SPARQLthon47/MBGD

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クラスターごとに情報をぶらさげた
クラスターごとに情報をぶらさげた
* 機能カテゴリ
* 機能カテゴリ
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** MGFO
 
* どの系統で見られる遺伝子か
* どの系統で見られる遺伝子か
** シアノバクテリアだけで見られるなら、taxid:1117をぶらさげた
** シアノバクテリアだけで見られるなら、taxid:1117をぶらさげた
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* Pfamモチーフ、TIGRFAMsモチーフをHMMER3で検索してヒットした結果
* Pfamモチーフ、TIGRFAMsモチーフをHMMER3で検索してヒットした結果
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==== VALUES ====
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==== VALUESで気付いたこと ====
  VALUES (?gene_id) { "geneA" "geneB" ... }
  VALUES (?gene_id) { "geneA" "geneB" ... }
だと遅くて返ってこなかったりした
だと遅くて返ってこなかったりした
  VALUES (?gene) { <URI> <URI> ... }
  VALUES (?gene) { <URI> <URI> ... }
とかだと問題なく返ってきた。
とかだと問題なく返ってきた。

2016年8月30日 (火) 08:13時点における版

MBGD

クラスターごとに情報をぶらさげた

  • 機能カテゴリ
  • どの系統で見られる遺伝子か
    • シアノバクテリアだけで見られるなら、taxid:1117をぶらさげた
    • クラスターを検索するときに、使えるかも
  • ツリー構造
    • 配列をClustal Omegaでアラインメントして、FastTreeでツリーを生成した結果
    • Newick形式

遺伝子ごとに情報を付け加えた

  • Pfamモチーフ、TIGRFAMsモチーフをHMMER3で検索してヒットした結果

VALUESで気付いたこと

VALUES (?gene_id) { "geneA" "geneB" ... }

だと遅くて返ってこなかったりした

VALUES (?gene) { <URI> <URI> ... }

とかだと問題なく返ってきた。

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