SPARQLthon40

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(SPARQLthon グループ)
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* RDF データセットの生成・公開のインセンティブを考える → [[DatasetCitation]] (片山)
* RDF データセットの生成・公開のインセンティブを考える → [[DatasetCitation]] (片山)
* GGGenomeのDBをDDBJ 102.0→103.0 (2016/01)に更新中&TogoGenome release 70を導入中 (内藤)
* GGGenomeのDBをDDBJ 102.0→103.0 (2016/01)に更新中&TogoGenome release 70を導入中 (内藤)
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** 1/19頃にRefSeq 74が出る見込みなのでTogoGenome release 74に更新できるとよさそう
=== 今後の予定 ===
=== 今後の予定 ===

2016年1月15日 (金) 08:49時点における版

第40回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。SPARQLthon初の、関西での開催です。奮ってご参加ください。

目次

開催概要

日時と会場

  • 開催期間:2016年 1月14日(木) 10:00 ~ 15日(金) 18:00
  • 開催場所:京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター @ 京都大学宇治キャンパス 総合研究実験棟 2階 CB207
    • 構内図 jpg簡略版 pdf詳細版
      • 総合研究実験棟は、各階で研究所本館南ウィングとつながっています。また中央ウィングと3階部分の渡り廊下でつながっています。
    • 構内図その2 pdf版
      • 上図の緑色マル4が総合研究実験棟です。
  • キャンパスへのアクセス:jpg簡略版 pdf詳細版 宇治キャンパスへのアクセス
    • 最寄り駅はJR奈良線・黄檗(おうばく)駅です。京阪電車宇治線・黄檗駅はもう少し距離があります(共に徒歩圏内です)。


SPARQL講習会

SPARQLthon 初の関西での開催になることもあり、SPARQLの入門的な講習会を行います。

  • 開催日時:2016年 1月14日(木)15:00〜16:00
  • 講師:片山俊明、川島秀一
  • タイトル:SPARQL入門
  • 内容:SPARQLの入門的な解説。SPARQLを学習するのに必要な、最小限のRDFやオントロジーについての解説も含みます。実際のエンドポイントを利用したハンズオンセミナーも行いますのでその部分に参加する場合は、ご自分のPCを持参して下さい(SPARQLthon 参加者を想定しているので、PC持参は前提になります)。参加者のレベルに応じて、適宜、質疑応答中心の内容に変わるかもしれません。
  • 参考図書:オープンデータ時代の標準Web API SPARQL インプレス刊
  • SPARQLthon40HandsOnSeminar


昼食など

  • 吉田キャンパス(メインキャンパス)と違って、宇治キャンパス周辺の飲食店は多くありません。但し、構内にはレストランとセブン・イレブン、及び生協の売店・食堂があります。
  • なお、2015年初夏にキャンパス(おうばくプラザ)の真向かいに移転してきたパン屋(「たま木亭」)は人気店です(ランキング)。
    • 2015年12月中旬時点で、Google Mapには旧店舗と新店舗の両方が記載され、Street Viewも新店舗完成前の工事中の画像が使用されています。


ホテルと交通手段について(参考情報)

