SPARQLthon50/MBGD

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2016年11月24日 (木) 03:16時点におけるChi (トーク | 投稿記録)による版
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スタンザ

これまでに作ったものを完成させる・まとめる

組み込みテスト

デバッグ

  • opencampus → gene_content_comparison_between_taxa_with_positions
  • opencampus_d → taxon_to_specific_genes_with_positions

スタンザ → リスト


Taxonomy treeの不整合のせいで、MicrobeDBでの表示がおかしくなっていた

  • UniProtからとってきたものを使うのはやめて、DDBJからとってきたものにした
  • 20160704 のバージョンをもらって、ロードした


taxon_to_specific_genes スタンザで、zero divisionが発生することがある

  • SPARQLに、zeroチェックを入れた
  • エラーが出たので、おまじない
DEFINE sql:select-option "order"

を入れた


[2]


有田さんとのdiscussion

  • オーソログ情報、標準化できるか?:重要
  • これまでに作ってきたアプリケーションと、組み合わせて利用したりできる


テンプレートライブラリ

  • Bioqueriesの利用ができるか
bioquery prefix:name | spang uniprot -

とか

spang uniprot =(bioquery prefix:name)

とかできるはず

個人用ツール