SPARQLthon55

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* [https://research-er.jp/projects/view/965239 データサイエンスを加速させる微生物統合データベースの高度実用化開発] (黒川) - http://microbedb.jp/
* [https://research-er.jp/projects/view/965239 データサイエンスを加速させる微生物統合データベースの高度実用化開発] (黒川) - http://microbedb.jp/
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* [https://research-er.jp/projects/view/965237 糖鎖科学ポータルの構築] (木下)
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* [http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/TPP2-kinoshita 糖鎖科学ポータルの構築] (木下)
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** [[糖鎖情報のRDF連携について|糖鎖情報のRDF連携について]](新町)
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** [http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/Glycoinfo-Stanza glycoinfo-Stanza](山田)
* [https://research-er.jp/projects/view/965238 蛋白質構造データバンクのデータ検証高度化と統合化] (栗栖) - http://pdbj.org/
* [https://research-er.jp/projects/view/965238 蛋白質構造データバンクのデータ検証高度化と統合化] (栗栖) - http://pdbj.org/
* [https://research-er.jp/projects/view/965241 個体ゲノム時代に向けた植物ゲノム情報解析基盤の構築] (田畑) - http://pgdbj.jp/
* [https://research-er.jp/projects/view/965241 個体ゲノム時代に向けた植物ゲノム情報解析基盤の構築] (田畑) - http://pgdbj.jp/
* [https://research-er.jp/projects/view/965240 疾患ヒトゲノム変異の生物学的機能注釈を目指した多階層オーミクスデータの統合] (菅野) - http://kero.hgc.jp/
* [https://research-er.jp/projects/view/965240 疾患ヒトゲノム変異の生物学的機能注釈を目指した多階層オーミクスデータの統合] (菅野) - http://kero.hgc.jp/
* [https://research-er.jp/projects/view/965235 エピゲノミクス統合データベースの開発と機能拡充] (沖) - http://chip-atlas.org/
* [https://research-er.jp/projects/view/965235 エピゲノミクス統合データベースの開発と機能拡充] (沖) - http://chip-atlas.org/
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** [http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/TPP-oki TPP-oki] (おおた)
* [https://research-er.jp/projects/view/965236 ゲノム・疾患・医薬品のネットワークデータベース] (金久) - http://www.kegg.jp/kegg/medicus/
* [https://research-er.jp/projects/view/965236 ゲノム・疾患・医薬品のネットワークデータベース] (金久) - http://www.kegg.jp/kegg/medicus/
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=== SPARQLthon グループ ===
=== SPARQLthon グループ ===
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* Portable Portal - Triplestore Container Imaging [http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/Portableportal] (青木)
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* SPARQList の Dockerfile [[SPARQList#Dockerfile]] (片山)
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* LOD4ML http://lod4ml.org/ (永野・川島・片山)
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* SPANG で AllegroGraph にアクセスしてみた(千葉)
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* TogoStanzaのEPをAllegroGraphに変更してみた[http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/SPARQLthon55/togo_rdfstore 結果] (岡別府)
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* GGGenome-CyanoBase メタデータ作成(藤澤)
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** 日本語メタデータについて、LSD, J-Grobalで確認して、属名レベルを付与した
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* SPARQL Builder 3年計画(山口・山本・小林・桝屋・古崎)
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** 桝屋さんの示した出来上がり[http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/images/f/f0/SB_GUI.pdf イメージ]を,これまで作ってきた技術を利用して実現する
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** 新規開発技術: メタデータカタログ,連合検索
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* UmakaViewer ユーザフィードバック(山口・山本・小林・桝屋・古崎)
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*Stanza開発
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** 桝屋 1個(汎用表スタンザ:鋭意公開準備中) テスト版http://phenomodel.riken.jp/stanza/ztrap/ (連邦検索のせいで表示うまく出ない場合あり)
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** 糖鎖グループ 15個( js-stanza 12個、ruby-stanza 3個) (GlyTouCanなどで利用)http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/Glycoinfo-Stanza
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** CyanoBase 6個 http://genome.microbedb.jp/stanza
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** 基生研 17個 http://mbgd.genome.ad.jp/stanza
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** MicrobeDB.jp 公開 87個  非公開(要認証情報) 23個
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** TogoGenome 59個
=== 今後の予定 ===
=== 今後の予定 ===
* 8月は和光開催?
* 8月は和光開催?
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* 国内版バイオハッカソン [[BH17.11]]
* RDF化ガイドライン最新版 → [[RDFizingDatabaseGuideline]]
* RDF化ガイドライン最新版 → [[RDFizingDatabaseGuideline]]
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* 山口敦子 (DBCLS)
* 山口敦子 (DBCLS)
* 山本泰智 (DBCLS)
* 山本泰智 (DBCLS)
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* 小澤健太郎 (SGI)
 
