SPARQLthon50/MBGD

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(スタンザ開発・まとめ)
(スタンザ開発・まとめ)
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[http://bias4.nibb.ac.jp:8095/GenomeD3Plot/compare_e.php?tax1=1117 一般公開関連]スタンザ化
[http://bias4.nibb.ac.jp:8095/GenomeD3Plot/compare_e.php?tax1=1117 一般公開関連]スタンザ化
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* opencampus_d → taxon_to_specific_genes_with_positions
 
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* opencampus → gene_content_comparison_between_taxa_with_positions
 
* taxon_to_specific_genes_on_chromosome
* taxon_to_specific_genes_on_chromosome
* gene_content_comparison_between_taxa_on_chromosome
* gene_content_comparison_between_taxa_on_chromosome
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+
* opencampus_d → taxon_to_specific_genes_with_positions
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*  
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* opencampus → gene_content_comparison_between_taxa_with_positions
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* specific_genes → 
* MicrobeDBに埋め込んだページの確認 [http://biointegra.jp/MDBdemo/compare/taxonomies]
* MicrobeDBに埋め込んだページの確認 [http://biointegra.jp/MDBdemo/compare/taxonomies]
* デフォルトパラメータを指定しておくには?
* デフォルトパラメータを指定しておくには?

2016年11月24日 (木) 03:27時点における版

  • これまでに取り組んだスタンザを完成させる・まとめる (リスト)
  • 組み込みテスト
  • デバッグ

スタンザ開発・まとめ

一般公開関連スタンザ化

  • taxon_to_specific_genes_on_chromosome
  • gene_content_comparison_between_taxa_on_chromosome
  • opencampus_d → taxon_to_specific_genes_with_positions
  • opencampus → gene_content_comparison_between_taxa_with_positions
  • specific_genes →
  • MicrobeDBに埋め込んだページの確認 [1]
  • デフォルトパラメータを指定しておくには?

バージョンアップに対応

デバッグ

Taxonomy treeの不整合のせいで、MicrobeDBでの表示がおかしくなっていた

  • UniProtからとってきたものを使うのはやめて、DDBJからとってきたものにした
  • 20160704 のバージョンをもらって、ロードした


taxon_to_specific_genes スタンザで、zero divisionが発生することがある

  • SPARQLに、zeroチェックを入れた
  • エラーが出たので、おまじない
DEFINE sql:select-option "order"

を入れた


[4]


有田さんとのdiscussion

  • オーソログ情報、標準化できるか?:重要
  • これまでに作ってきたアプリケーションと、組み合わせて利用したりできる


テンプレートライブラリ

  • Bioqueriesの利用ができるか
bioquery prefix:name | spang uniprot -

とか

spang uniprot =(bioquery prefix:name)

とかできるはず

個人用ツール