SPARQLthon35

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(SPARQLthon グループ)
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*** GPIアンカーのRDF化の検討
*** GPIアンカーのRDF化の検討
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[[[GPI.png]] GPI anchor ]
+
[[GPI anchor:http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/images/6/6f/GPI.png]]
<pre>
<pre>
@prefix sio: <http://semanticscience.org/resource/> .
@prefix sio: <http://semanticscience.org/resource/> .

2015年8月11日 (火) 08:20時点における版

第35回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。

目次

開催概要

  • 開催期間:2015年 8月10日(月) 10:00 〜 11日(火) 18:00
  • 開催場所:遺伝学研究所 生命情報研究センター棟 (DDBJ棟) 4F会議室 (W403-405) + 生命情報研究棟西棟 DBCLS
  • アクセス:http://dbcls.rois.ac.jp/access
    • 遺伝研行きのシャトルバスがあります。乗り口は北口から出てロータリー向かって左手です。
    • 新幹線ーNIGシャトルバス接続情報
    • 9:30出発のシャトルバスに乗ってお越しいただくと、DDBJ棟までご案内します。
      • 関東方面からお越しの方は こだま639号 (東京8:26発、品川8:34発) がスムーズです。
      • 関西方面からお越しの方は こだま632号 (名古屋7:29発) がスムーズですが、朝が早いので前泊する方が楽です。
  • お昼について
    • 所内には小さい食堂がありますが、売店などはありません。お弁当などをお持ち頂くことをお勧めします。
  • 夕食について
    • 初日の夕食は参加者のみなさまで三島駅前に出かける予定です。
  • ホテルについて
  • 開催連絡:http://groups.google.com/group/biohackathon-jp メーリングリストにて

プロジェクト

今日の課題は → http://tinyurl.com/sparqlthon35nig へ、進捗はこちらの Wiki に(必要なら SPARQLthon35/サブページ のリンクを作って)ご記入ください。


TPP グループ全体

SPARQLthon グループ

    • 化合物構造のRDF化、SIO調査(山田・有田)
      • 化合物構造に利用できそうな部分構造
        • has component part [SIO_000369]
        • has proper part [SIO:000053]
      • 部分構造の結合に利用できそうなもの
        • is connected to [SIO:000203] > is directly connected to [SIO:000652] > is covalently connected to [SIO_000334]
        • SIO:000203: A is connected to B iff there exists a fiat, material or temporal path between A and B.
        • SIO:000652: A is directly connected to B iff there exists a path direclty between A and B.
        • SIO_000334: is covalently connected to is a relation between an atom and another atom.
      • GPIアンカーのRDF化の検討

GPI anchor:http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/images/6/6f/GPI.png

@prefix sio: <http://semanticscience.org/resource/> .
@prefix faldo: <http://biohackathon.org/resource/faldo> .
@prefix uniprot: <http://purl.uniprot.org/core/> .
@prefix glycan: <http://purl.jp/bio/12/glyco/glycan#> .

# has component part [SIO_000369]
<http://np.org/GPIanchor>
sio:has_component_part # SIO_000369
<http://natpros.org/peptide>
, <http://natpros.org/sm/OP^XOCCN/2O/2=O>
, <http://rdf.glycoinfo.org/glycan/wurcs/WURCS=2.0/2,4,3/[a2122h-1a_1-5_2*N][a1122h-1a_1-5]/1-2-2-2/a4-b1_b6-c1_c2-d1>
, <http://np.org/cyclitol_residue/inositol(1P_hxh_2C14_3C14)> 
, <http://rdf.glycoinfo.org/glycan/wurcs/WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1a_1-5_2*N][a1122h-1a_1-5][a1122h-1a_1-5_6*OP^XOCCN/3O/3=O]/1-2-2-3/a4-b1_b6-c1_c2-d1> .

# is component part of [SIO_000313]
<http://natpros.org/peptide> 
sio:is_component_part_of # SIO_000313 
<http://np.org/GPIanchor> .
<http://natpros.org/sm/OP^XOCCN/2O/2=O>
sio:is_component_part_of # SIO_000313
<http://np.org/GPIanchor> .
<http://rdf.glycoinfo.org/glycan/wurcs/WURCS=2.0/2,4,3/[a2122h-1a_1-5_2*N][a1122h-1a_1-5]/1-2-2-2/a4-b1_b6-c1_c2-d1>
 sio:is_component_part_of # SIO_000313 
<http://np.org/GPIanchor> .
<http://np.org/cyclitol_residue/inositol(1P_hxh_2C14_3C14)> 
sio:is_component_part_of # SIO_000313 
<http://np.org/GPIanchor> .

