SPARQLthon38

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** PomBase, SGD, Phytozome などを RDF 化したい
** PomBase, SGD, Phytozome などを RDF 化したい
** BioInterchange + GFVO で GFF, VCF などをカバーしているので INSDC RDF と比較→ [[SPARQLthon38/GenomeRDF]]
** BioInterchange + GFVO で GFF, VCF などをカバーしているので INSDC RDF と比較→ [[SPARQLthon38/GenomeRDF]]
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*** 2.0 のインストール、出力が1行1JSONだった(拡張子 .ldj)
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*** 2.0 のインストール、出力が1行1JSONだった(拡張子 .ldj: line delimited json)
** Bio::Sequence / Bio::Features に to_rdf をつける?← VCF などはどうする, GA4GH グラフとの整合性
** Bio::Sequence / Bio::Features に to_rdf をつける?← VCF などはどうする, GA4GH グラフとの整合性
* DBメタデータのタグ整理, 階層化, RDF化 (信定, 藤澤, 川島, 畠中, 小林, 桝屋, 片山)
* DBメタデータのタグ整理, 階層化, RDF化 (信定, 藤澤, 川島, 畠中, 小林, 桝屋, 片山)
** いくつかのタグの統廃合をした
** いくつかのタグの統廃合をした
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* TogoTV とDBカタログ連携 (信定)
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** 既存の RDF を改訂する予定(空白ノードを ID の URI にしてラベルとしてタグ名をつける)、skosは対応済み
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* オーソログに基づく比較ゲノムスタンザ (千葉, 守屋)
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* TogoTV とDBカタログ連携 (信定, 小野)
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** Human のオーソログ RDF の整備、テスト
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* ヒトオーソログ情報に基づく遺伝子進化解析 (千葉, 守屋, 永野, 片山)
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*** http://purl.org/net/orthordf/archive/hop.ttl
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** http://purl.org/net/orthordf/archive/hop.ttl
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**** [http://web.stanford.edu/group/meyerlab/hOPMAPServer/index.html Source of ortholog data]
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*** [http://web.stanford.edu/group/meyerlab/hOPMAPServer/index.html Source of ortholog data], [https://docs.google.com/spreadsheets/d/1PDNPIPw_kZKYfRn_U1kUQ6m2aYoaA9CrnRKaKY-CSGc/edit#gid=0 比較対象生物との分岐の年代]
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**** [https://docs.google.com/spreadsheets/d/1PDNPIPw_kZKYfRn_U1kUQ6m2aYoaA9CrnRKaKY-CSGc/edit#gid=0 比較対象生物との分岐の年代]
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** [http://mbgd.genome.ad.jp/sparql/example.php?category=human_gene_ancestor テスト用クエリ]
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***** curl 'https''':'''//docs.google.com/spreadsheets/.../export?gid=0&format=tsv' | ./script
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*** [http://mbgd.genome.ad.jp/sparql/example.php?category=human_gene_ancestor テスト用クエリ]
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* RDF ポータルとスタンザ (川島, 岡別府)
* RDF ポータルとスタンザ (川島, 岡別府)
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** BMRB RDF のキュレーション
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** EBI スタンザをベースに改訂
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** ICGC RDF とのコラボレーション
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* FastQC の RDF 化 (大田)
* FastQC の RDF 化 (大田)
** 項目の洗い出しとドキュメント化
** 項目の洗い出しとドキュメント化
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* InChI 階層 (櫛田, 山田、時松) [https://docs.google.com/document/d/17TwZq-TMXsshEBrKZdKJ2YWO0B3AF-KY9xtH9akwzWI/edit# InChI-RDF]
* InChI 階層 (櫛田, 山田、時松) [https://docs.google.com/document/d/17TwZq-TMXsshEBrKZdKJ2YWO0B3AF-KY9xtH9akwzWI/edit# InChI-RDF]
* 化石 + 系統樹 (川島) [https://a2179e62-a-62cb3a1a-s-sites.googlegroups.com/site/kawashima38/home/writingtable/fig20151105_1/スクリーンショット%200027-11-05%2017.36.01.png?attachauth=ANoY7crgkYzrRWBjOE6teqFAise2fvT3EkGuHQZXXJ-RFZeXw8GKplbYX9X5LP-V6XdOywJWyg2KTXO_S2bTmwuUa63KP1N02cuMicBw-mvGa7VnuKKDuwJIctwVIFPm9soHmIyYu42DcrYJ3A9SSaChk6KY0X7YT20uolXoCzLGbXXwYdnppr5Cn7uhPE0q8ZjUKnc6slgN6-sdY-MfMm-244GUpTiZBoLSYm0LzAMWqcFBOCMW8TkudS3X8AzjBy_c9CWXJcovg9Oi4VynxjYDFfAc-7e-5JBhHye7NUMnYdpB8M0y5EZxNAlBY-viFG3-SyirWzz2ePoEONtiDLLQ6JO9H1y3lq30Mx1M_6RY0VRMmVtXUkwxiwkld4e6hg_hdxQEXsqL&attredirects=0]
* 化石 + 系統樹 (川島) [https://a2179e62-a-62cb3a1a-s-sites.googlegroups.com/site/kawashima38/home/writingtable/fig20151105_1/スクリーンショット%200027-11-05%2017.36.01.png?attachauth=ANoY7crgkYzrRWBjOE6teqFAise2fvT3EkGuHQZXXJ-RFZeXw8GKplbYX9X5LP-V6XdOywJWyg2KTXO_S2bTmwuUa63KP1N02cuMicBw-mvGa7VnuKKDuwJIctwVIFPm9soHmIyYu42DcrYJ3A9SSaChk6KY0X7YT20uolXoCzLGbXXwYdnppr5Cn7uhPE0q8ZjUKnc6slgN6-sdY-MfMm-244GUpTiZBoLSYm0LzAMWqcFBOCMW8TkudS3X8AzjBy_c9CWXJcovg9Oi4VynxjYDFfAc-7e-5JBhHye7NUMnYdpB8M0y5EZxNAlBY-viFG3-SyirWzz2ePoEONtiDLLQ6JO9H1y3lq30Mx1M_6RY0VRMmVtXUkwxiwkld4e6hg_hdxQEXsqL&attredirects=0]
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* GGGenome/GGRNA INSDC バージョンとAWS化 (内藤)
* GGGenome/GGRNA INSDC バージョンとAWS化 (内藤)
** GGGenome: DDBJ 101.0 → 102.0 (Sep. 2015) 更新
** GGGenome: DDBJ 101.0 → 102.0 (Sep. 2015) 更新
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*** i2.xlarge等のInstance Store (=localのSSD) を使うようにすると速い。
*** i2.xlarge等のInstance Store (=localのSSD) を使うようにすると速い。
*** 検索速度については確認中。
*** 検索速度については確認中。
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** TogoGenome に真核データを連携 http://togogenome.org/rdf/togogenome/refseq/current/refseq.fasta
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* SPARQL Builder UI インプリ (レンツ)
* SPARQL Builder UI インプリ (レンツ)
* トリプルストア検証 (山本)
* トリプルストア検証 (山本)
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* 坂井美津帆(PENQE)5日のみ
* 坂井美津帆(PENQE)5日のみ
* 戀津魁(理研)5日のみ(早退?)
* 戀津魁(理研)5日のみ(早退?)
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* 山中遼太(Oracle)5日のみ
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* 山中遼太(Oracle)
* 高月照江(理研BRC)5日のみ
* 高月照江(理研BRC)5日のみ
* 森宙史(東工大)5日14時過ぎ?から夜までのみ
* 森宙史(東工大)5日14時過ぎ?から夜までのみ

