SPARQLthon50/MBGD

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有田さんとのdiscussion
有田さんとのdiscussion
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* オーソログ情報の標準化ができるか
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* オーソログ情報、標準化できるか?:重要
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* これまでに作ってきたアプリケーションと、組み合わせて利用したりできる

2016年11月22日 (火) 07:54時点における版

原稿 [1]


スタンザ → リスト

  • opencampus → gene_content_comparison_between_taxa_with_positions
  • opencampus_d → taxon_to_specific_genes_with_positions
  • MicrobeDBに埋め込んだページ

Taxonomy treeの不整合のせいで、MicrobeDBでの表示がおかしくなっていた

  • UniProtからとってきたものを使うのはやめて、DDBJからとってきたものにした
  • 20160704 のバージョンをもらって、ロードした


taxon_to_specific_genes スタンザで、zero divisionが発生することがある

  • SPARQLに、zeroチェックを入れた
  • エラーが出たので
DEFINE sql:select-option "order"

を入れた


有田さんとのdiscussion

  • オーソログ情報、標準化できるか?:重要
  • これまでに作ってきたアプリケーションと、組み合わせて利用したりできる


テンプレートライブラリ

  • Bioqueriesの利用ができるか
bioquery prefix:name | spang uniprot -

とか

spang uniprot =(bioquery prefix:name)

とかできるはず

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