<http://np.org/cyclitol_residue/inositol(1P_hxh_2C14_3C14)> 
faldo:location <http://rdf.glycoinfo.org/glycan/wurcs/WURCS=2.0/2,4,3/[a2122h-1a_1-5_2*N][a1122h-1a_1-5]/1-2-2-2/a4-b1_b6-c1_c2-d1#MSaloc> .

<http://natpros.org/sm/OP^XOCCN/2O/2=O>
faldo:location <http://rdf.glycoinfo.org/glycan/wurcs/WURCS=2.0/2,4,3/[a2122h-1a_1-5_2*N][a1122h-1a_1-5]/1-2-2-2/a4-b1_b6-c1_c2-d1#MSdloc> .

<http://rdf.glycoinfo.org/glycan/wurcs/WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1a_1-5_2*N][a1122h-1a_1-5][a1122h-1a_1-5_6*OP^XOCCN/3O/3=O]/1-2-2-3/a4-b1_b6-c1_c2-d1> 
sio:is_component_part_of # SIO_000313 
<http://np.org/GPIanchor> .

<http://natpros.org/peptide> 
glycan:has_AA_sequence "QPFNVTQGKYSTAEECSADSDLNFLIPVAVG" ;
# glycan:has_glycosylated_AA <http://natpros.org/peptide#N4> .
sio:amino_acid_residue # SIO_010074
<http://natpros.org/peptide#N4> .

<http://natpros.org/peptide#N4>
        a sio:amino_acid_residue ;  # SIO_010074
	# glycan:Glycosylated_Amino_Acid <http://natpros.org/peptide#N4> ;
	faldo:location <http://natpros.org/peptide#N4loc> .

<http://rdf.glycoinfo.org/glycan/wurcs/WURCS=2.0/2,4,3/[a2122h-1a_1-5_2*N][a1122h-1a_1-5]/1-2-2-2/a4-b1_b6-c1_c2-d1>
	glycan:has_glyco_sequence "WURCS=2.0/2,4,3/[a2122h-1a_1-5_2*N][a1122h-1a_1-5]/1-2-2-2/a4-b1_b6-c1_c2-d1" ;
	faldo:location <http://rdf.glycoinfo.org/glycan/wurcs/WURCS=2.0/2,4,3/[a2122h-1a_1-5_2*N][a1122h-1a_1-5]/1-2-2-2/a4-b1_b6-c1_c2-d1#MSa> ;
	faldo:location <http://rdf.glycoinfo.org/glycan/wurcs/WURCS=2.0/2,4,3/[a2122h-1a_1-5_2*N][a1122h-1a_1-5]/1-2-2-2/a4-b1_b6-c1_c2-d1#MSd> .

<http://rdf.glycoinfo.org/glycan/wurcs/WURCS=2.0/2,4,3/[a2122h-1a_1-5_2*N][a1122h-1a_1-5]/1-2-2-2/a4-b1_b6-c1_c2-d1#MSa>
#	a  sio:carbohydrate residue ; # SIO_010334
	faldo:location <http://rdf.glycoinfo.org/glycan/wurcs/WURCS=2.0/2,4,3/[a2122h-1a_1-5_2*N][a1122h-1a_1-5]/1-2-2-2/a4-b1_b6-c1_c2-d1#MSaloc> .

<http://rdf.glycoinfo.org/glycan/wurcs/WURCS=2.0/2,4,3/[a2122h-1a_1-5_2*N][a1122h-1a_1-5]/1-2-2-2/a4-b1_b6-c1_c2-d1#MSd>
#	a sio:carbohydrate residue ; # SIO_010334
	faldo:location <http://rdf.glycoinfo.org/glycan/wurcs/WURCS=2.0/2,4,3/[a2122h-1a_1-5_2*N][a1122h-1a_1-5]/1-2-2-2/a4-b1_b6-c1_c2-d1#MSdloc> .

<http://rdf.glycoinfo.org/glycan/wurcs/WURCS=2.0/2,4,3/[a2122h-1a_1-5_2*N][a1122h-1a_1-5]/1-2-2-2/a4-b1_b6-c1_c2-d1#MSaloc>
faldo:position 1 ;
	rdf:type	faldo:ExactPosition .

<http://rdf.glycoinfo.org/glycan/wurcs/WURCS=2.0/2,4,3/[a2122h-1a_1-5_2*N][a1122h-1a_1-5]/1-2-2-2/a4-b1_b6-c1_c2-d1#MSdloc>
faldo:position 4 ;
	rdf:type	faldo:ExactPosition .


<http://rdf.glycoinfo.org/glycan/wurcs/WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1a_1-5_2*N][a1122h-1a_1-5][a1122h-1a_1-5_6*OP^XOCCN/3O/3=O]/1-2-2-3/a4-b1_b6-c1_c2-d1>
#	glycan:has_glyco_sequence "WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1a_1-5_2*N][a1122h-1a_1-5][a1122h-1a_1-5_6*OP^XOCCN/3O/3=O]/1-2-2-3/a4-b1_b6-c1_c2-d1”;
	faldo:location <http://rdf.glycoinfo.org/glycan/wurcs/WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1a_1-5_2*N][a1122h-1a_1-5][a1122h-1a_1-5_6*OP^XOCCN/3O/3=O]/1-2-2-3/a4-b1_b6-c1_c2-d1#MSa> .

