SPARQLthon46

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* ネットワーク:学内wifiのゲストアカウントが利用できます。eduroamは利用できません。
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===SPARQL講習会===
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===第0回 RDF 講習会===
SPARQLthon 初の新潟での開催になることもあり、RDFやSPARQLの入門的な講習会を行います。
SPARQLthon 初の新潟での開催になることもあり、RDFやSPARQLの入門的な講習会を行います。
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* [[TPP-nakamura|蛋白質構造データバンクの高度化と統合的運用]] (中村)
* [[TPP-nakamura|蛋白質構造データバンクの高度化と統合的運用]] (中村)
* [[TPP-narimatsu|糖鎖統合データベースおよび国際糖鎖構造リポジトリの開発]] (成松)
* [[TPP-narimatsu|糖鎖統合データベースおよび国際糖鎖構造リポジトリの開発]] (成松)
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** [https://glytoucan.org GlyTouCan]では、糖鎖構造情報以外の関連データ(species, literature, external id)は、外部から呼び出して[https://glytoucan.org/Structures/Glycans/G48059CD エントリーページ]に表示させたい。そのために外部にトリプルストアとstanzaを準備してGlyTouCanが利用するようにする検討を行った。
* [[TPP-masuya|生命と環境のフェノーム統合データベース]] (桝屋)
* [[TPP-masuya|生命と環境のフェノーム統合データベース]] (桝屋)
* [[TPP-onami|生命動態システム科学のデータベースの統合化]](大浪)
* [[TPP-onami|生命動態システム科学のデータベースの統合化]](大浪)
* [[TPP-ishihama|プロテオーム統合データベース:jPOST]](石濱)
* [[TPP-ishihama|プロテオーム統合データベース:jPOST]](石濱)
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** [http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/TPP-ishihama#SPARQLthon46 SPARQLthon46]
=== SPARQLthon グループ ===
=== SPARQLthon グループ ===
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* [[SPARQLthon46/sparql-rest-api]] SPARQL API blueprint の仕様検討 (片山)
* [[SPARQLthon46/sparql-rest-api]] SPARQL API blueprint の仕様検討 (片山)
* [[SPARQLthon46/togogenome-proxy]] TogoGenome 開発環境の sparql-proxy 化 (片山)
* [[SPARQLthon46/togogenome-proxy]] TogoGenome 開発環境の sparql-proxy 化 (片山)
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* SPARQL tips [http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/SPARQLthon46-hands-on-workshop#.E8.B3.AA.E7.96.91 GO IDをDISTINCTする必要性について] (岡別府)
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* [[SPARQLthon46/blazegraph]](岡別府)
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* DBCLS SRA (Sequence Read Archive) (仲里、大石、坊農)
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**(雑)川島さんのレクチャーを聴きました
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**Amazonへの移植 … またディスクあふれました。原因であった、ログとかバックアップのファイルを消すようにしました。
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**Amazonの環境が遅い!… いろいろ書き換えたりしましたが、結局、メモリが足りないのでは疑惑。大田さんに訊く
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**(雑)(共同研究データの)DRAへの登録…どこに何を書いていいのやら
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* [[SPARQLthon46/AOE]] 発現統合  (坊農、大石)
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* [[SPARQLthon46/DDBJ]] (藤澤)
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=== 新潟大グループ ===
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* http://taxtream.web.fc2.com
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[http://sparql.uniprot.org/sparql UniProt SPARQL endpoint] から
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PREFIX foaf: <http://xmlns.com/foaf/0.1/>
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SELECT ?image
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WHERE {
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  ?tax_id foaf:depiction ?image .
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  ?image a foaf:Image .
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}
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</pre>
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な画像を取得し、Wikipedia にリンクするアプリケーション (山本聖大さん、遠藤大輔さん)
=== 今後の予定 ===
=== 今後の予定 ===

2016年8月9日 (火) 08:12時点における最新版

第46回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。

目次

開催概要

日時と会場

  • 開催期間:2016年 7月25日(月) 10:00 〜 26日(火) 18:00
  • 開催場所:新潟大学 医学部 新潟医療人育成センター 2Fセミナー室1/2
  • アクセス:
  • ネットワーク:学内wifiのゲストアカウントが利用できます。eduroamは利用できません。

第0回 RDF 講習会

SPARQLthon 初の新潟での開催になることもあり、RDFやSPARQLの入門的な講習会を行います。

  • 開催日時:2016年 7月25日(月)時間 11時から15時くらいまで
  • 講師:川島秀一(他 TBA)
  • タイトル:RDF, オントロジー、SPARQL入門
  • 内容:
    • 午前(11:00〜12:00)は、RDFやOWLオントロジーの入門。
    • 午後(13:30〜15:00位)は、SPARQLの入門的な解説。実際のエンドポイント(または、Fusekiを利用したローカル環境のエンドポイント)を利用したハンズオンセミナーも行いますのでその部分に参加する場合は、ご自分のPCを持参して下さい(SPARQLthon 参加者を想定しているので、PC持参は前提になります)。参加者のレベルに応じて、適宜、質疑応答中心の内容に変わるかもしれません。
  • 参考図書:オープンデータ時代の標準Web API SPARQL インプレス刊
  • 参考文献:NBDC RDFポータル 情報管理 Vol.59 no.4 p. 232-240 (2016)
  • SPARQL入門スライド
  • 参考リンク集

食事関係

プロジェクト

TPP グループ全体

SPARQLthon グループ

  • DBCLS SRA (Sequence Read Archive) (仲里、大石、坊農)
    • (雑)川島さんのレクチャーを聴きました
    • Amazonへの移植 … またディスクあふれました。原因であった、ログとかバックアップのファイルを消すようにしました。
    • Amazonの環境が遅い!… いろいろ書き換えたりしましたが、結局、メモリが足りないのでは疑惑。大田さんに訊く
    • (雑)(共同研究データの)DRAへの登録…どこに何を書いていいのやら
  • SPARQLthon46/AOE 発現統合 (坊農、大石)
  • SPARQLthon46/DDBJ (藤澤)

新潟大グループ

UniProt SPARQL endpoint から

PREFIX foaf: <http://xmlns.com/foaf/0.1/>

SELECT ?image
WHERE {
  ?tax_id foaf:depiction ?image .
  ?image a foaf:Image .
}

な画像を取得し、Wikipedia にリンクするアプリケーション (山本聖大さん、遠藤大輔さん)

今後の予定

参考リンク

参加者

  • 片山俊明 (DBCLS)
  • 川島秀一 (DBCLS)
  • 守屋勇樹 (DBCLS)
  • 奥田修二郎 (新潟大学)
  • 坊農秀雅 (DBCLS)
  • 小野浩雅 (DBCLS)
  • 永野朗夫 (PENQE)
  • 渡辺由 (新潟大学)
  • 吉沢明康(京都大学)
  • 岡別府陽子(MSS)
  • 平川英樹 (かずさDNA研) 参加予定でしたが都合がつかなくなりましたため、欠席致します。
  • 市原寿子(かずさDNA研)
  • 仲里猛留 (DBCLS)
  • 凌一葦(新潟大学)
  • 瀧原速仁(新潟大学)
  • 山田一作(野口研)
  • 春日紀恵(新潟薬科大)
  • 高月照江(理研BRC)
  • 阿部貴志(新潟大学)
  • 新潟大工学部学生・大学院生 9名
  • 藤澤貴智(遺伝研)
  • 大石直哉(DOGRUN)
  • 田中聡(Trans-IT)26日のみ参加
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