SPARQLthon60

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(参加者)
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=== TPP グループ全体 ===
=== TPP グループ全体 ===
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==== H29〜 ====
==== H29〜 ====
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* [https://research-er.jp/projects/view/965239 データサイエンスを加速させる微生物統合データベースの高度実用化開発] (黒川) - http://microbedb.jp/
* [https://research-er.jp/projects/view/965239 データサイエンスを加速させる微生物統合データベースの高度実用化開発] (黒川) - http://microbedb.jp/
* [https://research-er.jp/projects/view/965237 糖鎖科学ポータルの構築] (木下)
* [https://research-er.jp/projects/view/965237 糖鎖科学ポータルの構築] (木下)
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** [[キュレーション]]
 
* [https://research-er.jp/projects/view/965238 蛋白質構造データバンクのデータ検証高度化と統合化] (栗栖) - http://pdbj.org/
* [https://research-er.jp/projects/view/965238 蛋白質構造データバンクのデータ検証高度化と統合化] (栗栖) - http://pdbj.org/
* [https://research-er.jp/projects/view/965241 個体ゲノム時代に向けた植物ゲノム情報解析基盤の構築] (田畑) - http://pgdbj.jp/
* [https://research-er.jp/projects/view/965241 個体ゲノム時代に向けた植物ゲノム情報解析基盤の構築] (田畑) - http://pgdbj.jp/
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==== 継続中(〜H30) ====
==== 継続中(〜H30) ====
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* [[TPP-ishihama|プロテオーム統合データベース:jPOST]] (石濱) - http://jpostdb.org/  
* [[TPP-ishihama|プロテオーム統合データベース:jPOST]] (石濱) - http://jpostdb.org/  
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** [http://db-dev.jpostdb.org/ts/stanza/proteoform_browser/help.html proteoform 可視化stanza](守屋)
 
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*** 後ろで ghostz をかけて、偶然のペプチドマッチ配列を除外
 
* [[TPP-onami|生命動態システム科学のデータベースの統合化]] (大浪)
* [[TPP-onami|生命動態システム科学のデータベースの統合化]] (大浪)
==== 〜H29 ====
==== 〜H29 ====
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* [[TPP-masuya|生命と環境のフェノーム統合データベース]] (桝屋)
* [[TPP-masuya|生命と環境のフェノーム統合データベース]] (桝屋)
* [[TPP-arita|生物種メタボロームモデル・データベースの構築]] (有田)
* [[TPP-arita|生物種メタボロームモデル・データベースの構築]] (有田)
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=== SPARQLthon グループ ===
=== SPARQLthon グループ ===
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* [[生物種メタボロームモデル・データベースの構築 (有田) 」の動物種への拡張 (川島)]]
 
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* TogoGenome (佐藤・野村・岡別府・永野・川島・片山)
 
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** ID converter/resolver に TogoGenome へのリンクを追加(UniProt経由のみ)
 
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** GGGenome の配列検索結果から前後の遺伝子等のアノテーションにリンク
 
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** 比較ゲノム機能の修正と埋め込み
 
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*** UniProt RDF のデータ構造変更にともなう SPARQL の修正
 
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*** 理研のネットワーク経由だと GROUP_CONCAT を含む SPARQL クエリが遮断される
 
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* [[高速アミノ酸配列検索]] (内藤・吉沢)
 
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* d3spraql (片山・岡別府)
 
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** サンプルの SPARQL がデータ量の増大で重くなっている、もしくはデータの更新で使えなくなっているものを修正
 
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** MetaStanza の開発
 
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* LOD Surfer (山口・小林・古崎・山本・桝屋)
 
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** API 設計&実装進行中(山口)
 
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** クラスグラフ解析(山口)
 
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*** クラス間関係から作られるグラフの連結成分を計算
 
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*** 前回の解析(対象: EBI, Bio2RDF, eagle-i等,現在のSPARQL Builderの対象全体)と, 今回の解析(対象: RDF Portal - Nikkaji/PDBj/BMRB)の [[ClassGraph 比較]]
 
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* SRA/BioSample/BioProject の RDF 化について [[INSDC]]
 
