SPARQLthon43

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* [[TPP-nakamura|蛋白質構造データバンクの高度化と統合的運用]] (中村)
* [[TPP-nakamura|蛋白質構造データバンクの高度化と統合的運用]] (中村)
* [[TPP-narimatsu|糖鎖統合データベースおよび国際糖鎖構造リポジトリの開発]] (成松)
* [[TPP-narimatsu|糖鎖統合データベースおよび国際糖鎖構造リポジトリの開発]] (成松)
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** PDBjとGlyTouCanの連携(山田)
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*** [http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/index.php?title=SPARQLthon42 SPARQLthon42]で検討した連携のための準備を開始した。[http://pdbj.org/mine/structural_details/2yla PDBjの構造情報タブにあるSUGARの"データベース名(アクセス番号)"]に、GlyTouCanのAccession Numberを入れ、GlyTouCanもPDBjへのリンクを入れる計画。
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*** そのために、[http://pdbj.org/pdbj-update PDBjサイト]のmmcifデータからPDB ID、entity id、SUGAR分子座標を抽出し、SDFileを作成(結合距離再計算、アノマー位アミノ酸残基抽出、アミド結合確認などの処理を実行)する検討中。生成したSDFileからWURCSを生成し、GlyTouCanのAccession Numberを取得予定。現在、糖鎖の還元末端の単糖の酸素原子(O1)が取得できない(PDBに原子がない?)、化学結合が正しく形成されない、何故か抽出できないなどの問題がある。サンプルデータができたら、”PDBID:2z8d, PDBx:entity id="2" GlyTouCan:ID”のTSV形式を公開する。現在、82961/118088件処理済み〜エラーがあるのでログで確認する予定。
* [[TPP-masuya|生命と環境のフェノーム統合データベース]] (桝屋)
* [[TPP-masuya|生命と環境のフェノーム統合データベース]] (桝屋)
* [[TPP-onami|生命動態システム科学のデータベースの統合化]](大浪)
* [[TPP-onami|生命動態システム科学のデータベースの統合化]](大浪)

2016年4月26日 (火) 08:15時点における版

第43回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。

目次

開催概要


プロジェクト

TPP グループ全体

SPARQLthon グループ

  • PIERO Reaction Ontology データ整備(小寺)
    • 酵素反応のTransformation(基質・生成物ペア)と語彙の関係約25,000個をRDF化。

参考リンク

参加者

  • 片山俊明 (DBCLS)
  • 川島秀一 (DBCLS)
  • 守屋勇樹 (DBCLS)
  • 坊農秀雅 (DBCLS)
  • 岡別府陽子 (MSS)
  • 小林 紀郎 (RIKEN) 26日のみ
  • 大石直哉 (DOGRUN)
  • 山中遼太 (Oracle) 26日のみ
  • 山田一作(野口研) 26日のみ
  • 桝屋啓志 (RIKEN BRC)25日のみ
  • 高月照江 (RIKEN BRC)
  • 藤澤貴智(遺伝研)
  • 吉沢明康(京都大学)25日のみ
  • 森宙史(東工大)
  • 大田達郎 (DBCLS)
  • 仲里猛留 (DBCLS) 25日のみ
  • 千葉啓和(基生研)
  • 内藤雄樹 (DBCLS)
  • 永野朗夫(株式会社ペンク)
  • 木村豊(株式会社ペンク)25日のみ
  • 森田瑞樹(岡山大)
  • 五十嵐芳暢(医薬基盤・健康・栄養研)
  • 小寺正明(東工大)25日のみ
  • 山本 希(遺伝研)
  • 信定知江(NBDC) 両日16時半まで
  • 田中聡 (Trans-IT) 25日(~16:30)、26日
  • 平川英樹 (かずさDNA研) 25日のみ
  • 市原寿子 (かずさDNA研) 26日のみ
  • 古崎晃司 (大阪大学) 25日のみ
  • 戀津魁(理研)
  • 小澤健太郎 (SGI)
  • 宮崎聡史 (involute) 26日のみ
  • 櫻井望(かずさDNA研)26日のみ
個人用ツール