SPARQLthon40

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* JSTシソーラス高度化（改訂）に向けた「法造」の機能拡張（古崎・櫛田）
* JSTシソーラス高度化（改訂）に向けた「法造」の機能拡張（古崎・櫛田）
* 日化辞とKNApSAcKのID対応の立体異性問題について調査（時松）
* 日化辞とKNApSAcKのID対応の立体異性問題について調査（時松）
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* 化合物の分子構造のInChIからトリプルを生成するスクリプトの修正（山田）
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* 化合物の分子構造のInChIからトリプルを生成するスクリプトの修正とSPARQLによるデータ取得（山田）
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** 修正したスクリプトでつくったRDFをVirtuosoに入れ、必要な情報をSPARQLクエリで取得できることを確認した。KNApSAcKデータには同位体を含む分子がない（たぶん）ためIsotopic_*のデータは0件でした。
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<pre>
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LIMIT 1
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* 転写因子ネットワーク推定ツールをDockerにラップしてwebappにしました -> アウトプットはd3jsでヒートマップ描画などする予定ですが、その間の計算結果をJSON-LDでexportしたい (おおた)
* 転写因子ネットワーク推定ツールをDockerにラップしてwebappにしました -> アウトプットはd3jsでヒートマップ描画などする予定ですが、その間の計算結果をJSON-LDでexportしたい (おおた)
* SPARQL Builder(山口，戀津，古崎，山本)
* SPARQL Builder(山口，戀津，古崎，山本)

2016年1月15日 (金) 03:06時点における版

第40回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。SPARQLthon初の、関西での開催です。奮ってご参加ください。

目次

開催概要

日時と会場

  • 開催期間：2016年 1月14日(木) 10:00 ～ 15日(金) 18:00
  • 開催場所：京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター @ 京都大学宇治キャンパス　総合研究実験棟 2階 CB207
    • 構内図　jpg簡略版　pdf詳細版
      • 総合研究実験棟は、各階で研究所本館南ウィングとつながっています。また中央ウィングと3階部分の渡り廊下でつながっています。
    • 構内図その2　pdf版
      • 上図の緑色マル4が総合研究実験棟です。
  • キャンパスへのアクセス：jpg簡略版　pdf詳細版　宇治キャンパスへのアクセス
    • 最寄り駅はJR奈良線・黄檗（おうばく）駅です。京阪電車宇治線・黄檗駅はもう少し距離があります（共に徒歩圏内です）。


SPARQL講習会

SPARQLthon 初の関西での開催になることもあり、SPARQLの入門的な講習会を行います。

  • 開催日時：2016年 1月14日（木）15:00〜16:00
  • 講師：片山俊明、川島秀一
  • タイトル：SPARQL入門
  • 内容：SPARQLの入門的な解説。SPARQLを学習するのに必要な、最小限のRDFやオントロジーについての解説も含みます。実際のエンドポイントを利用したハンズオンセミナーも行いますのでその部分に参加する場合は、ご自分のPCを持参して下さい（SPARQLthon 参加者を想定しているので、PC持参は前提になります）。参加者のレベルに応じて、適宜、質疑応答中心の内容に変わるかもしれません。
  • 参考図書：オープンデータ時代の標準Web API SPARQL インプレス刊
  • SPARQLthon40HandsOnSeminar


昼食など

  • 吉田キャンパス（メインキャンパス）と違って、宇治キャンパス周辺の飲食店は多くありません。但し、構内にはレストランとセブン・イレブン、及び生協の売店・食堂があります。
  • なお、2015年初夏にキャンパス（おうばくプラザ）の真向かいに移転してきたパン屋（「たま木亭」）は人気店です（ランキング）。
    • 2015年12月中旬時点で、Google Mapには旧店舗と新店舗の両方が記載され、Street Viewも新店舗完成前の工事中の画像が使用されています。


