SPARQLthon50/MBGD

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(スタンザ開発・まとめ)
(スタンザ開発・まとめ)
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* [http://biointegra.jp/MDBdemo/compare/taxonomies 比較ゲノム用ページ]
* [http://biointegra.jp/MDBdemo/compare/taxonomies 比較ゲノム用ページ]
Todo
Todo
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* スタンザでデフォルトパラメータを指定しておくには?
 
* MicrobeDBでは2015-01を利用中、2016-01(新データ・新モデル)でも動くように [http://mbgd.genome.ad.jp:8100/stanza] [http://mbgd.genome.ad.jp:8101/stanza]
* MicrobeDBでは2015-01を利用中、2016-01(新データ・新モデル)でも動くように [http://mbgd.genome.ad.jp:8100/stanza] [http://mbgd.genome.ad.jp:8101/stanza]
 +
* スタンザでデフォルトパラメータを指定しておくには?
=== デバッグ ===
=== デバッグ ===

2016年11月24日 (木) 04:23時点における版

  • これまでに取り組んだスタンザの完成・まとめ
  • 組み込み

Todo

  • デバッグ
  • MicrobeDB論文化

目次

スタンザ開発・まとめ

一般公開関連スタンザ化

  • taxon_to_specific_genes_on_chromosome
  • gene_content_comparison_between_taxa_on_chromosome
  • opencampus_d → taxon_to_specific_genes_with_positions
  • opencampus → gene_content_comparison_between_taxa_with_positions
  • specific_genes →

リスト


MicrobeDBでの利用

Todo

  • MicrobeDBでは2015-01を利用中、2016-01(新データ・新モデル)でも動くように [1] [2]
  • スタンザでデフォルトパラメータを指定しておくには?

デバッグ

MicrobeDBの比較ゲノムでTaxonomy treeの表示がおかしい

  • UniProtからとってきたものを使うのはやめて、DDBJからとってきたものにした
  • 20160704 のバージョンをもらって、ロードした
  • 灰色の名前は消えるはず


taxon_to_specific_genes スタンザで、引数のtax_idによっては、エラーが表示されることがある

  • SPARQLで、division by zeroが発生していた
  • SPARQLに、zeroチェックを入れた
BIND (IF(?count_organism_all!=0, xsd:decimal(?count)/?count_organism_all, 0) AS ?ratio)
  • SPARQLが複雑に(サブクエリおよびBINDを含む)なったせいか、実行ができなくなってしまった
DEFINE sql:select-option "order"

で評価順序を固定にした

論文化

その他

有田さんとのdiscussion

  • オーソログ情報、標準化できるか?:重要
  • これまでに作ってきたアプリケーションと、組み合わせて利用したりできる


テンプレートライブラリ

  • Bioqueriesの利用ができるか
bioquery prefix:name | spang uniprot -

とか

spang uniprot =(bioquery prefix:name)

とかできるはず

個人用ツール