SPARQLthon50

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せっかくなので、これまでに培ってきた RDF データ構築と SPARQL の技術を今後より利活用していくため、「RDFデータベースの未来を考える会」(仮) を 11/21 (月) の午後 15:00〜 開催したいと思います。統合化推進プログラムは今年度で区切りとなるグループも多いところですが、これからの数年でデータセット間の連携を進め、今後のデータサイエンスをどう考えていけばよいか等、ざっくばらんに議論できればと思っています。
せっかくなので、これまでに培ってきた RDF データ構築と SPARQL の技術を今後より利活用していくため、「RDFデータベースの未来を考える会」(仮) を 11/21 (月) の午後 15:00〜 開催したいと思います。統合化推進プログラムは今年度で区切りとなるグループも多いところですが、これからの数年でデータセット間の連携を進め、今後のデータサイエンスをどう考えていけばよいか等、ざっくばらんに議論できればと思っています。
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* [[SPARQLthon50/RDF-DB]]
== プロジェクト ==
== プロジェクト ==
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=== TPP グループ全体 ===
* [[TPP-arita|生物種メタボロームモデル・データベースの構築]] (有田)
* [[TPP-arita|生物種メタボロームモデル・データベースの構築]] (有田)
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* [[TPP-onami|生命動態システム科学のデータベースの統合化]](大浪)
* [[TPP-onami|生命動態システム科学のデータベースの統合化]](大浪)
* [[TPP-ishihama|プロテオーム統合データベース:jPOST]](石濱)
* [[TPP-ishihama|プロテオーム統合データベース:jPOST]](石濱)
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** 開発版Stanza検索のインターフェースがブラウザ依存だったのを修正(田中)
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** Stanza開発のため、ペプチド数などの統計値を予めRDFに追加するよう変更(守屋)
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** 石濱さんのTシャツデザインヘルプに対応
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=== TPP グループ全体 ===
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=== SPARQLthon グループ ===
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* [https://docs.google.com/document/d/1E24AkdAfWg_lv6MSjB1dd601MBRiu8xctiAGR7IGF6M/edit?usp=sharing ゲノム弁当の準備]
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=== SPARQLthon グループ ===
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* JST科学技術情報の利活用促進の取り組み(櫛田、川村、建石、江上、古崎)
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** LODチャレンジ2016にデータ提供パートナーとして参加
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*** BH16.12 で関連の取り組み行う予定
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*** 2016年12月19日(月)午後~ 関連イベント開催
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**** 場所:JST東京本部(サイエンスプラザ)会議室
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**** 詳細は追ってお知らせします。
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** JSTシソーラスのオントロジー化PJ
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*** 現在、進行中。
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*** 来年、CC BYで公開
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* ICGC がんゲノム データ(山中)
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** Version 22 の RDF データを生成完了、owl ファイル作成完了、川島さんに提出する
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** 広告: Oracle の新しいグラフ DB 機能(Neo4j みたいなもの)のセミナー 12/20 [https://connpass.com/event/45495/ 受付中]
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* エラーとその対策(Virtuoso 7.2.0.1 : 千葉、西出、thanks to 岡別府さん、[http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/SPARQLthon17/GenomeRefine#SPARQL])
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** Virtuoso 37000 Error SQ156: Internal Optimized compiler error : Bad dfe in sqlo_place_exp in sqldf.c:2304.
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** DEFINE sql:select-option "order"
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* [http://dev.jpost.org/keggoc/ KEGG OC RDF] のデータ更新(守屋)
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* [[BH12.12/SPARQL11test]] (SPARQL 1.1対応状況調査)
=== 今後の予定 ===
=== 今後の予定 ===
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* 川村隆浩(JST)22日のみ
* 川村隆浩(JST)22日のみ
* 藤澤貴智(遺伝研)
* 藤澤貴智(遺伝研)
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* 新町大輔(創価大)
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* 新町大輔(創価大)11/21 のみ
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* 青木信行(創価大)
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* 青木信行(創価大)11/21 のみ
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* 中村保一(遺伝研)11/21夜〜22午前
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* 中村保一(遺伝研)11/21(16:00から神谷町で会議のためいったん抜けます)〜11/22午前(午後、京橋)
* 小野浩雅 (DBCLS)
* 小野浩雅 (DBCLS)
* 眞後俊幸(JST-NBDC)21日のみ
* 眞後俊幸(JST-NBDC)21日のみ
* 市原寿子(かずさDNA研)21日のみ
* 市原寿子(かずさDNA研)21日のみ
* 中尾光輝(エーザイ株式会社)
* 中尾光輝(エーザイ株式会社)
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* 大石直哉 (DOGRUN)
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* 金城玲 (PDBj)
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* 畠中秀樹 (NBDC)22日のみになりました
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* 古崎晃司 (大阪大)21日16:00頃~22日
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* 小林紀郎 (RIKEN) 21日のみ
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* 有田正規 (22日のみ)
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* 若栗 浩幸(東大/ダイナコム)
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* 田中 聡 (Trans-IT) 22日は午前中のみ
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* 仲里猛留 (DBCLS) 21日のみ
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* 戀津 魁 (理研)21日のみ
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* 信定知江(NBDC)21日午後、22日
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* 小澤健太郎 (SGI)
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* 宮崎聡史 (involute) 22日のみ