  • 黄檗にはホテルはありません。また、宇治市内のホテルも非常に少数です。従って、京都市内に宿泊し、黄檗まで毎日移動するのが無難です。
  • 京都市内からの公共交通としては、JR奈良線と京阪電車宇治線(中書島駅で京阪本線から乗り換え)が利用できます。以下のようなコースが一般的でしょう:
    • JRの場合:京都駅 → (奈良線各駅停車) → 黄檗駅 (快速は止まりません)
    • 京阪の場合:ホテルに最寄りの駅 → (京阪本線特急) → 中書島駅(乗り換え。通常、降りた目の前のホーム) → (宇治線、各駅停車しかありません) → 黄檗駅
      • 乗車駅として通常は、出町柳(でまちやなぎ)or神宮丸太町(じんぐうまるたまち)or三条or祇園四条or清水五条or七条駅が考えられます。但し神宮丸太町と清水五条には特急は止まりません。
    • これ以外にも、市営地下鉄東西線・東行きで六地蔵駅まで出て、そこでJRに乗り換える手があります(地下鉄とJRの駅は隣接していますが、京阪の駅は若干離れています)。
    • なお、京都駅(近鉄京都駅、八条口側の西の方)で近鉄に乗ると、丹波橋駅で京阪に乗り換えできます。また市営地下鉄烏丸線は竹田駅経由で近鉄に乗り入れています(近鉄京都駅発の列車と、地下鉄国際会館駅発の列車がある)。
  • 駅自体は、JR黄檗駅のほうがキャンパスに近いですが、JRが単線のため、複線の京阪のほうが一般的にはアクセスが良いです。
    • JR奈良線・黄檗駅と京阪電車宇治線・黄檗駅は隣接していますが、連絡通路などはなく、両者間の連絡は一般道を大回りする必要があります。
    • JR黄檗駅から宇治キャンパス内総合研究実験棟までは徒歩10分程度、京阪黄檗駅からは15分程度を見込んでください。
  • JR奈良線は、京都駅から稲荷駅に向かう間は猛烈に混みます(ラッシュアワーの山手線よりは少しマシです)が、稲荷駅で殆どの乗客が下車してガラ空きになります(つまり、大半は伏見稲荷大社への観光客です)。
  • JRを利用する場合、ホテルは京都駅周辺で、京阪を利用する場合、三条駅または祇園四条駅(共に京阪本線)周辺で確保するのが無難です。
    • JR奈良線 時刻表1 時刻表2
    • 京阪宇治線 時刻表(京阪電車公式) 路線図(京阪電車公式)
    • 京都市は観光地なのでホテルは多数あり、また今回の開催予定日は、一般的には「多少余裕がある」時期です。しかし週末は混む傾向がありますので、早めの予約をお勧めします。
    • なお、翌日の16日(土)・17日(日)にはセンター試験が行われます。センター試験では、受験生は概ね地元で受験するため、二次試験ほどの混雑は予想されませんが、宿泊の予約は早めにされておくことを強くお勧めします。


キャンパス入り口から会場までの進み方

  • ウッドデッキ(正門左手、Google Sreet View)から進入してください。
    • 左手にある「おうばくプラザ」の建物(レストランきはだ・ハイブリッドスペース)には構内図が掲示されています。(なお、この「おうばくプラザ」の建物は、構内図では「26」と表示され、その番号はハイブリッドスペースの入り口横にも掲げられています。)
    • 総合研究実験棟は「29」ですが、この棟は本館「27」と渡り廊下で接続しています。
  • そのままウッドデッキを進んで、本館に入ってください。入り口には「27」と表示されています。
    • この入り口は、このPDF版キャンパス図にも写真入りで表示されています。
    • 入り口左手には、「防災研究所」と「農学研究科」という大きな看板が出ていますが、右手には「化学研究所」などのネームプレートも設置されています。
  • そのまままっすぐ、(遙か彼方の)廊下の突き当たりまで進んでください。
    • 本館の東端から入って、西端まで歩くことになりますので、距離はかなりあります。
  • 突き当たりに来たら、そこで左に曲がります。目の前に全面金属の扉があります(非常口の扉のように見えますが、非常口の掲示はありません。非常口ではないので)。この扉を開けると、総合研究実験棟(「29」。このキャンパス図でいうと緑マル4)につながる渡り廊下があります。
    • 空中を渡る吊り橋のような(…というと大袈裟)渡り廊下です。
    • (これで、南を向いていることになります。)
  • 渡り廊下を渡り、更に扉を開けて総合研究実験棟に入ります。
    • ここは3階です。入ってすぐ右手に手洗い場と休憩スペースがあり、左手の扉には「緒方研究室」と表示されています。
  • そのまま(すぐに)突き当たり、ここで再度左に曲がります。
    • 突き当たりで左に曲がらず、逆に右を向くと階段がありますが、道順の説明の都合上、ここではこの階段は使いません。
    • (左に曲がった結果、東を向いていることになります。)
  • そのまま再度、廊下の突き当たりまで進みます。左手に見える部屋が「図書室」「統合データベース室」「阿久津研究室」となると、廊下が突き当たりになる筈です。
    • 会場(CB207)は、この「統合データベース室」「阿久津研究室」の真下です。
  • 突き当たりの階段で一つ下の階(2階)に降ります。
  • 階段から出て、「CB207/208/209」のいずれか、開いている扉から入室してください(各扉ごとに番号が付いていますが、実態は1つの大部屋です)。