ホテルと交通手段について（参考情報）

  • 黄檗にはホテルはありません。また、宇治市内のホテルも非常に少数です。従って、京都市内に宿泊し、黄檗まで毎日移動するのが無難です。
  • 京都市内からの公共交通としては、JR奈良線と京阪電車宇治線（中書島駅で京阪本線から乗り換え）が利用できます。以下のようなコースが一般的でしょう：
    • JRの場合：京都駅　→　（奈良線各駅停車）　→　黄檗駅　（快速は止まりません）
    • 京阪の場合：ホテルに最寄りの駅　→　（京阪本線特急）　→　中書島駅（乗り換え。通常、降りた目の前のホーム）　→　（宇治線、各駅停車しかありません）　→　黄檗駅
      • 乗車駅として通常は、出町柳（でまちやなぎ）or神宮丸太町（じんぐうまるたまち）or三条or祇園四条or清水五条or七条駅が考えられます。但し神宮丸太町と清水五条には特急は止まりません。
    • これ以外にも、市営地下鉄東西線・東行きで六地蔵駅まで出て、そこでJRに乗り換える手があります（地下鉄とJRの駅は隣接していますが、京阪の駅は若干離れています）。
    • なお、京都駅（近鉄京都駅、八条口側の西の方）で近鉄に乗ると、丹波橋駅で京阪に乗り換えできます。また市営地下鉄烏丸線は竹田駅経由で近鉄に乗り入れています（近鉄京都駅発の列車と、地下鉄国際会館駅発の列車がある）。
  • 駅自体は、JR黄檗駅のほうがキャンパスに近いですが、JRが単線のため、複線の京阪のほうが一般的にはアクセスが良いです。
    • JR奈良線・黄檗駅と京阪電車宇治線・黄檗駅は隣接していますが、連絡通路などはなく、両者間の連絡は一般道を大回りする必要があります。
    • JR黄檗駅から宇治キャンパス内総合研究実験棟までは徒歩10分程度、京阪黄檗駅からは15分程度を見込んでください。
  • JR奈良線は、京都駅から稲荷駅に向かう間は猛烈に混みます（ラッシュアワーの山手線よりは少しマシです）が、稲荷駅で殆どの乗客が下車してガラ空きになります（つまり、大半は伏見稲荷大社への観光客です）。
  • JRを利用する場合、ホテルは京都駅周辺で、京阪を利用する場合、三条駅または祇園四条駅（共に京阪本線）周辺で確保するのが無難です。
    • JR奈良線　時刻表1　時刻表2
    • 京阪宇治線　時刻表（京阪電車公式）　路線図（京阪電車公式）
    • 京都市は観光地なのでホテルは多数あり、また今回の開催予定日は、一般的には「多少余裕がある」時期です。しかし週末は混む傾向がありますので、早めの予約をお勧めします。
    • なお、翌日の16日（土）・17日（日）にはセンター試験が行われます。センター試験では、受験生は概ね地元で受験するため、二次試験ほどの混雑は予想されませんが、宿泊の予約は早めにされておくことを強くお勧めします。


キャンパス入り口から会場までの進み方

  • ウッドデッキ（正門左手、Google Sreet View）から進入してください。
    • 左手にある「おうばくプラザ」の建物（レストランきはだ・ハイブリッドスペース）には構内図が掲示されています。（なお、この「おうばくプラザ」の建物は、構内図では「26」と表示され、その番号はハイブリッドスペースの入り口横にも掲げられています。）
    • 総合研究実験棟は「29」ですが、この棟は本館「27」と渡り廊下で接続しています。
  • そのままウッドデッキを進んで、本館に入ってください。入り口には「27」と表示されています。
    • この入り口は、このPDF版キャンパス図にも写真入りで表示されています。
    • 入り口左手には、「防災研究所」と「農学研究科」という大きな看板が出ていますが、右手には「化学研究所」などのネームプレートも設置されています。
  • そのまままっすぐ、（遙か彼方の）廊下の突き当たりまで進んでください。
    • 本館の東端から入って、西端まで歩くことになりますので、距離はかなりあります。
  • 突き当たりに来たら、そこで左に曲がります。目の前に全面金属の扉があります（非常口の扉のように見えますが、非常口の掲示はありません。非常口ではないので）。この扉を開けると、総合研究実験棟（「29」。このキャンパス図でいうと緑マル4）につながる渡り廊下があります。
    • 空中を渡る吊り橋のような（…というと大袈裟）渡り廊下です。
    • （これで、南を向いていることになります。）
  • 渡り廊下を渡り、更に扉を開けて総合研究実験棟に入ります。
    • ここは3階です。入ってすぐ右手に手洗い場と休憩スペースがあり、左手の扉には「緒方研究室」と表示されています。
  • そのまま（すぐに）突き当たり、ここで再度左に曲がります。
    • 突き当たりで左に曲がらず、逆に右を向くと階段がありますが、道順の説明の都合上、ここではこの階段は使いません。
    • （左に曲がった結果、東を向いていることになります。）
  • そのまま再度、廊下の突き当たりまで進みます。左手に見える部屋が「図書室」「統合データベース室」「阿久津研究室」となると、廊下が突き当たりになる筈です。
    • 会場(CB207)は、この「統合データベース室」「阿久津研究室」の真下です。
  • 突き当たりの階段で一つ下の階（2階）に降ります。
  • 階段から出て、「CB207/208/209」のいずれか、開いている扉から入室してください（各扉ごとに番号が付いていますが、実態は1つの大部屋です）。


