SPARQLthon57

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=== TPP グループ全体 ===
=== TPP グループ全体 ===
==== H29〜 ====
==== H29〜 ====
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* [https://research-er.jp/projects/view/965239 データサイエンスを加速させる微生物統合データベースの高度実用化開発] (黒川) - http://microbedb.jp/
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* [http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/TPP2-kurokawa データサイエンスを加速させる微生物統合データベースの高度実用化開発] (黒川) - http://microbedb.jp/
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* [https://research-er.jp/projects/view/965237 糖鎖科学ポータルの構築] (木下)
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** MicrobeDB.jpで用いている各Stanzaの日本語および英語Helpを記述中 (森, 千葉, 岡別府)
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* [http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/TPP2-kinoshita 糖鎖科学ポータルの構築] (木下)
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** [http://jcggdb.jp/rdf/ purl.jp/bio/12] 管理の変更検討(山田・櫛田)
* [https://research-er.jp/projects/view/965238 蛋白質構造データバンクのデータ検証高度化と統合化] (栗栖) - http://pdbj.org/
* [https://research-er.jp/projects/view/965238 蛋白質構造データバンクのデータ検証高度化と統合化] (栗栖) - http://pdbj.org/
* [https://research-er.jp/projects/view/965241 個体ゲノム時代に向けた植物ゲノム情報解析基盤の構築] (田畑) - http://pgdbj.jp/
* [https://research-er.jp/projects/view/965241 個体ゲノム時代に向けた植物ゲノム情報解析基盤の構築] (田畑) - http://pgdbj.jp/
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* [https://research-er.jp/projects/view/965235 エピゲノミクス統合データベースの開発と機能拡充] (沖) - http://chip-atlas.org/
* [https://research-er.jp/projects/view/965235 エピゲノミクス統合データベースの開発と機能拡充] (沖) - http://chip-atlas.org/
* [https://research-er.jp/projects/view/965236 ゲノム・疾患・医薬品のネットワークデータベース] (金久) - http://www.kegg.jp/kegg/medicus/
* [https://research-er.jp/projects/view/965236 ゲノム・疾患・医薬品のネットワークデータベース] (金久) - http://www.kegg.jp/kegg/medicus/
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** KEGG DISEASE の RDF 化。川島さんのコメントを反映したパーザ(五斗)
==== 継続中(〜H30) ====
==== 継続中(〜H30) ====
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=== SPARQLthon グループ ===
=== SPARQLthon グループ ===
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* がんゲノム(山中)
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** ICGC Release 25 のデータ変換フロー作成に着手(Docker 利用、R2RML による変換、FALDO 使用)7/28 完了を目指す
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* 症例報告からの疾患と表現型の関連データ - AMED小崎班/PubCases (桝屋・荻島・藤原・山本・片山)
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** HPO日本語版の検証中(山本)
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* CT と電顕画像の撮影対象などの検討、メタデータ(桝屋・田村・久米)
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* 微生物の採取地のマッピングデータ、MEOへの追加項目などを森さんと摺り合わせ(高月)
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* 理研メタデータベース(桝屋・高月・レンツ)
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* AMED遺伝子変異の臨床解釈の自動化に寄与する知識ベースのRDF整備(鎌田・中津井・小島・多胡・柴田・高橋・安部)
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* Disease Compass の論文が出ました(古崎)
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** https://jbiomedsem.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13326-017-0132-2
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** 自由に使いたいという要望をメールで寄せるのが吉
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** →http://www.med-ontology.jp/ に記載の連絡先をご覧ください.
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* バクテリアのリファレンスグラフゲノムの作成(大和田・片山)
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* 糖鎖関連遺伝子のRDF化(山田)
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** ゲノムデータベースから人力で抽出した糖鎖関連の遺伝子リストのRDF化。ヒト、マウス、ラットを作成予定
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* LOD Surfer (旧 SPARQL Builder)
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** ツールの目的が「SPARQLクエリを作ること」ではなく、複数のデータセットをまたいでクラス間を繋ぐデータ(トリプルのパス)を見せる,という方向にシフトすることに決めたのでプロジェクト名を今回改称。
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** https://github.com/sparqlbuilder
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** パスの量が増えるので,実際のSPARQLのログを利用して,パスランキング方法を改良したい
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*SRA+BioProject+BioSample(なかざと、おおた、大石、ぼうのう)
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**INSDCのデータを落としてきて、MongoDBやSolrに入れるところまでは済
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**インターフェースつけるところとRDF使うあたりを
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**DDBJの方でlivelist(publicかPrivateか)を気にしているのでそのあたりの仕様を特に
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**RDFとしてはIDの変換とかたどるあたりは馴染みがよいだろう(コメント:DDBJからオフィシャルにRDFで出るといいですね)
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* ClinVar 再RDF化(片山・川島)
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** とりあえず、オントロジーを作成してみた(未完成)。https://github.com/dbcls/clinvar-ontology 
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* おまけ
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** 「理研ライフ系データベース基盤の長期的な方向性に関する提言」 が公開されました。日英あります。 (http://metadb.riken.jp/metadb/front?opentab=about) (小林)
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* [http://sparql-support.dbcls.jp/ SPARQL support] prefix 補完の時、カーソル移動すると変になるバグを修正(守屋)
=== 今後の予定 ===
=== 今後の予定 ===
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* 小野浩雅 (DBCLS)
* 小野浩雅 (DBCLS)
* 山本泰智 (DBCLS)
* 山本泰智 (DBCLS)
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* 阿部勝己(富士通)22日午後
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* 戀津魁(理研)22日のみ
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* Andrea Ghelfi(かずさ)
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* 田中聡 (Trans-IT) 22日のみ
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* 畠中秀樹 (NBDC) 23日のみ
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* 大石直哉(DOGRUN)
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* 信定知江 (NBDC) 23日のみ
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* 山中遼太(Oracle)22日のみ
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* 櫛田達矢(NBDC)23日

