLthon グループ

  • 生物種メタボロームモデル・データベースの構築 (有田) 」の動物種への拡張 (川島)
  • TogoGenome (佐藤・野村・岡別府・永野・川島・片山)
    • ID converter/resolver に TogoGenome へのリンクを追加(UniProt経由のみ)
    • GGGenome の配列検索結果から前後の遺伝子等のアノテーションにリンク
    • 比較ゲノム機能の修正と埋め込み
      • UniProt RDF のデータ構造変更にともなう SPARQL の修正
      • 理研のネットワーク経由だと GROUP_CONCAT を含む SPARQL クエリが遮断される
  • 高速アミノ酸配列検索 (内藤・吉沢)
  • d3spraql (片山・岡別府)
    • サンプルの SPARQL がデータ量の増大で重くなっている、もしくはデータの更新で使えなくなっているものを修正
    • MetaStanza の開発
  • LOD Surfer (山口・小林・古崎・山本・桝屋)
    • API 設計&実装進行中(山口)
    • クラスグラフ解析(山口)
      • クラス間関係から作られるグラフの連結成分を計算
      • 前回の解析(対象: EBI, Bio2RDF, eagle-i等,現在のSPARQL Builderの対象全体)と, 今回の解析(対象: RDF Portal - Nikkaji/PDBj/BMRB)の ClassGraph 比較
  • SRA/BioSample/BioProject の RDF 化について INSDC
  • TogoVar Stanza開発準備(藤原・建石)
  • RDFストアの定点調査(山本)BH12.12/SPARQL11test

今後の予定

  • RDF化ガイドライン最新版 → RDFizingDatabaseGuideline
  • 来月以降の SPARQLthon のスケジュールと場所を確定していく => 来年3月まで確定済み、日程は SPARQLthon のページにて

参考リンク


参加者

  • 大田達郎
  • 山口敦子(DBCLS)
  • 小野浩雅(DBCLS)
  • 岡別府陽子(MSS) 21日のみ
  • 千葉啓和(DBCLS)
個人用ツール