SPARQLthon38

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2015年11月6日 (金) 08:12時点におけるMeso (トーク | 投稿記録)による版
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第38回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。

目次

開催概要

プロジェクト

TPP グループ全体

統合化推進プログラム (TPP) の RDF 化支援

SPARQLthon グループ

  • SPARQL本 今週末ごろから発売予定
  • 菌株 RDF モデルの標準化 (森, 高月)
  • 真核ゲノムRDF (藤澤, 河野, 田中, 片山)
    • PomBase, SGD, Phytozome などを RDF 化したい
    • BioInterchange + GFVO で GFF, VCF などをカバーしているので INSDC RDF と比較→ SPARQLthon38/GenomeRDF
      • 2.0 のインストール、出力が1行1JSONだった(拡張子 .ldj)
    • Bio::Sequence / Bio::Features に to_rdf をつける?← VCF などはどうする, GA4GH グラフとの整合性
  • RDF ポータルとスタンザ (川島, 岡別府)
  • FastQC の RDF 化 (大田)
  • InChI 階層 (櫛田, 山田、時松) InChI-RDF
  • 化石 + 系統樹 (川島) [1]
  • GGGenome/GGRNA INSDC バージョンとAWS化 (内藤)
    • GGGenome: DDBJ 101.0 → 102.0 (Sep. 2015) 更新
      • インデクシング完了、検索ノードにデプロイ中。
    • GGGenome on Amazon EC2
      • CentOS 6のマシンイメージを利用することでコンパイルが通り動作した。
      • インデクシングはI/Oが律速なのでEBS (通常のボリューム) 上だと遅い。
      • i2.xlarge等のInstance Store (=localのSSD) を使うようにすると爆速。
  • SPARQL Builder UI インプリ (レンツ)
  • トリプルストア検証 (山本)
  • がんゲノム 〜 RDF ポータル準備、紹介用スライド作成 (山中)
  • TogoStanza JS 版をどうするか (BioJS の event API 調査) (片山)

今後の予定

参考リンク


参加者

  • 片山俊明 (DBCLS)
  • 川島秀一 (DBCLS)
  • 守屋勇樹 (DBCLS)
  • 山田一作 (野口研)
  • 時松敏明 (DBCLS)
  • 大田達郎 (DBCLS)
  • 岡別府陽子(MSS)
  • 山口敦子(DBCLS)
  • 千葉啓和(基生研)
  • 藤澤貴智(遺伝研)
  • 櫛田達矢(NBDC)
  • 永野朗夫(PENQE)
  • 坂井美津帆(PENQE)5日のみ
  • 戀津魁(理研)5日のみ(早退?)
  • 山中遼太(Oracle)5日のみ
  • 高月照江(理研BRC)5日のみ
  • 森宙史(東工大)5日14時過ぎ?から夜までのみ
  • 山本泰智(DBCLS)
  • 川島武士(筑波大)
  • 内藤雄樹 (DBCLS)
  • 信定知江(NBDC)16時半まで(2日ともに)
  • 河野信(DBCLS)
  • 田中聡
  • 仲里猛留(DBCLS)
個人用ツール