# is_directly_connected_to [SIO:000652] 
<http://natpros.org/peptide> 
sio:is_directly_connected_to # SIO_000652 
<http://natpros.org/sm/OP^XOCCN/2O/2=O> .
<http://natpros.org/sm/OP^XOCCN/2O/2=O> 
sio:is_directly_connected_to # SIO_000652 
<http://rdf.glycoinfo.org/glycan/wurcs/WURCS=2.0/2,4,3/[a2122h-1a_1-5_2*N][a1122h-1a_1-5]/1-2-2-2/a4-b1_b6-c1_c2-d1> .
<http://rdf.glycoinfo.org/glycan/wurcs/WURCS=2.0/2,4,3/[a2122h-1a_1-5_2*N][a1122h-1a_1-5]/1-2-2-2/a4-b1_b6-c1_c2-d1> 
sio:is_directly_connected_to # SIO_000652 
<http://np.org/cyclitol_residue/inositol(1P_hxh_2C14_3C14)> .
<http://rdf.glycoinfo.org/glycan/wurcs/WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1a_1-5_2*N][a1122h-1a_1-5][a1122h-1a_1-5_6*OP^XOCCN/3O/3=O]/1-2-2-3/a4-b1_b6-c1_c2-d1> 
sio:is_directly_connected_to # SIO_000652 
<http://np.org/cyclitol_residue/inositol(1P_hxh_2C14_3C14)> .
# 
<http://natpros.org/sm/OP^XOCCN/2O/2=O>
	faldo:location <http://natpros.org/peptide#N4loc> .
<http://natpros.org/peptide#N4loc>	
faldo:position 4 ;
	rdf:type	faldo:ExactPosition ;
	faldo:reference	<http://np.org/seq> .
# <http://np.org/seq>	a uniprot:Sequence ;
# rdf:value "QPFNVTQGKYSTAEECSADSDLNFLIPVAVG" .

<http://rdf.glycoinfo.org/glycan/wurcs/WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1a_1-5_2*N][a1122h-1a_1-5][a1122h-1a_1-5_6*OP^XOCCN/3O/3=O]/1-2-2-3/a4-b1_b6-c1_c2-d1>
	faldo:location <http://natpros.org/peptide#N4loc> .
<http://natpros.org/peptide#N4loc>	
faldo:position 4 ;
	rdf:type	faldo:ExactPosition ;
	faldo:reference	<http://np.org/seq> .
<http://np.org/seq>
a uniprot:Sequence ;
rdf:value "QPFNVTQGKYSTAEECSADSDLNFLIPVAVG" .
<s> rdfs:seeAlso <http://identifiers.org/inchi/InChI=1S/C6H12O6/c7-1-2-3(8)4(9)5(10)6(11)12-2/h2-11H,1H2/t2-,3-,4+,5-,6-/m1/s1> .
<s> rdfs:seeAlso <http://identifiers.org/inchikey/WQZGKKKJIJFFOK-VFUOTHLCSA-N> .

参考リンク


参加者

  • 片山俊明 (DBCLS)
  • 川島秀一 (DBCLS)
  • 守屋勇樹 (DBCLS)
  • 坊農秀雅 (DBCLS)
  • 山本泰智 (DBCLS)
  • 古崎晃司(大阪大学)
  • 山口敦子 (DBCLS)
  • 吉沢明康(京都大学)
  • 森田 巧(保健同人社)
  • 岡別府陽子(MSS)
  • 大石直哉(DOGRUN)
  • 永野朗夫(PENQE)
  • 田中聡 (Trans-IT)
  • 大田達郎 (DBCLS)
  • 小寺正明(東工大)11日(2日目)のみ参加
  • 小澤健太郎 (SGI)
  • 上原英也 (SGI)
  • 西村悟史 (産総研)
  • 信定知江 (NBDC) 10日のみ参加(17時まで)
  • 山田一作 (野口研)
  • 内藤雄樹 (DBCLS)
  • 千葉啓和(基生研)
  • 有田正規(遺伝研)
  • 仲里猛留 (DBCLS)
  • 榊原雄太 (協和発酵キリン) 10日のみ参加
  • 小野擁子 (協和発酵キリン) 10日のみ参加
  • 櫛田達矢(NBDC)
  • 西出浩世(基生研)
  • 森宙史(東工大)
  • 藤澤貴共(遺伝研)
  • 中村伸朗(JST)
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