SPARQLthon54

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(開催概要: ホテル昭明館追加)
 
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* ホテルについて
* ホテルについて
** 駅の周りのホテル
** 駅の周りのホテル
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*** ホテル昭明館 http://showmeikan.com/ 南口。INSDCミーティング2017で使われたホテル
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*** ドーミーイン http://www.hotespa.net/hotels/mishima/ 南口。トレインビュー&富士山ビュー。温泉があります
*** ホテルアルファワン http://www.alpha-1.co.jp/mishima/ 南口。INSDCミーティングの時に使ってるホテルその1
*** ホテルアルファワン http://www.alpha-1.co.jp/mishima/ 南口。INSDCミーティングの時に使ってるホテルその1
*** ホテルマッシモ三島 http://www.massimo-m.jp 南口。INSDCミーティングの時に使ってるホテルその2
*** ホテルマッシモ三島 http://www.massimo-m.jp 南口。INSDCミーティングの時に使ってるホテルその2
*** 東横イン http://www.toyoko-inn.com/hotel/00215/ 北口。あんまりお店がない方(北口)だけど遺伝研行きシャトルバス乗り場に近い方
*** 東横イン http://www.toyoko-inn.com/hotel/00215/ 北口。あんまりお店がない方(北口)だけど遺伝研行きシャトルバス乗り場に近い方
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*** ドーミーイン http://www.hotespa.net/hotels/mishima/ 南口。トレインビュー&富士山ビュー。温泉があります
 
* 開催連絡:http://groups.google.com/group/biohackathon-jp メーリングリストにて
* 開催連絡:http://groups.google.com/group/biohackathon-jp メーリングリストにて
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* [[TPP-arita|生物種メタボロームモデル・データベースの構築]] (有田)
* [[TPP-arita|生物種メタボロームモデル・データベースの構築]] (有田)
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** KNApSAcK のデータの精細化、ピーク毎にふさわしそうな化合物をサジェストするなど
* [[TPP-kanehisa|ゲノムとフェノタイプ・疾患・医薬品の統合データベース]] (金久)
* [[TPP-kanehisa|ゲノムとフェノタイプ・疾患・医薬品の統合データベース]] (金久)
* [[TPP-kurokawa|ゲノム・メタゲノム情報統合による微生物DBの超高度化推進]] (黒川)
* [[TPP-kurokawa|ゲノム・メタゲノム情報統合による微生物DBの超高度化推進]] (黒川)
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** MicorobeDB の RDF データを NBDC RDF ポータルに入れるための整理
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** NBDC のデータアーカイブへも提供が必要なため、メタデータの準備、HDDの手配
* [[TPP-sugano|疾患ヒトゲノム変異の生物学的機能注釈を目指した多階層オミクスデータの統合]] (菅野)
* [[TPP-sugano|疾患ヒトゲノム変異の生物学的機能注釈を目指した多階層オミクスデータの統合]] (菅野)
* [[TPP-tabata|植物ゲノム情報活用のための統合研究基盤の構築]] (田畑)
* [[TPP-tabata|植物ゲノム情報活用のための統合研究基盤の構築]] (田畑)
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* [[TPP-nakamura|蛋白質構造データバンクの高度化と統合的運用]] (中村)
* [[TPP-nakamura|蛋白質構造データバンクの高度化と統合的運用]] (中村)
* [[TPP-narimatsu|糖鎖統合データベースおよび国際糖鎖構造リポジトリの開発]] (成松)
* [[TPP-narimatsu|糖鎖統合データベースおよび国際糖鎖構造リポジトリの開発]] (成松)
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** PDBjから糖鎖データを取得するコードの修正とテスト中(山田)
* [[TPP-masuya|生命と環境のフェノーム統合データベース]] (桝屋)
* [[TPP-masuya|生命と環境のフェノーム統合データベース]] (桝屋)
* [[TPP-onami|生命動態システム科学のデータベースの統合化]](大浪)
* [[TPP-onami|生命動態システム科学のデータベースの統合化]](大浪)
* [[TPP-ishihama|プロテオーム統合データベース:jPOST]](石濱)
* [[TPP-ishihama|プロテオーム統合データベース:jPOST]](石濱)
=== TPP グループ全体 ===
=== TPP グループ全体 ===
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* [http://db-dev.jpostdb.org/ts/stanza/protein_ptm_browse/help.html Protein PTM stanza] (スクロールで拡大)(守屋)
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** SVG の text は属性で font-family, font-size など指定できるが、ShadowDOM 内の SVG では font 属性が反映されない
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* スタンザごとのヘルプ作成(オーソログ関連)(千葉)
=== SPARQLthon グループ ===
=== SPARQLthon グループ ===
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* [[SPARQL-proxy]] SPARQL cache server (片山)
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* [[SPARQList]] SPARQL REST API server (片山)
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* ICGC がんゲノム(山中 [https://connpass.com/event/51824/ 広告])
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** Version 23 の RDF データを生成
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** マッピングを [[BH13.13/D2RQ|D2RQ]] から [[R2RML]] に書き換える
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* [http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/%E5%A4%A9%E7%84%B6%E7%89%A9/%E7%B3%96%E3%82%BF%E3%83%B3%E3%83%91%E3%82%AF%E8%B3%AA%E8%A4%87%E5%90%88%E4%BD%93 糖タンパク質複合体のRDFスキーマ](山田)
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* Quanto の オントロジーに definition がないと reviewer に怒られたのでなおした (大田)
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* SPARQL Builder GUI 改修のための要件整理(山口,戀津)
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* NIBB SPARQLエンドポイントにおける SPARQL-proxy の導入・テスト(西出、千葉)
=== 今後の予定 ===
=== 今後の予定 ===
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* 片山俊明 (DBCLS)
* 片山俊明 (DBCLS)
* 川島秀一 (DBCLS)
* 川島秀一 (DBCLS)
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* 坊農秀雅 (DBCLS)
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* 坊農秀雅 (DBCLS) 13日のみ
* 千葉啓和(基生研)
* 千葉啓和(基生研)
* 山口敦子 (DBCLS)
* 山口敦子 (DBCLS)
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* 山本泰智 (DBCLS)
* 山本泰智 (DBCLS)
* 永野朗夫 (PENQE)
* 永野朗夫 (PENQE)
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* 市原寿子 (かずさDNA研) 13日か14日のどちらか1日
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* 市原寿子 (かずさDNA研) 13日のみ
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* 内藤雄樹 (DBCLS)
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* 森宙史 (遺伝研)
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* 山田一作(野口研究所)
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* 望月孝子(遺伝研)
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* 藤澤貴智(遺伝研)
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* 田中聡 (Trans-IT)
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* 大石直哉 (DOGRUN)
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* 山田拓司(東工大)13日のみ
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* 大和田周甫(東工大)13日のみ
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* 久保大(東工大)13日のみ
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* 戀津魁(理研)13日のみ
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* 五斗進(DBCLS)
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* 中村保一(遺伝研)13日午後2時頃から・14日は教授会のためいたりいなかったり
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* 有田正規(遺伝研)
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* 川島武士(遺伝研)
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* 畠中秀樹 (NBDC) 14日のみ

