SPARQLthon50/MBGD

提供：TogoWiki

• これまでに取り組んだスタンザの完成・まとめ
• 組み込み

Todo

• 表示確認・デバッグ
• データのバージョン・パラメータの確認
• 表示されるまでの時間を高速化
• MicrobeDB論文化

目次 1 スタンザ開発・まとめ 2 デバッグ 3 論文化 4 その他

スタンザ開発・まとめ

一般公開関連スタンザ化、整理

• taxon_to_specific_genes_on_chromosome
• gene_content_comparison_between_taxa_on_chromosome
• opencampus_d → taxon_to_specific_genes_with_positions
• opencampus → gene_content_comparison_between_taxa_with_positions
• specific_ratio →

リスト

MicrobeDBでの利用

• 比較ゲノム用ページ

Todo

• MicrobeDBでは2015-01を利用中、2016-01（新データ・新モデル）でも動くように [1] [2]
• スタンザでデフォルトパラメータを指定しておくには？

デバッグ

MicrobeDBの比較ゲノムでTaxonomy treeの表示がおかしい

• taxonomyのバージョンが違うと、途中のtax_id, nameが変更されていることがある
• UniProtからとってきたものを使うのはやめて、DDBJからとってきたものにした
• 20160704 のバージョンをもらって、ロードした
• 灰色の名前は消えるはず

taxon_to_specific_genes スタンザで、引数のtax_idによっては、エラーが表示されることがある

• SPARQLで、division by zeroが発生していた
• SPARQLに、zeroチェックを入れた

BIND (IF(?count_organism_all!=0, xsd:decimal(?count)/?count_organism_all, 0) AS ?ratio)

• SPARQLが複雑に（サブクエリおよびBINDを含む）なったせいか、実行ができなくなってしまった

DEFINE sql:select-option "order"

で評価順序を固定にした

論文化

• オーソログのセクション

その他

有田さんとのdiscussion

• オーソログ情報、標準化できるか？：重要
• これまでに作ってきたアプリケーションと、組み合わせて利用したりできる

テンプレートライブラリ

• Bioqueriesの利用ができるか

bioquery prefix:name | spang uniprot -

とか

spang uniprot =(bioquery prefix:name)

とかできるはず