2017年7月31日 (月) 01:42時点における最新版

第57回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。

目次

開催概要

プロジェクト

TPP グループ全体

H29〜

継続中(〜H30)

〜H29


SPARQLthon グループ

  • がんゲノム(山中)
    • ICGC Release 25 のデータ変換フロー作成に着手(Docker 利用、R2RML による変換、FALDO 使用)7/28 完了を目指す
  • 症例報告からの疾患と表現型の関連データ - AMED小崎班/PubCases (桝屋・荻島・藤原・山本・片山)
    • HPO日本語版の検証中(山本)
  • CT と電顕画像の撮影対象などの検討、メタデータ(桝屋・田村・久米)
  • 微生物の採取地のマッピングデータ、MEOへの追加項目などを森さんと摺り合わせ(高月)
  • 理研メタデータベース(桝屋・高月・レンツ)
  • AMED遺伝子変異の臨床解釈の自動化に寄与する知識ベースのRDF整備(鎌田・中津井・小島・多胡・柴田・高橋・安部)
  • Disease Compass の論文が出ました(古崎)
  • バクテリアのリファレンスグラフゲノムの作成(大和田・片山)
  • 糖鎖関連遺伝子のRDF化(山田)
    • ゲノムデータベースから人力で抽出した糖鎖関連の遺伝子リストのRDF化。ヒト、マウス、ラットを作成予定
  • LOD Surfer (旧 SPARQL Builder)
    • ツールの目的が「SPARQLクエリを作ること」ではなく、複数のデータセットをまたいでクラス間を繋ぐデータ(トリプルのパス)を見せる,という方向にシフトすることに決めたのでプロジェクト名を今回改称。
    • https://github.com/sparqlbuilder
    • パスの量が増えるので,実際のSPARQLのログを利用して,パスランキング方法を改良したい
  • SRA+BioProject+BioSample(なかざと、おおた、大石、ぼうのう)
    • INSDCのデータを落としてきて、MongoDBやSolrに入れるところまでは済
    • インターフェースつけるところとRDF使うあたりを
    • DDBJの方でlivelist(publicかPrivateか)を気にしているのでそのあたりの仕様を特に
    • RDFとしてはIDの変換とかたどるあたりは馴染みがよいだろう(コメント:DDBJからオフィシャルにRDFで出るといいですね)
  • ClinVar 再RDF化(片山・川島)
  • おまけ
  • SPARQL support prefix 補完の時、カーソル移動すると変になるバグを修正(守屋)

今後の予定

参考リンク


参加者

  • 片山俊明 (DBCLS)
  • 川島秀一 (DBCLS)
  • 坊農秀雅 (DBCLS)
  • 守屋勇樹 (DBCLS)
  • 仲里猛留 (DBCLS)
  • 岡別府陽子 (MSS)
  • 古崎晃司 (大阪大学)
  • 桝屋啓志 (理研BRC)22日のみ
  • 久米慧嗣 (理研CLST)
  • 永野朗夫(penqe)
  • 山口敦子 (DBCLS)
  • 小林紀郎 (RIKEN 22日の夕方から参加)
  • 山田一作(野口研究所)22日午後から
  • 大和田周甫(東工大)22日のみ
  • 千葉啓和(DBCLS)
  • 高月照江(理研BRC)22日のみ
  • 五斗進(DBCLS)
  • 多湖真一郎(富士通研)
  • 高橋秀和(富士通研)
  • 中津井雅彦(京都大学)22日のみ
  • 小島諒介(京都大学) 22日のみ
  • 鎌田真由美(京都大学)22日のみ
  • 田村勝(理研BRC)22日午前のみ
  • 藤原豊史(DBCLS)
  • 内藤雄樹 (DBCLS)
  • 森宙史(遺伝研)23日は昼前まで
  • 大田達郎 (DBCLS) 金曜は昼から
  • 川嶋実苗 (NBDC) 23日午前
  • 宮崎和典 (NBDC) 23日午前
  • 三橋信孝 (NBDC) 23日午前
  • 柴田紘孝(富士通総研)22日のみ
  • 小野浩雅 (DBCLS)
  • 山本泰智 (DBCLS)
  • 阿部勝己(富士通)22日午後
  • 戀津魁(理研)22日のみ
  • Andrea Ghelfi(かずさ)
  • 田中聡 (Trans-IT) 22日のみ
  • 畠中秀樹 (NBDC) 23日のみ
  • 大石直哉(DOGRUN)
  • 信定知江 (NBDC) 23日のみ
  • 山中遼太(Oracle)22日のみ
  • 櫛田達矢(NBDC)23日
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