SPARQLthon50/MBGD

提供:TogoWiki

2016年11月24日 (木) 03:32時点におけるChi (トーク | 投稿記録)による版
移動: 案内, 検索
  • これまでに取り組んだスタンザを完成させる・まとめる (リスト)
  • 組み込みテスト
  • デバッグ

スタンザ開発・まとめ

一般公開関連スタンザ化

  • taxon_to_specific_genes_on_chromosome
  • gene_content_comparison_between_taxa_on_chromosome
  • opencampus_d → taxon_to_specific_genes_with_positions
  • opencampus → gene_content_comparison_between_taxa_with_positions
  • specific_genes →

MicrobeDBでの利用

Todo

  • スタンザでデフォルトパラメータを指定しておくには?
  • MicrobeDBでは2015-01を利用中、2016-01(新データ・新モデル)でも動くように [1] [2]

デバッグ

Taxonomy treeの不整合のせいで、MicrobeDBでの表示がおかしくなっていた

  • UniProtからとってきたものを使うのはやめて、DDBJからとってきたものにした
  • 20160704 のバージョンをもらって、ロードした


taxon_to_specific_genes スタンザで、zero divisionが発生することがある

  • SPARQLに、zeroチェックを入れた
  • エラーが出たので、おまじない
DEFINE sql:select-option "order"

を入れた


[3]


有田さんとのdiscussion

  • オーソログ情報、標準化できるか?:重要
  • これまでに作ってきたアプリケーションと、組み合わせて利用したりできる


テンプレートライブラリ

  • Bioqueriesの利用ができるか
bioquery prefix:name | spang uniprot -

とか

spang uniprot =(bioquery prefix:name)

とかできるはず

個人用ツール