SPARQLthon47/MBGD

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(MBGD)
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** シアノバクテリアだけで見られるなら、taxid:1117をぶらさげた
** シアノバクテリアだけで見られるなら、taxid:1117をぶらさげた
** クラスターを検索するときに、使えるかも
** クラスターを検索するときに、使えるかも
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** プロファイル的なものもぶら下げたいけど、ベクトル型のデータを扱ううまい方法が見つからない
* ツリー構造
* ツリー構造
** 配列をClustal Omegaでアラインメントして、FastTreeでツリーを生成した結果
** 配列をClustal Omegaでアラインメントして、FastTreeでツリーを生成した結果

2016年8月30日 (火) 08:28時点における版

SPARQLthon47

MBGD

クラスターごとに情報をぶらさげた

  • 機能カテゴリ
    • MBGD 1.1とか
  • どの系統で見られる遺伝子か
    • シアノバクテリアだけで見られるなら、taxid:1117をぶらさげた
    • クラスターを検索するときに、使えるかも
    • プロファイル的なものもぶら下げたいけど、ベクトル型のデータを扱ううまい方法が見つからない
  • ツリー構造
    • 配列をClustal Omegaでアラインメントして、FastTreeでツリーを生成した結果
    • Newick形式

遺伝子ごとに情報を付け加えた

  • Pfamモチーフ、TIGRFAMsモチーフをHMMER3で検索してヒットした結果

VALUESで気付いたこと

VALUES (?gene_id) { "geneA" "geneB" ... }

だと遅くて返ってこなかったりした

VALUES (?gene) { <URI> <URI> ... }

とかだと問題なく返ってきた。

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