SPARQLthon34

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(SPARQLthon グループ)
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==参加者 ==
==参加者 ==
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* 片山俊明 (DBCLS)
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* 片山俊明 (DBCLS) チンパンジー
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* 川島秀一 (DBCLS)
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* 川島秀一 (DBCLS) ゴリラ
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* 守屋勇樹 (DBCLS)
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* 守屋勇樹 (DBCLS) オラウータン
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* 小林紀郎 (理研)
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* 小林紀郎 (理研) ゴリラ
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* 藤澤貴智(遺伝研)
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* 藤澤貴智(遺伝研)オラウータン
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* 永野朗夫(PENQE)16日午後〜、17日
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* 永野朗夫(PENQE)16日午後〜、17日 オラウータン
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* 坊農秀雅 (DBCLS)
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* 坊農秀雅 (DBCLS) 
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* 小澤健太郎 (SGI) 17日のみ
+
* 小澤健太郎 (SGI) 17日のみ オラウータン
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* 上原英也 (SGI) 17日のみ
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* 上原英也 (SGI) 17日のみ オラウータン
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* 千葉啓和(基生研)16日のみ
+
* 千葉啓和(基生研)16日のみ 
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* 仲里猛留(DBCLS)
+
* 仲里猛留(DBCLS)オラウータン
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* 山口敦子 (DBCLS)
+
* 山口敦子 (DBCLS) オラウータン
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* 戀津魁(理研)17日早退?
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* 戀津魁(理研)17日早退? オラウータン
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* 市原寿子(かずさ)
+
* 市原寿子(かずさ) オラウータン
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* 木下聖子(創価大)16日のみ
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* 木下聖子(創価大)16日のみ チンパンジー
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* 青木信幸(創価大)16日のみ
+
* 青木信幸(創価大)16日のみ オラウータン
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* 新町大輔(創価大)16日のみ
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* 新町大輔(創価大)16日のみ ボノボ
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* 藤田晶大(創価大)16日のみ
+
* 藤田晶大(創価大)16日のみ 
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* 土屋伸一郎(創価大)16日のみ
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* 土屋伸一郎(創価大)16日のみ 
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* 小野浩雅 (DBCLS) 16日のみ
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* 小野浩雅 (DBCLS) 16日のみ 
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* 山田一作 (野口研) 16PM~17
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* 山田一作 (野口研) 16PM~17 ボノボ
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* 松原正陽 (野口研) 16日のみ
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* 松原正陽 (野口研) 16日のみ オラウータン
* 内藤雄樹(DBCLS)
* 内藤雄樹(DBCLS)
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* 山中遼太(先端研)
+
* 山中遼太(先端研)チンパンジー
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* 森宙史(東工大)
+
* 森宙史(東工大) オラウータン
* 高月照江(理研BRC)16日のみ
* 高月照江(理研BRC)16日のみ
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* 鈴木治夫 (山口大)
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* 鈴木治夫 (山口大) オラウータン
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* 岡別府陽子(MSS)
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* 岡別府陽子(MSS)ボノボ
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* 櫛田達矢(NBDC)
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* 櫛田達矢(NBDC)オラウータン
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* 畠中秀樹(NBDC) 17日のみ
+
* 畠中秀樹(NBDC) 17日のみ 
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* 時松敏明 (DBCLS) 17日のみ
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* 時松敏明 (DBCLS) 17日のみ ゴリラ
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* 加藤文彦 (ROIS) 16日のみ
+
* 加藤文彦 (ROIS) 16日のみ オラウータン
* 山本泰智(DBCLS)
* 山本泰智(DBCLS)
* 信定知江(NBDC) 16日16時半まで、17日午前のみ
* 信定知江(NBDC) 16日16時半まで、17日午前のみ

2015年7月16日 (木) 10:39時点における版

第34回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。

目次

開催概要

プロジェクト

TPP グループ全体

SPARQLthon グループ

  • ガイドライン改訂 (川島・片山)
    • DOI,PMID について追記する
  • RDFポータル (川島・片山・櫛田・信定・畠中)
    • サブミット状況の確認、今後の進め方として厳しくは取り立てない方針
    • 出していただいたデータのクオリティーコントロールを進める
      • 当面はマニュアルで確認する
      • ガイドラインに沿ったバリデータを(SPINルールなどで)作る
  • TogoGenome
    • 今後の開発方針 (新機能/新スタンザ) (守屋・川島・片山)
    • MicrobeDB連携をふくめ更新体制の見直し (藤澤・岡別府・森・千葉・片山)
    • テキスト検索 (岡別府)
  • TogoStanza
    • JS版の位置づけ (BioJS/WebComponents)
  • D2RQ
    • デザイン修正、Docker版リリース (西澤・永野・山本・片山)
  • TogoDB
    • Subject URI への rdf:type 指定、Docker化 (西澤・片山)
  • SRA -> GEO (坊農)
  • DBCLS SRA 生物種データ取得のための改良 (仲里)
  • ニッカジRDF更新 (櫛田)
    • ツールで生成される InChI にエラーがあるものを確認中
  • NBDC DBカタログ RDF 化のための調査 (信定)
    • まずは公開する方向で理研メタデータとの突き合わせを進めた
  • 天然物 RDF 化 (山田)