* 吉沢明康(京大・薬)
* 吉沢明康(京大・薬)
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* 永野朗夫(PENQE)
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* 永野朗夫(PENQE)14日は15時まで
* 千葉啓和(DBCLS)
* 千葉啓和(DBCLS)
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* 山田一作(野口研究所)
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* 山田一作(野口研究所)13日は午後から参加
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* 青木・ポール信行(SPARQLiTe)13日のみ
* 新町大輔(創価大)
* 新町大輔(創価大)
* 小林紀郎(理研)13日の夕方から
* 小林紀郎(理研)13日の夕方から
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* 守屋勇樹 (DBCLS)
* 守屋勇樹 (DBCLS)
* 仲里猛留 (DBCLS)
* 仲里猛留 (DBCLS)
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* 藤原豊史 (DBCLS)
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* 藤澤貴智(遺伝研)
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* 田中聡 (Trans-IT)
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* 大石直哉 (DOGRUN)
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* 内藤雄樹 (DBCLS) 13日のみ
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* 佐藤大輔 (レベルファイブ) 13日のみ
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* 平川英樹(かずさ)
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* 畠中秀樹 (NBDC) 14日のみ
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* 五斗進(DBCLS)
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* 桝屋啓志(理研BRC)14日のみ
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* 櫛田達矢(NBDC)14日のみ
 +
* 富川弓子(JST)14日のみ
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* 時松敏明(DDBJ)14日のみ
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* 大田達郎(DBCLS)13日は午後のみ
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* 小野浩雅 (DBCLS)

2017年6月27日 (火) 10:02時点における最新版

第55回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。

目次

開催概要

プロジェクト

TPP グループ全体

H29〜

〜H29

継続中(〜H30)


SPARQLthon グループ

  • Portable Portal - Triplestore Container Imaging [1] (青木)
  • SPARQList の Dockerfile SPARQList#Dockerfile (片山)
  • LOD4ML http://lod4ml.org/ (永野・川島・片山)
  • SPANG で AllegroGraph にアクセスしてみた(千葉)
  • TogoStanzaのEPをAllegroGraphに変更してみた結果 (岡別府)
  • GGGenome-CyanoBase メタデータ作成(藤澤)
    • 日本語メタデータについて、LSD, J-Grobalで確認して、属名レベルを付与した
  • SPARQL Builder 3年計画(山口・山本・小林・桝屋・古崎)
    • 桝屋さんの示した出来上がりイメージを,これまで作ってきた技術を利用して実現する
    • 新規開発技術: メタデータカタログ,連合検索
  • UmakaViewer ユーザフィードバック(山口・山本・小林・桝屋・古崎)

今後の予定

参考リンク


参加者

  • 片山俊明 (DBCLS)
  • 川島秀一 (DBCLS)
  • 岡別府陽子(MSS)
  • 坊農秀雅 (DBCLS)
  • 山口敦子 (DBCLS)
  • 山本泰智 (DBCLS)
  • 吉沢明康(京大・薬)
  • 永野朗夫(PENQE)14日は15時まで
  • 千葉啓和(DBCLS)
  • 山田一作(野口研究所)13日は午後から参加
  • 青木・ポール信行(SPARQLiTe)13日のみ
  • 新町大輔(創価大)
  • 小林紀郎(理研)13日の夕方から
  • 古崎晃司(阪大)14日のみ
  • 守屋勇樹 (DBCLS)
  • 仲里猛留 (DBCLS)
  • 藤原豊史 (DBCLS)
  • 藤澤貴智(遺伝研)
  • 田中聡 (Trans-IT)
  • 大石直哉 (DOGRUN)
  • 内藤雄樹 (DBCLS) 13日のみ
  • 佐藤大輔 (レベルファイブ) 13日のみ
  • 平川英樹(かずさ)
  • 畠中秀樹 (NBDC) 14日のみ
  • 五斗進(DBCLS)
  • 桝屋啓志(理研BRC)14日のみ
  • 櫛田達矢(NBDC)14日のみ
  • 富川弓子(JST)14日のみ
  • 時松敏明(DDBJ)14日のみ
  • 大田達郎(DBCLS)13日は午後のみ
  • 小野浩雅 (DBCLS)
個人用ツール