SPARQLthon36/細菌群集RDF構造

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  • 旧構造の問題
    • 旧構造はSRS IDがprimary IDとして、ここに細菌群集解析、遺伝子解析、メタデータなどが全て結びついていた
    • しかしSRS IDは最近のsubmitしたデータには付与されなくなってきており、適切ではない。
    • また、細菌群集について指し示すpropertyはMEOをpredicateとして使用しているが、MEOは環境についてのオントロジーなのでこれは適切ではない。
  • 解決案
    • Biosample IDをprimary IDとする(没)
      • NCBIがBiosample IDを変更し始めた場合にはまた変える必要があるので、問題が先送りになっただけ。継続性がない。
    • primary IDをそもそもなくしてBlank Nodeとしてしまう(採用)
      • SRS IDやBiosample IDといったID URIはdc:identifierなどで指し示せば良い
      • IDからdc:publisherで元となるwebサイトを指し示せば追跡性も良い
    • MEOからMDBの論理構造を構築するPropertyを切り離してMicrobeDB Vocabularyとした
      • MEO側ではowl:equivalentPropertyで後方互換を記述する
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