Linux, Mac

./inchi-1 InChI_TestSet.sdf InChI_TestSet.txt InChI_TestSet.log -AuxNone -Key -SDF:ID

Windows

inchi-1.exe InChI_TestSet.sdf InChI_TestSet.txt InChI_TestSet.log /AuxNone /Key /SDF:ID
  • 微生物ゲノム配列解析パイプラインの開発と Galaxy/GitHub への公開 (鈴木)
    • GenBank 形式からサブミッションのための DDBJ MSS フォーマットに変換する gbk2ddbj.pl を公開
  • 真核生物のオーソログ取得整備、遺伝子ヒストリー (千葉・片山)
  • GGGenome のデータベース一覧(出典・バージョン)のインターフェイスとドキュメント整備 (内藤)
    • DataTables jQuery プラグインでの UI を開発中
  • SPARQL Builder のインターフェイス改善 (戀津)
  • 理研バイオリソースセンターの NGS データのメタデータの RDF 化 (小林)
    • BioSample / SRA と連携 (藤澤)
    • 参考: PMCのURIはこれに準拠して作っている NCBI RDF URI Standards
  • SPARQL本
    • 仕上げ、フィギュア、例 (片山・山本・川島・岡別府・加藤)
  • Health 2.0
    • BH連携 (メドピア)

今後の予定

  • Reference graph genome セミナー興味のある方参加者募集中
    • 7月中に DBCLS 内でいろいろ調査、8月20日に公開セミナー予定

参考リンク


参加者

  • 片山俊明 (DBCLS) チンパンジー
  • 川島秀一 (DBCLS) ゴリラ
  • 守屋勇樹 (DBCLS) オラウータン
  • 小林紀郎 (理研) ゴリラ
  • 藤澤貴智(遺伝研)オラウータン
  • 永野朗夫(PENQE)16日午後〜、17日 オラウータン
  • 坊農秀雅 (DBCLS) 
  • 小澤健太郎 (SGI) 17日のみ オラウータン
  • 上原英也 (SGI) 17日のみ オラウータン
  • 千葉啓和(基生研)16日のみ 
  • 仲里猛留(DBCLS)オラウータン
  • 山口敦子 (DBCLS) オラウータン
  • 戀津魁(理研)17日早退? オラウータン
  • 市原寿子(かずさ) オラウータン
  • 木下聖子(創価大)16日のみ チンパンジー
  • 青木信幸(創価大)16日のみ オラウータン
  • 新町大輔(創価大)16日のみ ボノボ
  • 藤田晶大(創価大)16日のみ 
  • 土屋伸一郎(創価大)16日のみ 
  • 小野浩雅 (DBCLS) 16日のみ 
  • 山田一作 (野口研) 16PM~17 ボノボ
  • 松原正陽 (野口研) 16日のみ オラウータン
  • 内藤雄樹(DBCLS)
  • 山中遼太(先端研)チンパンジー
  • 森宙史(東工大) オラウータン
  • 高月照江(理研BRC)16日のみ
  • 鈴木治夫 (山口大) オラウータン
  • 岡別府陽子(MSS)ボノボ
  • 櫛田達矢(NBDC)オラウータン
  • 畠中秀樹(NBDC) 17日のみ 
  • 時松敏明 (DBCLS) 17日のみ ゴリラ
  • 加藤文彦 (ROIS) 16日のみ オラウータン
  • 山本泰智(DBCLS)
  • 信定知江(NBDC) 16日16時半まで、17日午前のみ
  • 櫻井望(かずさ)17日のみ

BBQ 参加登録

夏になりましたので、今回は 7/16 (木) 18:00〜21:00 に 柏の葉オークビレッジで BBQ を開催します。参加希望の方は 7/10 (金) までに記名をお願いします(7/11-12の週末に人数確定の連絡をするため)。参加費は BBQ 3200 円 + 飲み放題 1800 円 の実費となります。→ 台風のため残念ながら中止となりました。。

  • 片山
  • 川島
  • 小林 (理研)
  • 守屋
  • 永野
  • 坊農
  • 小澤
  • 上原
  • 山口
  • 戀津
  • 市原
  • 新町
  • 山田
  • 山中
  • 松原
  • 青木
  • 岡別府
  • 鈴木
  • 木下
  • 櫛田
  • 加藤
  • 山本
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