SPARQLthon56

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* アクセス:http://dbcls.rois.ac.jp/access
* アクセス:http://dbcls.rois.ac.jp/access
* 開催連絡:http://groups.google.com/group/biohackathon-jp メーリングリストにて
* 開催連絡:http://groups.google.com/group/biohackathon-jp メーリングリストにて
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* RDFポータルはメンテのため5/12(金)16:30から5/15(月)12:30まで停止しますのでご注意ください。
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* RDFポータルはメンテのため5/12(金)16:30から5/15(月)12:30まで停止しますのでご注意ください。→既にメンテ終了、9:50頃再開しました。
== プロジェクト ==
== プロジェクト ==
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==== H29〜 ====
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* [https://research-er.jp/projects/view/965239 データサイエンスを加速させる微生物統合データベースの高度実用化開発] (黒川) - http://microbedb.jp/
* [https://research-er.jp/projects/view/965239 データサイエンスを加速させる微生物統合データベースの高度実用化開発] (黒川) - http://microbedb.jp/
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* [https://research-er.jp/projects/view/965237 糖鎖科学ポータルの構築] (木下)
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** ポータルサイト構築
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* [http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/TPP2-kinoshita 糖鎖科学ポータルの構築] (木下)
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** [[糖鎖情報のRDF連携について|糖鎖情報のRDF連携について]](新町)
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* [https://research-er.jp/projects/view/965238 蛋白質構造データバンクのデータ検証高度化と統合化] (栗栖) - http://pdbj.org/
* [https://research-er.jp/projects/view/965238 蛋白質構造データバンクのデータ検証高度化と統合化] (栗栖) - http://pdbj.org/
* [https://research-er.jp/projects/view/965241 個体ゲノム時代に向けた植物ゲノム情報解析基盤の構築] (田畑) - http://pgdbj.jp/
* [https://research-er.jp/projects/view/965241 個体ゲノム時代に向けた植物ゲノム情報解析基盤の構築] (田畑) - http://pgdbj.jp/
* [https://research-er.jp/projects/view/965240 疾患ヒトゲノム変異の生物学的機能注釈を目指した多階層オーミクスデータの統合] (菅野) - http://kero.hgc.jp/
* [https://research-er.jp/projects/view/965240 疾患ヒトゲノム変異の生物学的機能注釈を目指した多階層オーミクスデータの統合] (菅野) - http://kero.hgc.jp/
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* [https://research-er.jp/projects/view/965235 エピゲノミクス統合データベースの開発と機能拡充] (沖) - http://chip-atlas.org/
* [https://research-er.jp/projects/view/965235 エピゲノミクス統合データベースの開発と機能拡充] (沖) - http://chip-atlas.org/
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** [[TPP-oki|TPP-oki]] (おおた)
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* [https://research-er.jp/projects/view/965236 ゲノム・疾患・医薬品のネットワークデータベース] (金久) - http://www.kegg.jp/kegg/medicus/
* [https://research-er.jp/projects/view/965236 ゲノム・疾患・医薬品のネットワークデータベース] (金久) - http://www.kegg.jp/kegg/medicus/
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** KEGG DISEASE の RDF 化進行中 (五斗)
==== 継続中(〜H30) ====
==== 継続中(〜H30) ====
* [[TPP-ishihama|プロテオーム統合データベース:jPOST]] (石濱) - http://jpostdb.org/
* [[TPP-ishihama|プロテオーム統合データベース:jPOST]] (石濱) - http://jpostdb.org/
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** BH17.11 の準備を始めた (吉沢)
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** GGRNAを利用する相談を内藤さんとした(飲みながら)(吉沢)
* [[TPP-onami|生命動態システム科学のデータベースの統合化]] (大浪)
* [[TPP-onami|生命動態システム科学のデータベースの統合化]] (大浪)
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=== SPARQLthon グループ ===
=== SPARQLthon グループ ===
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* KEGG OC RDF を [https://github.com/qfo/OrthologyOntology Orthology Ontology] に対応(守屋、千葉)
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* [[SPARQL Builderの開発計画]]を立てる (小林・山口)
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* [https://github.com/dbcls/rdfizing-db-guidelines データベースRDF化ガイドライン]をGitHub へ移行(川島)
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* TogoStanzaのEPをStardogに変更してみた[http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/SPARQLthon55/togo_rdfstore#Stardog 結果] (岡別府)
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* TogoGenome + human のプランニング (片山・川島・佐藤・野村・岡別府)
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* NGS現場の会チュートリアル用 MedGen, ClinVar, ExAC RDFのエンドポイント http://togogenome.org/sparql-ngs
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* vg によるメタゲノムのグラフ構築 - GFA を vg view で vg ファイルに変換など (大和田・片山)
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* vg による日本人ゲノムのグラフ化 - 進行中 (片山)
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* vg の可視化についての検討 (片山・永野)
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* D2RQ Mapper 改訂版の UI 検討 (山本・永野・片山)
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* TogoWS の dbSNP の JSON が壊れているっぽい (西澤)
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* DDBJ RDF の FTP サイト (藤澤)
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* DDBJ Validation APIのユーザ認証の検討(藤澤・大石・岡別府)
=== 今後の予定 ===
=== 今後の予定 ===
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* 大田達郎 (DBCLS)
* 大田達郎 (DBCLS)
* 新町大輔 (創価大)
* 新町大輔 (創価大)
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* 大和田周甫(東工大)5/15のみ
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* 小林紀郎(理研)
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* 岡別府陽子 (MSS)
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* 信定知江 (NBDC)  16時まで
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* 久保大(東工大)15日のみ
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* 平川英樹(かずさ)15日のみ
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* 内藤雄樹 (DBCLS) 5/16は午後から参加
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* 山田一作(野口研究所)15日(10:50まで)、16日(11:30まで)
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* 五斗進(DBCLS)
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* Andrea Ghelfi(かずさ)
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* 田中聡 (Trans-IT) 5/16 のみ 17:00 まで
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* 藤原豊史(DBCLS)5/15のみ
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* 藤澤貴智(遺伝研)
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* 佐藤大輔(レベルファイブ)5/16のみ