プロジェクト

TPP グループ全体

統合化推進プログラム (TPP) の RDF 化支援

  • 生命と環境のフェノーム統合データベース (桝屋)
    • kegg diseaseとHPOのリンクを検討するため、keggと打ち合わせ(桝屋 高月)
    • Togo Stanzaのチュートリアルの実施(桝屋)
      • チュートリアルを最後まで実施したが、表示できなかった。
    • データベース仕様に関する打ち合わせ(桝屋 高月)
    • 細胞データの更新作業 CLOのURIに準拠した形でのデータ作成を予定(高月)
    • 微生物データの項目を追加予定(外部IDについて、一部リンクデータに変更する予定。NCBIとのリンクを追加予定)(高月)

SPARQLthon グループ

  • TogoWS の NCBI/DDBJ の Turtle 化スクリプト isndc2ttl.rb を最新版に更新 → 主語が UUID から Id.org の URI に (片山・西澤)
  • BioQueries 調査(千葉)
  • KEGG OC RDF を使った stanza (守屋)
  • JSTシソーラス高度化(改訂)に向けた「法造」の機能拡張(古崎・櫛田)
  • 化合物構造における立体化学?の問題
    • 日化辞とKNApSAcKのID対応の立体異性問題について調査(時松)
    • 化合物の分子構造のInChIからトリプルを生成するスクリプトの修正とSPARQLによるデータ取得(山田)
  • 転写因子ネットワーク推定ツールをDockerにラップしてwebappにしました -> アウトプットはd3jsでヒートマップ描画などする予定ですが、その間の計算結果をJSON-LDでexportしたい (おおた)
  • SPARQL Builder(山口,戀津,古崎,山本)
    • 今後の方針について議論
      • GUI: ユーザにどこのエンドポイントのデータであるかを意識する必要がないように
      • DBCLSで開発中のメタデータレポジトリやエンドポイント監視システムとの連携
    • SBで検索可能(=メタデータ取得済み)な全クラスを取得するAPIを開発してデプロイ
    • GUIを新APIに対応
  • Assembly RecordのDDBJ対応に関連してAssembly Reprots RDF更新(藤澤)
  • Category theory 調査
  • Linked ICGC Data Portal を NDBC RDF Portal のエンドポイント上で動作するように変更作業中(山中)
    • NDBC RDF Portal から Bio2RDF への連携クエリが返ってこない問題(川島さんに相談)
    • 負荷が大きい集計系クエリのチューニングが可能かどうか検討(岡別府さんに相談)
  • RDF データセットの生成・公開のインセンティブを考える → DatasetCitation (片山)
  • GGGenomeのDBをDDBJ 102.0→103.0 (2016/01)に更新中&TogoGenome release 70を導入中 (内藤)
    • 1/19頃にRefSeq 74が出る見込みなのでTogoGenome release 74に更新できるとよさそう

今後の予定

参考リンク


参加者

  • 片山俊明 (DBCLS)
  • 川島秀一 (DBCLS)
  • 守屋勇樹 (DBCLS)
  • 吉沢明康(京都大学)
  • 山本泰智 (DBCLS)
  • 岡別府陽子(MSS)
  • 古崎晃司(大阪大学)
  • 山口敦子 (DBCLS)
  • 大田達郎 (DBCLS)
  • 米納朋子(京都大学)14日のみ
  • 山田一作(野口研究所)
  • 時松敏明 (DBCLS)
  • 戀津魁 (理研)
  • 内藤雄樹 (DBCLS)
  • 千葉啓和(基生研)14日のみ
  • 桝屋啓志 (RIKEN BRC)15日のみ
  • 高月照江 (RIKEN BRC)14日は午後から
  • 永野朗夫(PENQE)
  • 田中聡 (Trans-IT)
  • 藤澤貴智(遺伝研)
  • 櫛田達矢(NBDC)14日のみ
  • 田畑剛(京都大学)15日のみ
  • 小澤健太郎 (SGI)
  • 奥田修二郎(新潟大)
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