SPARQLthon50/MBGD

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[http://www.nibb.ac.jp/chiba/wiki126/index.php/SPARQLthon]
 
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スタンザ → [http://mbgd.genome.ad.jp/stanza/ リスト]
スタンザ → [http://mbgd.genome.ad.jp/stanza/ リスト]
* opencampus → gene_content_comparison_between_taxa_with_positions
* opencampus → gene_content_comparison_between_taxa_with_positions
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  DEFINE sql:select-option "order"
  DEFINE sql:select-option "order"
を入れた
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[http://www.nibb.ac.jp/chiba/wiki126/index.php/SPARQLthon]

2016年11月22日 (火) 08:01時点における版

スタンザ → リスト

  • opencampus → gene_content_comparison_between_taxa_with_positions
  • opencampus_d → taxon_to_specific_genes_with_positions
  • MicrobeDBに埋め込んだページの確認
  • デフォルトパラメータを指定しておくには?


Taxonomy treeの不整合のせいで、MicrobeDBでの表示がおかしくなっていた

  • UniProtからとってきたものを使うのはやめて、DDBJからとってきたものにした
  • 20160704 のバージョンをもらって、ロードした


taxon_to_specific_genes スタンザで、zero divisionが発生することがある

  • SPARQLに、zeroチェックを入れた
  • エラーが出たので、おまじない
DEFINE sql:select-option "order"

を入れた


[1]


有田さんとのdiscussion

  • オーソログ情報、標準化できるか?:重要
  • これまでに作ってきたアプリケーションと、組み合わせて利用したりできる


テンプレートライブラリ

  • Bioqueriesの利用ができるか
bioquery prefix:name | spang uniprot -

とか

spang uniprot =(bioquery prefix:name)

とかできるはず

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