SPARQLthon46/togogenome-proxy

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sparql-proxy を dev.togogenome.org/sparql にデプロイする。

目次

インストール

インストール先は、例として /opt/proxy/{bin,git,src,log,cache} というディレクトリ構成とする。

% mkdir -p /opt/proxy
% cd /opt/proxy

% mkdir bin
% mkdir cache
% mkdir git
% mkdir log
% mkdir src

% cd src
% curl -O https://nodejs.org/dist/v6.3.1/node-v6.3.1-linux-x64.tar.xz
% tar xvf node-v6.3.1-linux-x64.tar.xz

% cd ../bin
% ln -s ../src/node-v6.3.1-linux-x64/bin/* .

% cd ../git
% git clone git@github.com:enishitech/sparql-proxy.git
% cd sparql-proxy
% npm install

なお、LTS 版の Node.js v4..4.7 では依存ライブラリのインストールに失敗するので、v0.12.5 か、上記のように最新版 (Node.js のサイト https://nodejs.org/en/download/ 参照) を使うのがよさそう。

テスト

% PORT=3000 SPARQL_BACKEND=http://sparql.uniprot.org/sparql ADMIN_USER=ore ADMIN_PASSWORD=himitsu npm start

として、http://localhost:3000/ を開き、

PREFIX foaf: <http://xmlns.com/foaf/0.1/>

SELECT ?image
WHERE {
  ?tax_id foaf:depiction ?image .
  ?image a foaf:Image .
}
LIMIT 10

を検索。結果が出ることを確認したら、http://localhost:3000/admin に↑で指定した user, password でログインして管理画面を開く。 指定したクエリ、実行時間などが表示されていることを確認。

起動スクリプト

#!/bin/sh

PREFIX=/opt/proxy

(
cd $PREFIX/git/sparql-proxy

QUERY_LOG_PATH=$PREFIX/log/proxy.log \
CACHE_STORE=file \
CACHE_STORE_PATH=$PREFIX/cache \
MAX_CONCURRENCY=3 \
TRUST_PROXY=true \
PORT=ポート番号 \
SPARQL_BACKEND=SPARQLエンドポイントのURI \
ADMIN_USER=管理ユーザ名 \
ADMIN_PASSWORD=パスワード \
$PREFIX/bin/npm start 2>&1 >> $PREFIX/log/server.log & 
)

Nginx の設定

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