2017年5月20日 (土) 00:36時点における最新版

第54回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。

目次

開催概要

  • 開催期間:2017年 3月 13-14 日
  • 開催場所:遺伝学研究所 生命情報研究センター棟 (DDBJ棟) 4F会議室 (W403-405)
  • アクセス:http://dbcls.rois.ac.jp/access
    • 遺伝研行きのシャトルバスがあります。乗り口は北口から出てロータリー向かって左手です。
    • 新幹線ーNIGシャトルバス接続情報
    • 9:30出発のシャトルバスに乗ってお越しいただくと、DDBJ棟までご案内します。
      • 関東方面からお越しの方は こだま639号 (東京8:26発、品川8:34発) がスムーズです。
      • 関西方面からお越しの方は こだま632号 (名古屋7:29発) がスムーズですが、朝が早いので前泊する方が楽です。
  • お昼について
    • 所内には小さい食堂がありますが、売店などはありません。お弁当などをお持ち頂くことをお勧めします。
  • ホテルについて
  • 開催連絡:http://groups.google.com/group/biohackathon-jp メーリングリストにて

プロジェクト

TPP グループ全体

  • Protein PTM stanza (スクロールで拡大)(守屋)
    • SVG の text は属性で font-family, font-size など指定できるが、ShadowDOM 内の SVG では font 属性が反映されない
  • スタンザごとのヘルプ作成(オーソログ関連)(千葉)

SPARQLthon グループ

  • ICGC がんゲノム(山中 広告
    • Version 23 の RDF データを生成
    • マッピングを D2RQ から R2RML に書き換える
  • Quanto の オントロジーに definition がないと reviewer に怒られたのでなおした (大田)
  • SPARQL Builder GUI 改修のための要件整理(山口,戀津)
  • NIBB SPARQLエンドポイントにおける SPARQL-proxy の導入・テスト(西出、千葉)

今後の予定

参考リンク


参加者

  • 片山俊明 (DBCLS)
  • 川島秀一 (DBCLS)
  • 坊農秀雅 (DBCLS) 13日のみ
  • 千葉啓和(基生研)
  • 山口敦子 (DBCLS)
  • 守屋勇樹 (DBCLS)
  • 岡別府陽子 (MSS)
  • 大田達郎 (DBCLS)
  • 吉沢明康(京大化研)
  • 山本泰智 (DBCLS)
  • 永野朗夫 (PENQE)
  • 市原寿子 (かずさDNA研) 13日のみ
  • 内藤雄樹 (DBCLS)
  • 森宙史 (遺伝研)
  • 山田一作(野口研究所)
  • 望月孝子(遺伝研)
  • 藤澤貴智(遺伝研)
  • 田中聡 (Trans-IT)
  • 大石直哉 (DOGRUN)
  • 山田拓司(東工大)13日のみ
  • 大和田周甫(東工大)13日のみ
  • 久保大(東工大)13日のみ
  • 戀津魁(理研)13日のみ
  • 五斗進(DBCLS)
  • 中村保一(遺伝研)13日午後2時頃から・14日は教授会のためいたりいなかったり
  • 有田正規(遺伝研)
  • 川島武士(遺伝研)
  • 畠中秀樹 (NBDC) 14日のみ
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