SPARQLthon50/MBGD

提供:TogoWiki

(版間での差分)
移動: 案内, 検索
2行: 2行:
-
スタンザ
+
スタンザ → [http://mbgd.genome.ad.jp/stanza/ リスト]
* opencampus → gene_content_comparison_between_taxa_with_positions
* opencampus → gene_content_comparison_between_taxa_with_positions
* opencampus_d → taxon_to_specific_genes_with_positions
* opencampus_d → taxon_to_specific_genes_with_positions
-
 
+
* MicrobeDBに埋め込んだページ
Taxonomy treeの不整合のせいで、MicrobeDBでの表示がおかしくなっていた
Taxonomy treeの不整合のせいで、MicrobeDBでの表示がおかしくなっていた

2016年11月22日 (火) 07:54時点における版

原稿 [1]


スタンザ → リスト

  • opencampus → gene_content_comparison_between_taxa_with_positions
  • opencampus_d → taxon_to_specific_genes_with_positions
  • MicrobeDBに埋め込んだページ

Taxonomy treeの不整合のせいで、MicrobeDBでの表示がおかしくなっていた

  • UniProtからとってきたものを使うのはやめて、DDBJからとってきたものにした
  • 20160704 のバージョンをもらって、ロードした


taxon_to_specific_genes スタンザで、zero divisionが発生することがある

  • SPARQLに、zeroチェックを入れた
  • エラーが出たので
DEFINE sql:select-option "order"

を入れた


有田さんとのdiscussion

  • オーソログ情報の標準化ができるか


テンプレートライブラリ

  • Bioqueriesの利用ができるか
bioquery prefix:name | spang uniprot -

とか

spang uniprot =(bioquery prefix:name)

とかできるはず

個人用ツール