SPARQLthon58

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2017年7月28日 (金) 09:12時点におけるRyotayamanaka (トーク | 投稿記録)による版
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第58回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。

目次

開催概要

  • 開催期間:2017年 7月 27(木)- 28日(金)
  • 開催場所:遺伝学研究所 生命情報研究センター棟 (DDBJ棟) 4F会議室 (W403-405)
  • アクセス:http://dbcls.rois.ac.jp/access
    • 遺伝研行きのシャトルバスがあります。乗り口は北口から出てロータリー向かって左手です。
    • 新幹線ーNIGシャトルバス接続情報
    • 9:30出発のシャトルバスに乗ってお越しいただくと、DDBJ棟までご案内します。
      • 関東方面からお越しの方は こだま639号 (東京8:26発、品川8:34発) がスムーズです。
      • 関西方面からお越しの方は こだま632号 (名古屋7:29発) がスムーズですが、朝が早いので前泊する方が楽です。
  • お昼について
    • 所内には小さい食堂がありますが、売店などはありません。お弁当などをお持ち頂くことをお勧めします。
  • ホテルについて

プロジェクト

TPP グループ全体

H29〜

継続中(〜H30)

〜H29

SPARQLthon グループ

  • トリプルストアのカウント比較結果
    • 予め重複を取り除いてからロードするとVirtuoso(7.2)とStardog(5.0.1)ともに、.ntファイルに対するwc -lの結果とSPARQLのCOUNT関数による結果がほぼ一致したので、Virtuosoに対しては、ロードに先立ち重複を取り除くことが必要なことが分かった。(山本
  • umakaコマンドを作りました(千葉)
  • ICGC RDF データ生成フローを半自動化したい。今回は D2R から R2RML に書き換え完了。GitHub(山中)Video
  • LODワークショップの打ち合わせ(小林,久米,古崎,山本)
  • 画像データのSPARQL問い合わせHPの設計(久米、小林、永野)
  • JIST2017: 画像データの論文検討(久米、小林、桝屋)
  • オントロジー洗練システムの評価実験(増田,古崎)
  • BioSampleのRDF化(藤沢、小林、片山、児玉(DDBJ)、山田)
    • EBIが作成するということなので、情報を得たい。->太田さんから聞いてもらえないか、、、
      • (犬 談)bio-ontologiesにきているんですが、EBIは結構がんばってbiosampleのRDFとそれに必要な EFO の開発を進めているぽいので、なるべくそれを再利用することにして、EBIではまだ手をつける予定のないSRAのメタデータのRDF化に集中するのがよさそうです。その方向でいくと、最初のステップとしてはSRAのRDFモデルは理研の小林さんが作っているので、それが EBI biosample と相性がいいかチェックする必要がありそうです。
    • 各自のデータをEBIのRDFで記述できるか検討し、何かあれば情報提供したい。
  • JSTシソーラスを元にしたライフサイエンスオントロジー(櫛田,古崎)
    • SPARQL endpoint(暫定版)があるので,宜しければ使ってみて下さい.

今後の予定

参考リンク

参加者

  • 片山俊明 (DBCLS)
  • 川島秀一 (DBCLS)
  • 坊農秀雅 (DBCLS)
  • 小野浩雅 (DBCLS)
  • 岡別府陽子 (MSS)
  • 山本泰智(DBCLS)
  • 小林紀郎 (RIKEN)
  • 永野朗夫(Penqe)
  • 山田一作(野口研究所)
  • 千葉啓和(DBCLS)
  • 森宙史(遺伝研)27日のみ
  • 久米慧嗣 (理研CLST)
  • 中村保一(遺伝研)
  • 藤原豊史 (DBCLS)
  • 櫛田達矢(NBDC)28日のみ
  • 東光一(遺伝研)27日のみ
  • 古崎晃司(大阪大学)28日のみ
  • 増田壮志(大阪大学)28日のみ
  • 桝屋啓志(理研BRC)28日のみ
  • 内藤雄樹(DBCLS)
  • 仲里猛留(DBCLS)
  • 藤澤貴智(遺伝研)
  • 中津井雅彦(京都大)
  • 鎌田真由美(京都大)
  • 大和田周甫(東工大)27日のみ
  • 山中遼太(Oracle)
  • 佐藤大輔(レベルファイブ)27日のみ
  • 野村祐介(レベルファイブ)27日のみ
  • 平川英樹(かずさ)27日のみ
  • Andrea Ghelfi(かずさ)
  • 鈴木真也(東工大)27日のみ
  • 山口敦子 (DBCLS) 28日のみ
  • 信定知江(NBDC)28日のみ
  • 建石由佳(NBDC)28日のみ
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