2017年6月27日 (火) 10:03時点における最新版

第56回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。

目次

開催概要

  • 開催期間:2017年 5月 15(月)- 16日(火)
  • 開催場所:ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS) @ 東京大学 柏の葉キャンパス駅前 サテライト 6階
  • アクセス:http://dbcls.rois.ac.jp/access
  • 開催連絡:http://groups.google.com/group/biohackathon-jp メーリングリストにて
  • RDFポータルはメンテのため5/12(金)16:30から5/15(月)12:30まで停止しますのでご注意ください。→既にメンテ終了、9:50頃再開しました。

プロジェクト

TPP グループ全体

H29〜

継続中(〜H30)

〜H29


SPARQLthon グループ

  • KEGG OC RDF を Orthology Ontology に対応(守屋、千葉)
  • SPARQL Builderの開発計画を立てる (小林・山口)
  • データベースRDF化ガイドラインをGitHub へ移行(川島)
  • TogoStanzaのEPをStardogに変更してみた結果 (岡別府)
  • TogoGenome + human のプランニング (片山・川島・佐藤・野村・岡別府)
  • NGS現場の会チュートリアル用 MedGen, ClinVar, ExAC RDFのエンドポイント http://togogenome.org/sparql-ngs
  • vg によるメタゲノムのグラフ構築 - GFA を vg view で vg ファイルに変換など (大和田・片山)
  • vg による日本人ゲノムのグラフ化 - 進行中 (片山)
  • vg の可視化についての検討 (片山・永野)
  • D2RQ Mapper 改訂版の UI 検討 (山本・永野・片山)
  • TogoWS の dbSNP の JSON が壊れているっぽい (西澤)
  • DDBJ RDF の FTP サイト (藤澤)
  • DDBJ Validation APIのユーザ認証の検討(藤澤・大石・岡別府)

今後の予定

参考リンク


参加者

  • 片山俊明 (DBCLS)
  • 川島秀一 (DBCLS)
  • 守屋勇樹 (DBCLS)
  • 山中遼太 (Oracle) 5/15 のみ
  • 山口敦子 (DBCLS)
  • 吉沢明康(京大・薬)
  • 千葉啓和(DBCLS)
  • 永野朗夫(Penqe)
  • 仲里猛留(DBCLS)5/15のみ
  • 小野浩雅(DBCLS)
  • 山本泰智(DBCLS)
  • 坊農秀雅 (DBCLS)
  • 大田達郎 (DBCLS)
  • 新町大輔 (創価大)
  • 大和田周甫(東工大)5/15のみ
  • 小林紀郎(理研)
  • 岡別府陽子 (MSS)
  • 信定知江 (NBDC) 16時まで
  • 久保大(東工大)15日のみ
  • 平川英樹(かずさ)15日のみ
  • 内藤雄樹 (DBCLS) 5/16は午後から参加
  • 山田一作(野口研究所)15日(10:50まで)、16日(11:30まで)
  • 五斗進(DBCLS)
  • Andrea Ghelfi(かずさ)
  • 田中聡 (Trans-IT) 5/16 のみ 17:00 まで
  • 藤原豊史(DBCLS)5/15のみ
  • 藤澤貴智(遺伝研)
  • 佐藤大輔(レベルファイブ)5/16のみ
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