SPARQLthon50/MBGD

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* これまでに取り組んだスタンザを完成させる・まとめる ([http://mbgd.genome.ad.jp/stanza/ リスト])
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* これまでに取り組んだスタンザの完成・まとめ
* 組み込み
* 組み込み
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* デバッグ
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Todo
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* MicrobeDB論文
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* 表示確認・デバッグ
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* データのバージョン・パラメータの確認
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* 表示されるまでの時間を高速化
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* MicrobeDB論文化
=== スタンザ開発・まとめ ===
=== スタンザ開発・まとめ ===
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[http://bias4.nibb.ac.jp:8095/GenomeD3Plot/compare_e.php?tax1=1117 一般公開関連]スタンザ化
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[http://bias4.nibb.ac.jp:8095/GenomeD3Plot/compare_e.php?tax1=1117 一般公開関連]スタンザ化、整理
* taxon_to_specific_genes_on_chromosome
* taxon_to_specific_genes_on_chromosome
* gene_content_comparison_between_taxa_on_chromosome
* gene_content_comparison_between_taxa_on_chromosome
* opencampus_d → taxon_to_specific_genes_with_positions
* opencampus_d → taxon_to_specific_genes_with_positions
* opencampus → gene_content_comparison_between_taxa_with_positions
* opencampus → gene_content_comparison_between_taxa_with_positions
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* specific_genes →   
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* specific_ratio →   
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[http://mbgd.genome.ad.jp/stanza/ リスト]
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MicrobeDBでの利用
MicrobeDBでの利用
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* [http://biointegra.jp/MDBdemo/compare/taxonomies 比較ゲノム用ページ]
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Todo
Todo
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* スタンザでデフォルトパラメータを指定しておくには?
 
* MicrobeDBでは2015-01を利用中、2016-01(新データ・新モデル)でも動くように [http://mbgd.genome.ad.jp:8100/stanza] [http://mbgd.genome.ad.jp:8101/stanza]
* MicrobeDBでは2015-01を利用中、2016-01(新データ・新モデル)でも動くように [http://mbgd.genome.ad.jp:8100/stanza] [http://mbgd.genome.ad.jp:8101/stanza]
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* スタンザでデフォルトパラメータを指定しておくには?
=== デバッグ ===
=== デバッグ ===
MicrobeDBの比較ゲノムでTaxonomy treeの表示がおかしい
MicrobeDBの比較ゲノムでTaxonomy treeの表示がおかしい
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* taxonomyのバージョンが違うと、途中のtax_id, nameが変更されていることがある
* UniProtからとってきたものを使うのはやめて、DDBJからとってきたものにした
* UniProtからとってきたものを使うのはやめて、DDBJからとってきたものにした
* 20160704 のバージョンをもらって、ロードした
* 20160704 のバージョンをもらって、ロードした
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* SPARQLに、zeroチェックを入れた
* SPARQLに、zeroチェックを入れた
  BIND (IF(?count_organism_all!=0, xsd:decimal(?count)/?count_organism_all, 0) AS ?ratio)
  BIND (IF(?count_organism_all!=0, xsd:decimal(?count)/?count_organism_all, 0) AS ?ratio)
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* SPARQLが複雑になったせいか(サブクエリとBIND)、エラーが出た
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* SPARQLが複雑に(サブクエリおよびBINDを含む)なったせいか、実行ができなくなってしまった
  DEFINE sql:select-option "order"
  DEFINE sql:select-option "order"
で評価順序を固定にした
で評価順序を固定にした
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=== 論文 ===
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=== 論文化 ===
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* [https://docs.google.com/document/d/1dQqtWRT7Dpp1hJwOp8Q1XTPIFJFFvzw0ZV45hU0eNWQ/edit オーソログのセクション]
+
=== その他 ===
=== その他 ===

2016年11月24日 (木) 09:41時点における最新版

  • これまでに取り組んだスタンザの完成・まとめ
  • 組み込み

Todo

  • 表示確認・デバッグ
  • データのバージョン・パラメータの確認
  • 表示されるまでの時間を高速化
  • MicrobeDB論文化

目次

スタンザ開発・まとめ

一般公開関連スタンザ化、整理

  • taxon_to_specific_genes_on_chromosome
  • gene_content_comparison_between_taxa_on_chromosome
  • opencampus_d → taxon_to_specific_genes_with_positions
  • opencampus → gene_content_comparison_between_taxa_with_positions
  • specific_ratio →

リスト


MicrobeDBでの利用


Todo

  • MicrobeDBでは2015-01を利用中、2016-01(新データ・新モデル)でも動くように [1] [2]
  • スタンザでデフォルトパラメータを指定しておくには?

デバッグ

MicrobeDBの比較ゲノムでTaxonomy treeの表示がおかしい

  • taxonomyのバージョンが違うと、途中のtax_id, nameが変更されていることがある
  • UniProtからとってきたものを使うのはやめて、DDBJからとってきたものにした
  • 20160704 のバージョンをもらって、ロードした
  • 灰色の名前は消えるはず


taxon_to_specific_genes スタンザで、引数のtax_idによっては、エラーが表示されることがある

  • SPARQLで、division by zeroが発生していた
  • SPARQLに、zeroチェックを入れた
BIND (IF(?count_organism_all!=0, xsd:decimal(?count)/?count_organism_all, 0) AS ?ratio)
  • SPARQLが複雑に(サブクエリおよびBINDを含む)なったせいか、実行ができなくなってしまった
DEFINE sql:select-option "order"

で評価順序を固定にした

論文化

その他

有田さんとのdiscussion

  • オーソログ情報、標準化できるか?:重要
  • これまでに作ってきたアプリケーションと、組み合わせて利用したりできる


テンプレートライブラリ

  • Bioqueriesの利用ができるか
bioquery prefix:name | spang uniprot -

とか

spang uniprot =(bioquery prefix:name)

とかできるはず

個人用ツール