SPARQLthon39

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== プロジェクト ==
== プロジェクト ==
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* NBDC/EBI RDF のスタンザ開発 (川島・岡別府)
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=== TPP グループ全体 ===
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** データ調査中
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* "http://..."^^xsd:anyURI は <http://...> の方がよい (桝屋・川島)
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* MicrobeDB の開発 (岡別府)
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=== SPARQLthon グループ ===
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* ICGC RDF の更新 (release 20) とポータル用クエリ例 ([http://icgc.link/search.html ここ]に埋め込み) (山中)
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* 種間比較の D3.js による可視化開発 (守屋)
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** [http://db-dev.jpostdb.org/ テストページ]
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* [https://groups.google.com/group/biohdt BioHDT] の[https://github.com/rdfhdt/hdt-cpp C++ツール群]の調査 (山口)
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** [[HDT]]調査
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* FastQC メタデータの RDF 化 (大田)
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* メタゲノムの系統組成 RDF 化 (森)
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** 系統名の名寄せが完了
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* 真核ゲノムデータの RDF コンバータ (藤澤)
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* DDBJ データのバリデータ (藤澤)
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* GraphDB (旧OWLIM) の制限なしフリー版検証 (山本)
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* First authors' の 100 万トリプルを Fuseki にいれて SPARQL builder のメタデータ生成 (山本・山口)
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* 比較ゲノムのスタンザ (千葉)[http://mbgd.genome.ad.jp/sparql/example.php?category=human_gene_ancestor]
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* 微生物・マウス・細胞 RDF の更新体制 (高月)
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* 遺伝研マウスデータの RDF 化 (高月)
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* NBDC RDF ポータルの調整 (永野)
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** IE9 対応完了
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* DBタグ改定、DBカタログとTogoTVの連携 (信定)
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* マススペックのキュレーション (リー・有田)
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** SQLに入れるデータタイプを石濱グループと共通化
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* [http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/nikkaji-knapsack-id-matching 日化辞とKNApSAcKのID対応] (時松)
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** 立体異性表記の問題で InChI によるマッチングだけでは解決しない
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** InChiで合わない同一化合物IDについて検証中
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* [http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/PIERO PIERO] 追加データ、語彙の整備、ライセンス (小寺)
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* エピゲノムの RDF 化 (河野)
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** https://github.com/orenogithub/iHEC
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* RDB の多層オミクスデータを D2RQ で SPARQL 対応 (田中)
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* プロキシサーバ ([https://github.com/ryotas/sparql-gateway たたき台]をCC0で公開), ファセットスタンザ (今後検討) (山中・片山)
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* [[BH15.15]] 登録サイト準備 (片山)
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** http://tinyurl.com/bh15-15-form
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* RDF サミット計画 (片山)
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* d3sparql [https://github.com/ktym/d3sparql/issues/11 BioSample の SPARQL クエリ更新] (片山)
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* AOEの更新 (坊農)
== 参考リンク ==
== 参考リンク ==
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* 山口敦子 (DBCLS)
* 山口敦子 (DBCLS)
* 岡別府陽子 (MSS)
* 岡別府陽子 (MSS)
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* 山中遼太 (Oracle)
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* 山中遼太 (Oracle) 17日のみ
* 永野朗夫 (PENQE) 17日終日、18日午前
* 永野朗夫 (PENQE) 17日終日、18日午前
* 藤澤貴智(遺伝研)
* 藤澤貴智(遺伝研)
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* 小野浩雅 (DBCLS)
* 小野浩雅 (DBCLS)
* 山本泰智 (DBCLS)
* 山本泰智 (DBCLS)
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* 金城玲(阪大蛋白研)18日のみ
* 桝屋啓志 (RIKEN BRC)18日のみ
* 桝屋啓志 (RIKEN BRC)18日のみ
* 高月照江 (RIKEN BRC)
* 高月照江 (RIKEN BRC)
* 小澤健太郎 (SGI)
* 小澤健太郎 (SGI)
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* 千葉啓和(基生研)
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* 有田正規 (遺伝研)
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* Li Donghan (NAIST)
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* 田中聡 (Trans-IT)
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* 信定知江 (NBDC) 両日17時まで
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* 畠中秀樹 (NBDC) 18日のみ

