SPARQLthon34

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** まずは公開する方向で理研メタデータとの突き合わせを進めた
** まずは公開する方向で理研メタデータとの突き合わせを進めた
* 天然物 RDF 化 (山田)
* 天然物 RDF 化 (山田)
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** IUPAC InChIの使い方
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./inchi-1 InChI_TestSet.sdf InChI_TestSet.txt InChI_TestSet.log -AuxNone -Key -SDF:ID
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* 微生物ゲノム配列解析パイプラインの開発と Galaxy/GitHub への公開 (鈴木)
* 微生物ゲノム配列解析パイプラインの開発と Galaxy/GitHub への公開 (鈴木)
** GenBank 形式からサブミッションのための DDBJ MSS フォーマットに変換する [https://github.com/haruosuz/ddbj_mss gbk2ddbj.pl] を公開
** GenBank 形式からサブミッションのための DDBJ MSS フォーマットに変換する [https://github.com/haruosuz/ddbj_mss gbk2ddbj.pl] を公開

2015年7月16日 (木) 09:26時点における版

第34回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。

目次

開催概要

プロジェクト

TPP グループ全体

SPARQLthon グループ

  • ガイドライン改訂 (川島・片山)
    • DOI,PMID について追記する
  • RDFポータル (川島・片山・櫛田・信定・畠中)
    • サブミット状況の確認、今後の進め方として厳しくは取り立てない方針
    • 出していただいたデータのクオリティーコントロールを進める
      • 当面はマニュアルで確認する
      • ガイドラインに沿ったバリデータを(SPINルールなどで)作る
  • TogoGenome
    • 今後の開発方針 (新機能/新スタンザ) (守屋・川島・片山)
    • MicrobeDB連携をふくめ更新体制の見直し (藤澤・岡別府・森・千葉・片山)
    • テキスト検索 (岡別府)
  • TogoStanza
    • JS版の位置づけ (BioJS/WebComponents)
  • D2RQ
    • デザイン修正、Docker版リリース (西澤・永野・山本・片山)
  • TogoDB
    • Subject URI への rdf:type 指定、Docker化 (西澤・片山)
  • SRA -> GEO (坊農)
  • DBCLS SRA 生物種データ取得のための改良 (仲里)
  • ニッカジRDF更新 (櫛田)
    • ツールで生成される InChI にエラーがあるものを確認中
  • NBDC DBカタログ RDF 化のための調査 (信定)
    • まずは公開する方向で理研メタデータとの突き合わせを進めた
  • 天然物 RDF 化 (山田)
    • IUPAC InChIの使い方 
./inchi-1 InChI_TestSet.sdf InChI_TestSet.txt InChI_TestSet.log -AuxNone -Key -SDF:ID
  • 微生物ゲノム配列解析パイプラインの開発と Galaxy/GitHub への公開 (鈴木)
    • GenBank 形式からサブミッションのための DDBJ MSS フォーマットに変換する gbk2ddbj.pl を公開
  • 真核生物のオーソログ取得整備、遺伝子ヒストリー (千葉・片山)
  • GGGenome のデータベース一覧（出典・バージョン）のインターフェイスとドキュメント整備 (内藤)
    • DataTables jQuery プラグインでの UI を開発中
  • SPARQL Builder のインターフェイス改善 (戀津)
  • 理研バイオリソースセンターの NGS データのメタデータの RDF 化 (小林)
    • BioSample / SRA と連携 (藤澤)
    • 参考: PMCのURIはこれに準拠して作っている NCBI RDF URI Standards
  • SPARQL本
    • 仕上げ、フィギュア、例 (片山・山本・川島・岡別府・加藤)
  • Health 2.0
    • BH連携 (メドピア)

今後の予定

  • Reference graph genome セミナー興味のある方参加者募集中
    • 7月中に DBCLS 内でいろいろ調査、8月20日に公開セミナー予定

参考リンク


参加者

  • 片山俊明 (DBCLS)
  • 川島秀一 (DBCLS)
  • 守屋勇樹 (DBCLS)
  • 小林紀郎 (理研)
  • 藤澤貴智（遺伝研）
  • 永野朗夫（PENQE）16日午後〜、17日
  • 坊農秀雅 (DBCLS)
  • 小澤健太郎 (SGI) 17日のみ
  • 上原英也 (SGI) 17日のみ
  • 千葉啓和（基生研）16日のみ
  • 仲里猛留（DBCLS）
  • 山口敦子 (DBCLS)
  • 戀津魁（理研）17日早退？
  • 市原寿子（かずさ）
  • 木下聖子（創価大）16日のみ
  • 青木信幸（創価大）16日のみ
  • 新町大輔（創価大）16日のみ
  • 藤田晶大（創価大）16日のみ
  • 土屋伸一郎（創価大）16日のみ
  • 小野浩雅 (DBCLS) 16日のみ
  • 山田一作 (野口研) 16PM~17
  • 松原正陽 (野口研) 16日のみ
  • 内藤雄樹（DBCLS）
  • 山中遼太（先端研）
  • 森宙史（東工大）
  • 高月照江（理研BRC）16日のみ
  • 鈴木治夫 (山口大)
  • 岡別府陽子（MSS）
  • 櫛田達矢（NBDC）
  • 畠中秀樹（NBDC） 17日のみ
  • 時松敏明 (DBCLS) 17日のみ
  • 加藤文彦 (ROIS) 16日のみ
  • 山本泰智（DBCLS）
  • 信定知江（NBDC） 16日16時半まで、17日午前のみ
  • 櫻井望（かずさ）17日のみ

BBQ 参加登録

夏になりましたので、今回は 7/16 (木) 18:00〜21:00 に 柏の葉オークビレッジで BBQ を開催します。参加希望の方は 7/10 (金) までに記名をお願いします（7/11-12の週末に人数確定の連絡をするため)。参加費は BBQ 3200 円 + 飲み放題 1800 円 の実費となります。→ 台風のため残念ながら中止となりました。。

  • 片山
  • 川島
  • 小林 (理研)
  • 守屋
  • 永野
  • 坊農
  • 小澤
  • 上原
  • 山口
  • 戀津
  • 市原
  • 新町
  • 山田
  • 山中
  • 森
  • 松原
  • 青木
  • 岡別府
  • 鈴木
  • 木下
  • 櫛田
  • 加藤
  • 山本
「http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/SPARQLthon34」より作成
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