SPARQLthon50/MBGD

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=== スタンザ ===
=== スタンザ ===
やるべきこと
やるべきこと
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* これまでに作ったものを完成させる・まとめる ([http://mbgd.genome.ad.jp:8100/stanza リスト])
+
* これまでに作ったものを完成させる・まとめる ()
* 組み込みテスト
* 組み込みテスト
* デバッグ
* デバッグ
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バージョンアップに対応
バージョンアップに対応
-
*  
+
* [http://mbgd.genome.ad.jp:8100/stanza] [http://mbgd.genome.ad.jp:8101/stanza]
=== デバッグ ===
=== デバッグ ===

2016年11月24日 (木) 03:21時点における版

スタンザ

やるべきこと

  • これまでに作ったものを完成させる・まとめる ()
  • 組み込みテスト
  • デバッグ

一般公開用アプリケーションのスタンザ化

  • opencampus → gene_content_comparison_between_taxa_with_positions
  • opencampus_d → taxon_to_specific_genes_with_positions

スタンザ → リスト

バージョンアップに対応

デバッグ

Taxonomy treeの不整合のせいで、MicrobeDBでの表示がおかしくなっていた

  • UniProtからとってきたものを使うのはやめて、DDBJからとってきたものにした
  • 20160704 のバージョンをもらって、ロードした


taxon_to_specific_genes スタンザで、zero divisionが発生することがある

  • SPARQLに、zeroチェックを入れた
  • エラーが出たので、おまじない
DEFINE sql:select-option "order"

を入れた


[4]


有田さんとのdiscussion

  • オーソログ情報、標準化できるか?:重要
  • これまでに作ってきたアプリケーションと、組み合わせて利用したりできる


テンプレートライブラリ

  • Bioqueriesの利用ができるか
bioquery prefix:name | spang uniprot -

とか

spang uniprot =(bioquery prefix:name)

とかできるはず

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