SPARQLthon50/MBGD
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* taxon_to_specific_genes_on_chromosome | * taxon_to_specific_genes_on_chromosome | ||
* gene_content_comparison_between_taxa_on_chromosome | * gene_content_comparison_between_taxa_on_chromosome | ||
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MicrobeDBでの利用 | MicrobeDBでの利用 | ||
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Todo | Todo | ||
* MicrobeDBでは2015-01を利用中、2016-01（新データ・新モデル）でも動くように [http://mbgd.genome.ad.jp:8100/stanza] [http://mbgd.genome.ad.jp:8101/stanza] | * MicrobeDBでは2015-01を利用中、2016-01（新データ・新モデル）でも動くように [http://mbgd.genome.ad.jp:8100/stanza] [http://mbgd.genome.ad.jp:8101/stanza] | ||
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=== 論文化 === | === 論文化 === | ||
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=== その他 === | === その他 === | ||
2016年11月24日 (木) 09:41時点における最新版
- これまでに取り組んだスタンザの完成・まとめ
- 組み込み
Todo
- 表示確認・デバッグ
- データのバージョン・パラメータの確認
- 表示されるまでの時間を高速化
- MicrobeDB論文化
目次 |
スタンザ開発・まとめ
一般公開関連スタンザ化、整理
- taxon_to_specific_genes_on_chromosome
- gene_content_comparison_between_taxa_on_chromosome
- opencampus_d → taxon_to_specific_genes_with_positions
- opencampus → gene_content_comparison_between_taxa_with_positions
- specific_ratio →
MicrobeDBでの利用
Todo
デバッグ
MicrobeDBの比較ゲノムでTaxonomy treeの表示がおかしい
- taxonomyのバージョンが違うと、途中のtax_id, nameが変更されていることがある
- UniProtからとってきたものを使うのはやめて、DDBJからとってきたものにした
- 20160704 のバージョンをもらって、ロードした
- 灰色の名前は消えるはず
taxon_to_specific_genes スタンザで、引数のtax_idによっては、エラーが表示されることがある
- SPARQLで、division by zeroが発生していた
- SPARQLに、zeroチェックを入れた
BIND (IF(?count_organism_all!=0, xsd:decimal(?count)/?count_organism_all, 0) AS ?ratio)
- SPARQLが複雑に（サブクエリおよびBINDを含む）なったせいか、実行ができなくなってしまった
DEFINE sql:select-option "order"
で評価順序を固定にした
論文化
その他
有田さんとのdiscussion
- オーソログ情報、標準化できるか？：重要
- これまでに作ってきたアプリケーションと、組み合わせて利用したりできる
テンプレートライブラリ
- Bioqueriesの利用ができるか
bioquery prefix:name | spang uniprot -
とか
spang uniprot =(bioquery prefix:name)
とかできるはず