2016年1月14日 (木) 07:57時点における最新版

第39回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。

目次

開催概要

  • 開催期間:2015年 12月17日(木) 10:00 〜 18日(金) 18:00
  • 開催場所:遺伝学研究所 生命情報研究センター棟 (DDBJ棟) 4F会議室 (W403-405) + 生命情報研究棟西棟 DBCLS
  • アクセス:http://dbcls.rois.ac.jp/access
    • 遺伝研行きのシャトルバスがあります。乗り口は北口から出てロータリー向かって左手です。
    • 新幹線ーNIGシャトルバス接続情報
    • 9:30出発のシャトルバスに乗ってお越しいただくと、DDBJ棟までご案内します。
      • 関東方面からお越しの方は こだま639号 (東京8:26発、品川8:34発) がスムーズです。
      • 関西方面からお越しの方は こだま632号 (名古屋7:29発) がスムーズですが、朝が早いので前泊する方が楽です。
  • お昼について
    • 所内には小さい食堂がありますが、売店などはありません。お弁当などをお持ち頂くことをお勧めします。
  • 夕食について
    • 初日の夕食は参加者のみなさまで三島駅前に出かける予定です。
  • ホテルについて
  • 開催連絡:http://groups.google.com/group/biohackathon-jp メーリングリストにて

プロジェクト

  • NBDC/EBI RDF のスタンザ開発 (川島・岡別府)
    • データ調査中
  • "http://..."^^xsd:anyURI は <http://...> の方がよい (桝屋・川島)
  • MicrobeDB の開発 (岡別府)
  • ICGC RDF の更新 (release 20) とポータル用クエリ例 (ここに埋め込み) (山中)
  • 種間比較の D3.js による可視化開発 (守屋)
  • BioHDTC++ツール群の調査 (山口)
  • FastQC メタデータの RDF 化 (大田)
  • メタゲノムの系統組成 RDF 化 (森)
    • 系統名の名寄せが完了
  • 真核ゲノムデータの RDF コンバータ (藤澤)
  • DDBJ データのバリデータ (藤澤)
  • GraphDB (旧OWLIM) の制限なしフリー版検証 (山本)
  • First authors' の 100 万トリプルを Fuseki にいれて SPARQL builder のメタデータ生成 (山本・山口)
  • 比較ゲノムのスタンザ (千葉)[1]
  • 微生物・マウス・細胞 RDF の更新体制 (高月)
  • 遺伝研マウスデータの RDF 化 (高月)
  • NBDC RDF ポータルの調整 (永野)
    • IE9 対応完了
  • DBタグ改定、DBカタログとTogoTVの連携 (信定)
  • マススペックのキュレーション (リー・有田)
    • SQLに入れるデータタイプを石濱グループと共通化
  • 日化辞とKNApSAcKのID対応 (時松)
    • 立体異性表記の問題で InChI によるマッチングだけでは解決しない
    • InChiで合わない同一化合物IDについて検証中
  • PIERO 追加データ、語彙の整備、ライセンス (小寺)
  • エピゲノムの RDF 化 (河野)
  • RDB の多層オミクスデータを D2RQ で SPARQL 対応 (田中)
  • プロキシサーバ (たたき台をCC0で公開), ファセットスタンザ (今後検討) (山中・片山)
  • BH15.15 登録サイト準備 (片山)
  • RDF サミット計画 (片山)
  • d3sparql BioSample の SPARQL クエリ更新 (片山)
  • AOEの更新 (坊農)

参考リンク


参加者

  • 片山俊明 (DBCLS)
  • 川島秀一 (DBCLS)
  • 守屋勇樹 (DBCLS)
  • 時松敏明 (DBCLS)
  • 坊農秀雅 (DBCLS)
  • 大田達郎 (DBCLS)
  • 山口敦子 (DBCLS)
  • 岡別府陽子 (MSS)
  • 山中遼太 (Oracle) 17日のみ
  • 永野朗夫 (PENQE) 17日終日、18日午前
  • 藤澤貴智(遺伝研)
  • 森宙史(東工大)17日のみ
  • 仲里猛留(DBCLS)
  • 大石直哉(DOGRUN)
  • 内藤雄樹 (DBCLS)
  • 小寺正明(東工大)17日のみ
  • 小野浩雅 (DBCLS)
  • 山本泰智 (DBCLS)
  • 金城玲(阪大蛋白研)18日のみ
  • 桝屋啓志 (RIKEN BRC)18日のみ
  • 高月照江 (RIKEN BRC)
  • 小澤健太郎 (SGI)
  • 千葉啓和(基生研)
  • 有田正規 (遺伝研)
  • Li Donghan (NAIST)
  • 田中聡 (Trans-IT)
  • 信定知江 (NBDC) 両日17時まで
  • 畠中秀樹 (NBDC) 18日のみ
個人用ツール