SPARQLthon59

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第57回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。
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第59回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。
== 開催概要 ==
== 開催概要 ==
* 開催期間:2017年 8月 30(水)- 31日(木)
* 開催期間:2017年 8月 30(水)- 31日(木)
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* 開催場所:TBA
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* 開催場所:理化学研究所 和光地区 統合支援施設 2F 大会議室
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* アクセス:
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* アクセス:http://www.riken.jp/access/wako-map/  (建物番号 C61)
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* 構内徒歩参考写真 : http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/SPARQLthon30/access
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** 構内入り口の守衛所にて、カードキーをお受け取りください。守衛さんのところで名刺を渡すと事務処理が簡単に終わります。
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** 所内の食堂は交通系ICカード(Suica等)でのみ支払可能です。
* 開催連絡:http://groups.google.com/group/biohackathon-jp メーリングリストにて
* 開催連絡:http://groups.google.com/group/biohackathon-jp メーリングリストにて
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* ネットワーク: 理研ゲスト用無線LANサービス、Eduroam
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* 開催連絡:http://groups.google.com/group/biohackathon-jp メーリングリストにて
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* 8月30日の午後、理研のデータ駆動型研究の一つとしてエンジニアリングネットワーク「データ駆動型ものづくりシステムの開発」プロジェクトの紹介をさせていただきます。理研和光内にあるものづくり工場見学も予定しております(限定20名程度)。加工機械やIoTスマート工場等にご興味をお持ちの方におすすめです。工場を見学しながらオープンデータについて議論をさせていただきます。
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** 15:40~ データ駆動型ものづくりの概要説明  理研光量子研究領域 加瀬 究
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** 16:00~ 技術基盤支援チーム 工場見学    理研光量子研究領域 山形 豊 (http://www.riken.jp/research/labs/rap/adv_photon/adv_manuf_support/)
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*参加登録
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** https://docs.google.com/forms/d/e/1FAIpQLSdBHKRQ-LQKScKBQD-lIgQPrmrP4mygMwipilEODHyBsFf73g/viewform
== プロジェクト ==
== プロジェクト ==
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* [https://research-er.jp/projects/view/965239 データサイエンスを加速させる微生物統合データベースの高度実用化開発] (黒川) - http://microbedb.jp/
* [https://research-er.jp/projects/view/965239 データサイエンスを加速させる微生物統合データベースの高度実用化開発] (黒川) - http://microbedb.jp/
* [https://research-er.jp/projects/view/965237 糖鎖科学ポータルの構築] (木下)
* [https://research-er.jp/projects/view/965237 糖鎖科学ポータルの構築] (木下)
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** [[キュレーション]]
* [https://research-er.jp/projects/view/965238 蛋白質構造データバンクのデータ検証高度化と統合化] (栗栖) - http://pdbj.org/
* [https://research-er.jp/projects/view/965238 蛋白質構造データバンクのデータ検証高度化と統合化] (栗栖) - http://pdbj.org/
* [https://research-er.jp/projects/view/965241 個体ゲノム時代に向けた植物ゲノム情報解析基盤の構築] (田畑) - http://pgdbj.jp/
* [https://research-er.jp/projects/view/965241 個体ゲノム時代に向けた植物ゲノム情報解析基盤の構築] (田畑) - http://pgdbj.jp/
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==== 継続中(〜H30) ====
==== 継続中(〜H30) ====
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* [[TPP-ishihama|プロテオーム統合データベース:jPOST]] (石濱) - http://jpostdb.org/
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* [[TPP-ishihama|プロテオーム統合データベース:jPOST]] (石濱) - http://jpostdb.org/  
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** [http://db-dev.jpostdb.org/ts/stanza/proteoform_browser/help.html proteoform 可視化stanza](守屋)
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*** 後ろで ghostz をかけて、偶然のペプチドマッチ配列を除外
* [[TPP-onami|生命動態システム科学のデータベースの統合化]] (大浪)
* [[TPP-onami|生命動態システム科学のデータベースの統合化]] (大浪)
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=== SPARQLthon グループ ===
=== SPARQLthon グループ ===
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* [[生物種メタボロームモデル・データベースの構築 (有田) 」の動物種への拡張 (川島)]]
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* TogoGenome (佐藤・野村・岡別府・永野・川島・片山)
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** ID converter/resolver に TogoGenome へのリンクを追加(UniProt経由のみ)
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** GGGenome の配列検索結果から前後の遺伝子等のアノテーションにリンク
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** 比較ゲノム機能の修正と埋め込み
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*** UniProt RDF のデータ構造変更にともなう SPARQL の修正
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*** 理研のネットワーク経由だと GROUP_CONCAT を含む SPARQL クエリが遮断される
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* [[高速アミノ酸配列検索]] (内藤・吉沢)
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* d3spraql (片山・岡別府)
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** サンプルの SPARQL がデータ量の増大で重くなっている、もしくはデータの更新で使えなくなっているものを修正
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** MetaStanza の開発
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* LOD Surfer (山口・小林・古崎・山本・桝屋)
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** API 設計&実装進行中(山口)