プロジェクト

TPP グループ全体

統合化推進プログラム (TPP) の RDF 化支援

SPARQLthon グループ

  • TogoWS の NCBI/DDBJ の Turtle 化スクリプト isndc2ttl.rb を最新版に更新 → 主語が UUID から Id.org の URI に (片山・西澤)
  • BioQueries 調査（千葉）
  • KEGG OC RDF を使った stanza （守屋）
  • JSTシソーラス高度化（改訂）に向けた「法造」の機能拡張（古崎・櫛田）
  • 日化辞とKNApSAcKのID対応の立体異性問題について調査（時松）
  • 化合物の分子構造のInChIからトリプルを生成するスクリプトの修正とSPARQLによるデータ取得（山田）
    • 修正したスクリプトでつくったRDFをVirtuosoに入れ、必要な情報をSPARQLクエリで取得できることを確認した。KNApSAcKデータには同位体を含む分子がない（たぶん）ためIsotopic_*のデータは0件でした。 
prefix rdf:   <http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#>
prefix dcterms: <http://purl.org/dc/terms/>
prefix sio: <http://semanticscience.org/resource/>
prefix inchi: <http://glyconavi.org/inchi/>

SELECT DISTINCT ?id ?Version ?inchi ?inchikey ?value ?key_value 
FROM <http://www.glyconavi.org/SPARQLthon40/iupac-inchi/KNApSAcK>
WHERE {
?s dcterms:identifier ?id .
?s sio:CHEMINF_000200 [ sio:SIO_000300 ?inchi ; rdf:type sio:CHEMINF_000396 ] .
?s sio:CHEMINF_000200 [ sio:SIO_000300 ?inchikey ; rdf:type sio:CHEMINF_000399 ] .
?s sio:CHEMINF_000200 / inchi:Version ?Version .

# inchi:Connections
# inchi:H_atoms
# inchi:Main_layer
# inchi:Charge
# inchi:Protons
# inchi:Charge_layer
# inchi:Stereo_dbond
# inchi:Stereo_sp3
# inchi:Stereo_sp3_inverted
# inchi:Stereo_type
# inchi:Stereo_layer
#0 inchi:Isotopic_atoms
#0 inchi:Isotopic_exchangeable_H
#0 inchi:Isotopic_stereo_dbond
#0 inchi:Isotopic_stereo_sp3
#0 inchi:Isotopic_stereo_sp3_inverted
#0 inchi:Isotopic_stereo_type
# inchi:Isotopic_layer

?s sio:CHEMINF_000200 / sio:SIO_000028 / sio:SIO_000028 [ rdf:type inchi:Connections ; sio:SIO_000300 ?value  ] .

#0 inchi:Skeleton
#0 inchi:Stereo_isotopic_substitution_information
#0 inchi:Kind_of_InChIKey
#0 inchi:InChI_version
#0 inchi:Number_of_protons
?s sio:CHEMINF_000200 / sio:SIO_000028 [ rdf:type inchi:Number_of_protons ; sio:SIO_000300 ?key_value  ] .

}
LIMIT 1
  • 転写因子ネットワーク推定ツールをDockerにラップしてwebappにしました -> アウトプットはd3jsでヒートマップ描画などする予定ですが、その間の計算結果をJSON-LDでexportしたい (おおた)
  • SPARQL Builder(山口，戀津，古崎，山本)
  • Assembly RecordのDDBJ対応に関連してAssembly Reprots RDF更新（藤澤）
  • Category theory 調査
  • Linked ICGC Data Portal を NDBC RDF Portal のエンドポイント上で動作するように変更作業中（山中）
    • NDBC RDF Portal から Bio2RDF への連携クエリが返ってこない問題（川島さんに相談）
    • 負荷が大きい集計系クエリのチューニングが可能かどうか検討（岡別府さんに相談）

今後の予定

参考リンク


参加者

  • 片山俊明 (DBCLS)
  • 川島秀一 (DBCLS)
  • 守屋勇樹 (DBCLS)
  • 吉沢明康（京都大学）
  • 山本泰智 (DBCLS)
  • 岡別府陽子(MSS)
  • 古崎晃司（大阪大学）
  • 山口敦子 (DBCLS)
  • 大田達郎 (DBCLS)
  • 米納朋子（京都大学）14日のみ
  • 山田一作（野口研究所）
  • 時松敏明 (DBCLS)
  • 戀津魁 （理研）
  • 内藤雄樹 (DBCLS)
  • 千葉啓和（基生研）14日のみ
  • 桝屋啓志 (RIKEN BRC)14日は取り消し　15日は？
  • 高月照江 (RIKEN BRC)14日は午後から
  • 永野朗夫（PENQE）
  • 田中聡 (Trans-IT)
  • 藤澤貴智（遺伝研）
  • 櫛田達矢（NBDC）14日のみ
  • 田畑剛（京都大学）15日のみ
  • 小澤健太郎 (SGI)
  • 奥田修二郎（新潟大）
「http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/SPARQLthon40」より作成
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