2015年11月20日 (金) 15:40時点における最新版

第38回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。

目次

開催概要

プロジェクト

TPP グループ全体

統合化推進プログラム (TPP) の RDF 化支援

SPARQLthon グループ

  • 菌株 RDF モデルの標準化 (森, 高月)
  • 真核ゲノムRDF (藤澤, 河野, 田中, 片山)
    • PomBase, SGD, Phytozome などを RDF 化したい
    • BioInterchange + GFVO で GFF, VCF などをカバーしているので INSDC RDF と比較→ SPARQLthon38/GenomeRDF
      • 2.0 のインストール、出力が1行1JSONだった(拡張子 .ldj: line delimited json)
    • Bio::Sequence / Bio::Features に to_rdf をつける?← VCF などはどうする, GA4GH グラフとの整合性
  • RDF ポータルとスタンザ (川島, 岡別府)
    • BMRB RDF のキュレーション
    • EBI スタンザをベースに改訂
    • ICGC RDF とのコラボレーション
  • FastQC の RDF 化 (大田)
  • InChI 階層 (櫛田, 山田、時松) InChI-RDF
  • 化石 + 系統樹 (川島) [1]
  • GGGenome/GGRNA INSDC バージョンとAWS化 (内藤)
    • GGGenome: DDBJ 101.0 → 102.0 (Sep. 2015) 更新
      • インデクシング完了、検索ノードにデプロイ中。
    • GGGenome on Amazon EC2
      • CentOS 6のマシンイメージを利用することでコンパイルが通り動作した。
      • インデクシングはI/Oが律速なのでEBS (通常のボリューム) 上だと遅い。
      • i2.xlarge等のInstance Store (=localのSSD) を使うようにすると速い。
      • 検索速度については確認中。
    • TogoGenome に真核データを連携 http://togogenome.org/rdf/togogenome/refseq/current/refseq.fasta
  • SPARQL Builder UI インプリ (レンツ)
  • トリプルストア検証 (山本)
  • がんゲノム 〜 RDF ポータル準備、紹介用スライド作成 (山中)
  • TogoStanza JS 版をどうするか (BioJS の event API 調査) (片山)

今後の予定

参考リンク


参加者

  • 片山俊明 (DBCLS)
  • 川島秀一 (DBCLS)
  • 守屋勇樹 (DBCLS)
  • 山田一作 (野口研)
  • 時松敏明 (DBCLS)
  • 大田達郎 (DBCLS)
  • 岡別府陽子(MSS)
  • 山口敦子(DBCLS)
  • 千葉啓和(基生研)
  • 藤澤貴智(遺伝研)
  • 櫛田達矢(NBDC)
  • 永野朗夫(PENQE)
  • 坂井美津帆(PENQE)5日のみ
  • 戀津魁(理研)5日のみ(早退?)
  • 山中遼太(Oracle)
  • 高月照江(理研BRC)5日のみ
  • 森宙史(東工大)5日14時過ぎ?から夜までのみ
  • 山本泰智(DBCLS)
  • 川島武士(筑波大)
  • 内藤雄樹 (DBCLS)
  • 信定知江(NBDC)16時半まで(2日ともに)
  • 河野信(DBCLS)
  • 田中聡
  • 仲里猛留(DBCLS)
個人用ツール