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** クラスグラフ解析(山口)
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*** クラス間関係から作られるグラフの連結成分を計算
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*** 前回の解析(対象: EBI, Bio2RDF, eagle-i等,現在のSPARQL Builderの対象全体)と, 今回の解析(対象: RDF Portal - Nikkaji/PDBj/BMRB)の [[ClassGraph 比較]]
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* SRA/BioSample/BioProject の RDF 化について [[INSDC]]
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* TogoVar Stanza開発準備(藤原・建石)
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* RDFストアの定点調査(山本)[[BH12.12/SPARQL11test]]
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* 画像DB(久米・桝屋・小林)
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** メタデータ作成 [https://drive.google.com/file/d/0B75bvtvJE90Zal9FQUEtcUVvelU/view?usp=sharing 画像DBデータスキーマ]
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** 電顕ビューア 画像、ROI、Phenotype問題検討 [http://clst.multimodal.riken.jp/CLST_ViewerData/EMV_025_161114SEM_RatLiverNormal/index.html 通常バージョン] [http://clst.multimodal.riken.jp/CLST_ViewerData/EMV_025_161114SEM_RatLiverNormal/index.html?zoom=16&x=0.0403092926971531&y=0.3748977259757270&perpixel=0.01573 ROIバージョン]
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*** 画像の表現型データ → 細胞種(Cell Ontology)、Phenotype Data(CMPO)、ROI
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*** ROI → Deep Zoom Image
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* 9月21−22日 LODシンポジウム話し合い(久米・小林・古崎・山本)
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** [http://www.riken.jp/pr/events/symposia/20170921_2/ 理研HP] [http://lod-ws2.peatix.com peatix登録フォーム]
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* 9月29日 電顕シンポジウム話し合い(久米・小林・村川・横田)
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** [http://www.riken.jp/pr/events/symposia/20170929_2/ 理研HP] [https://reg34.smp.ne.jp/regist/is?SMPFORM=mgpe-lascoh-c656ed171ef9080a289efe3bf78e45f1 登録フォーム]
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* [[BioHackathon-RDF]](川島)
=== 今後の予定 ===
=== 今後の予定 ===
* RDF化ガイドライン最新版 → [[RDFizingDatabaseGuideline]]
* RDF化ガイドライン最新版 → [[RDFizingDatabaseGuideline]]
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* 来月以降の SPARQLthon のスケジュールと場所を確定していく
== 参考リンク ==
== 参考リンク ==
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* 川島秀一 (DBCLS)
* 川島秀一 (DBCLS)
* 坊農秀雅 (DBCLS) (8/30のみ)
* 坊農秀雅 (DBCLS) (8/30のみ)
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* 岡別府陽子(MSS)
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* 千葉啓和 (DBCLS)
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* 吉沢明康 (京大・薬)
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* 小林紀郎 (理研)
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* 永野朗夫(penqe)
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* 山本泰智(DBCLS)
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* 川島武士(NIG) 
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* 山田一作 (野口研)
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* 小野浩雅 (DBCLS)(8/31のみ)
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* 内藤雄樹 (DBCLS)
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* 藤澤貴智(遺伝研)
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* 山口敦子 (DBCLS)
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* 古崎晃司 (大阪大学)
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* 久米慧嗣(理研CLST)
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* 守屋勇樹(DBCLS)
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* 仲里猛留(DBCLS)(8/31のみ)
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* Andrea Ghelfi (かずさDNA研)
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* 信定知江(NBDC)(8/31のみ 16:30まで)
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* 内山郁夫 (基生研)
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* 西出浩世 (基生研)
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* 藤原豊史(DBCLS)(8/30のみ)
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* 佐藤大輔(レベルファイブ)
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* 野村祐介(レベルファイブ)
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* 若栗 浩幸(ビッツ)(8/30のみ)
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* 木下聖子(創価大)(8/30 〜15:00のみ)
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* 大石直哉(DOGRUN)
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* 田中聡 (Trans-IT)
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* 大和田周甫(東工大)(8/30のみ)
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* 山中遼太(Oracle)(8/30のみ)
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* 櫛田達矢(NBDC)(8/30のみ)
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* 畠中秀樹(NBDC)(8/30 16:00頃からのみ)
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* 大田達郎(DBCLS)
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* 建石由佳(NBDC)
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* 桝屋啓志(理研 BRC)(8/31のみ)
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* 小澤健太郎 (HPE) 参加できませんでした。