2016年11月25日 (金) 02:49時点における最新版

第50回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。

目次

開催概要

50回記念特別企画

せっかくなので、これまでに培ってきた RDF データ構築と SPARQL の技術を今後より利活用していくため、「RDFデータベースの未来を考える会」(仮) を 11/21 (月) の午後 15:00〜 開催したいと思います。統合化推進プログラムは今年度で区切りとなるグループも多いところですが、これからの数年でデータセット間の連携を進め、今後のデータサイエンスをどう考えていけばよいか等、ざっくばらんに議論できればと思っています。

プロジェクト

TPP グループ全体

SPARQLthon グループ

  • JST科学技術情報の利活用促進の取り組み(櫛田、川村、建石、江上、古崎)
    • LODチャレンジ2016にデータ提供パートナーとして参加
      • BH16.12 で関連の取り組み行う予定
      • 2016年12月19日(月)午後~ 関連イベント開催
        • 場所:JST東京本部(サイエンスプラザ)会議室
        • 詳細は追ってお知らせします。
    • JSTシソーラスのオントロジー化PJ
      • 現在、進行中。
      • 来年、CC BYで公開
  • ICGC がんゲノム データ(山中)
    • Version 22 の RDF データを生成完了、owl ファイル作成完了、川島さんに提出する
    • 広告: Oracle の新しいグラフ DB 機能(Neo4j みたいなもの)のセミナー 12/20 受付中
  • エラーとその対策(Virtuoso 7.2.0.1 : 千葉、西出、thanks to 岡別府さん、[1]
    • Virtuoso 37000 Error SQ156: Internal Optimized compiler error : Bad dfe in sqlo_place_exp in sqldf.c:2304.
    • DEFINE sql:select-option "order"
  • KEGG OC RDF のデータ更新(守屋)

今後の予定

参考リンク


参加者

  • 片山俊明 (DBCLS)
  • 川島秀一 (DBCLS)
  • 大田達郎 (DBCLS)
  • 岡別府陽子 (MSS)
  • 坊農秀雅 (DBCLS)
  • 吉沢明康(京都大学)
  • 千葉啓和(基生研)
  • 山本泰智 (DBCLS)
  • 森 宙史(遺伝研)
  • 守屋勇樹 (DBCLS)
  • 永野朗夫 (PENQE)
  • 内藤雄樹 (DBCLS)
  • 西出浩世(基生研)
  • 山口敦子 (DBCLS)
  • 桝屋啓志 (理研BRC)
  • 高月照江 (理研BRC)
  • 川島武士 (遺伝研)
  • 山中遼太 (Oracle) 11/21 のみ
  • 建石由佳(NBDC)22日だけになるかもしれません
  • 櫛田達矢(NBDC)22日のみ
  • 川村隆浩(JST)22日のみ
  • 藤澤貴智(遺伝研)
  • 新町大輔(創価大)11/21 のみ
  • 青木信行(創価大)11/21 のみ
  • 中村保一(遺伝研)11/21(16:00から神谷町で会議のためいったん抜けます)〜11/22午前(午後、京橋)
  • 小野浩雅 (DBCLS)
  • 眞後俊幸(JST-NBDC)21日のみ
  • 市原寿子(かずさDNA研)21日のみ
  • 中尾光輝(エーザイ株式会社)
  • 大石直哉 (DOGRUN)
  • 金城玲 (PDBj)
  • 畠中秀樹 (NBDC)22日のみになりました
  • 古崎晃司 (大阪大)21日16:00頃~22日
  • 小林紀郎 (RIKEN) 21日のみ
  • 有田正規 (22日のみ)
  • 若栗 浩幸(東大/ダイナコム)
  • 田中 聡 (Trans-IT) 22日は午前中のみ
  • 仲里猛留 (DBCLS) 21日のみ
  • 戀津 魁 (理研)21日のみ
  • 信定知江(NBDC)21日午後、22日
  • 小澤健太郎 (SGI)
  • 宮崎聡史 (involute) 22日のみ
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