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* TogoVar Stanza開発準備(藤原・建石)
 
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* RDFストアの定点調査(山本)[[BH12.12/SPARQL11test]]
 
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* 画像DB(久米・桝屋・小林)
 
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** メタデータ作成 [https://drive.google.com/file/d/0B75bvtvJE90Zal9FQUEtcUVvelU/view?usp=sharing 画像DBデータスキーマ]
 
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** 電顕ビューア 画像、ROI、Phenotype問題検討 [http://clst.multimodal.riken.jp/CLST_ViewerData/EMV_025_161114SEM_RatLiverNormal/index.html 通常バージョン] [http://clst.multimodal.riken.jp/CLST_ViewerData/EMV_025_161114SEM_RatLiverNormal/index.html?zoom=16&x=0.0403092926971531&y=0.3748977259757270&perpixel=0.01573 ROIバージョン]
 
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*** 画像の表現型データ → 細胞種(Cell Ontology)、Phenotype Data(CMPO)、ROI
 
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*** ROI → Deep Zoom Image
 
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* 9月21−22日 LODシンポジウム話し合い(久米・小林・古崎・山本)
 
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** [http://www.riken.jp/pr/events/symposia/20170921_2/ 理研HP] [http://lod-ws2.peatix.com peatix登録フォーム]
 
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* 9月29日 電顕シンポジウム話し合い(久米・小林・村川・横田)
 
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** [http://www.riken.jp/pr/events/symposia/20170929_2/ 理研HP] [https://reg34.smp.ne.jp/regist/is?SMPFORM=mgpe-lascoh-c656ed171ef9080a289efe3bf78e45f1 登録フォーム]
 
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* [[BioHackathon-RDF]](川島)
 
=== 今後の予定 ===
=== 今後の予定 ===
* RDF化ガイドライン最新版 → [[RDFizingDatabaseGuideline]]
* RDF化ガイドライン最新版 → [[RDFizingDatabaseGuideline]]
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* 来月以降の SPARQLthon のスケジュールと場所を確定していく => 来年3月まで確定済み、日程は [[SPARQLthon]] のページにて
 
== 参考リンク ==
== 参考リンク ==
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==参加者 ==
==参加者 ==
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* 大田達郎
+
 
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* 山口敦子(DBCLS)
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* 大田達郎 (DBCLS)
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* 小野浩雅(DBCLS)
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* 山口敦子 (DBCLS)
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* 岡別府陽子(MSS) 21日のみ
+
* 小野浩雅 (DBCLS)
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* 千葉啓和(DBCLS)
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* 岡別府陽子 (MSS) 21日のみ
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* 藤原豊史(DBCLS) 22日のみ
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* 千葉啓和 (DBCLS)
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* 川島秀一(DBCLS)
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* 藤原豊史 (DBCLS) 22日のみ
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* 片山俊明(DBCLS)
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* 川島秀一 (DBCLS)
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* 永野朗夫(penqe)21日のみ、11:00〜
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* 片山俊明 (DBCLS)
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* 藤澤貴智(遺伝研)
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* 永野朗夫 (penqe)21日のみ、11:00〜
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* 内藤雄樹(DBCLS)
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* 藤澤貴智 (遺伝研)
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* 内藤雄樹 (DBCLS)

2017年9月20日 (水) 08:02時点における版

BioHackathon 2017 おつかれさまでした。第60回 SPARQLthon を下記日程で開催します。

目次

開催概要

プロジェクト

TPP グループ全体

H29〜

継続中(〜H30)

〜H29

SPARQLthon グループ

今後の予定

参考リンク


参加者

  • 大田達郎 (DBCLS)
  • 山口敦子 (DBCLS)
  • 小野浩雅 (DBCLS)
  • 岡別府陽子 (MSS) 21日のみ
  • 千葉啓和 (DBCLS)
  • 藤原豊史 (DBCLS) 22日のみ
  • 川島秀一 (DBCLS)
  • 片山俊明 (DBCLS)
  • 永野朗夫 (penqe)21日のみ、11:00〜
  • 藤澤貴智 (遺伝研)
  • 内藤雄樹 (DBCLS)
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