2017年9月19日 (火) 05:25時点における最新版

第59回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。

目次

開催概要


  • 8月30日の午後、理研のデータ駆動型研究の一つとしてエンジニアリングネットワーク「データ駆動型ものづくりシステムの開発」プロジェクトの紹介をさせていただきます。理研和光内にあるものづくり工場見学も予定しております(限定20名程度)。加工機械やIoTスマート工場等にご興味をお持ちの方におすすめです。工場を見学しながらオープンデータについて議論をさせていただきます。

プロジェクト

TPP グループ全体

H29〜

継続中(〜H30)

〜H29

SPARQLthon グループ

  • 生物種メタボロームモデル・データベースの構築 (有田) 」の動物種への拡張 (川島)
  • TogoGenome (佐藤・野村・岡別府・永野・川島・片山)
    • ID converter/resolver に TogoGenome へのリンクを追加(UniProt経由のみ)
    • GGGenome の配列検索結果から前後の遺伝子等のアノテーションにリンク
    • 比較ゲノム機能の修正と埋め込み
      • UniProt RDF のデータ構造変更にともなう SPARQL の修正
      • 理研のネットワーク経由だと GROUP_CONCAT を含む SPARQL クエリが遮断される
  • 高速アミノ酸配列検索 (内藤・吉沢)
  • d3spraql (片山・岡別府)
    • サンプルの SPARQL がデータ量の増大で重くなっている、もしくはデータの更新で使えなくなっているものを修正
    • MetaStanza の開発
  • LOD Surfer (山口・小林・古崎・山本・桝屋)
    • API 設計&実装進行中(山口)
    • クラスグラフ解析(山口)
      • クラス間関係から作られるグラフの連結成分を計算
      • 前回の解析(対象: EBI, Bio2RDF, eagle-i等,現在のSPARQL Builderの対象全体)と, 今回の解析(対象: RDF Portal - Nikkaji/PDBj/BMRB)の ClassGraph 比較
  • SRA/BioSample/BioProject の RDF 化について INSDC
  • TogoVar Stanza開発準備(藤原・建石)
  • RDFストアの定点調査(山本)BH12.12/SPARQL11test

今後の予定

  • RDF化ガイドライン最新版 → RDFizingDatabaseGuideline
  • 来月以降の SPARQLthon のスケジュールと場所を確定していく

参考リンク


参加者

  • 片山俊明 (DBCLS)
  • 川島秀一 (DBCLS)
  • 坊農秀雅 (DBCLS) (8/30のみ)
  • 岡別府陽子(MSS)
  • 千葉啓和 (DBCLS)
  • 吉沢明康 (京大・薬)
  • 小林紀郎 (理研)
  • 永野朗夫(penqe)
  • 山本泰智(DBCLS)
  • 川島武士(NIG)
  • 山田一作 (野口研)
  • 小野浩雅 (DBCLS)(8/31のみ)
  • 内藤雄樹 (DBCLS)
  • 藤澤貴智(遺伝研)
  • 山口敦子 (DBCLS)
  • 古崎晃司 (大阪大学)
  • 久米慧嗣(理研CLST)
  • 守屋勇樹(DBCLS)
  • 仲里猛留(DBCLS)(8/31のみ)
  • Andrea Ghelfi (かずさDNA研)
  • 信定知江(NBDC)(8/31のみ 16:30まで)
  • 内山郁夫 (基生研)
  • 西出浩世 (基生研)
  • 藤原豊史(DBCLS)(8/30のみ)
  • 佐藤大輔(レベルファイブ)
  • 野村祐介(レベルファイブ)
  • 若栗 浩幸(ビッツ)(8/30のみ)
  • 木下聖子(創価大)(8/30 〜15:00のみ)
  • 大石直哉(DOGRUN)
  • 田中聡 (Trans-IT)
  • 大和田周甫(東工大)(8/30のみ)
  • 山中遼太(Oracle)(8/30のみ)
  • 櫛田達矢(NBDC)(8/30のみ)
  • 畠中秀樹(NBDC)(8/30 16:00頃からのみ)
  • 大田達郎(DBCLS)
  • 建石由佳(NBDC)
  • 桝屋啓志(理研 BRC)(8/31のみ)
  • 小澤健太郎 (HPE) 参加できませんでした。
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