SPARQLthon33

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(SPARQLthon グループ)
(SPARQLthon グループ)
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* BioHackathon 2015 ポスター(永野)
* BioHackathon 2015 ポスター(永野)
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** [https://docs.google.com/spreadsheets/d/1XtBrTewhbfp8L3zIBnkyynVEch7Al1I7XKe6OSKrh_k/edit?usp=sharing ネタを下さいませ]
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** https://docs.google.com/spreadsheets/d/1XtBrTewhbfp8L3zIBnkyynVEch7Al1I7XKe6OSKrh_k/edit?usp=sharing ネタを下さいませ
=== 今後の予定 ===
=== 今後の予定 ===

2015年6月22日 (月) 08:19時点における版

第33回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。

目次

開催概要

プロジェクト

TPP グループ全体

SPARQLthon グループ

  • お花見メタゲノムのメタデータの整備 (大田)
  • がんゲノム (山中)
    • D2RQ Mapper の機能追加リクエスト
      • クラス定義 (map:donor a d2rq:ClassMap; d2rq:class <Donor>;)
      • データベースがオフラインでも編集機能?マッピングファイルの読込機能?
      • Namespaceとして定義してもマッピングファイルのPrefixに出てこないバグ?(up-ensembl)
    • ICGC Linked Data Portal で発行したクエリがわかるように d3sparql の各グラフに SPARQL 確認ボタンを追加
  • PIERO reaction ontology (小寺、守屋、時松)http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/PIERO
    • 酵素反応の部分的な特徴の記述(酵素反応中の化学部分構造変換とその語彙など)
    • データの整備と使用例について
      • RDF化ガイドラインに沿う形に
  • Docker
    • NGSデータ解析ツールのDocker化とその環境づくり(坊農)
      • DRAに登録されたRNA-seqデータはGEOに入らないものを補完する「発現データ補完計画」
  • NBDC DBカタログ (信定)
    • ダウンロード可能な DB かどうかなどのメタデータを追記 http://integbio.jp/dbcatalog/?lang=ja
    • 理研メタデータベースでも DB カタログの RDF スキーマを継承しているので今後も揃えたい
      • 理研の RDF データはホスティングも可能 - Ontology/RDFガイドライン標準化委員会
  • Virtuoso 7.2 の VALUES バグチェック (千葉)
  • DBCLS SRAの遺伝研からAmazonへのマイグレーション (仲里)
  • 理研 SciNes が メタデータベースに一本化されたので DB カタログと NGS データを中心に作業 (小林)
  • GGGenome に INSDC 検索を取り込む, AWS で稼働できるか実験 (内藤)
  • ニッカジのRDFデータの改善準備 (櫛田)
  • TogoGenome
    • リファレンスとなるゲノムデータセットの完備
    • テキスト検索のデプロイ
    • 真核を活かしたスタンザ、比較ゲノムなどトーゴーの日までのゴールを明確化

今後の予定

参考リンク


参加者

  • 片山俊明 (DBCLS)
  • 川島秀一 (DBCLS)
  • 守屋勇樹 (DBCLS)
  • 小林紀郎 (理研)
  • 小澤健太郎 (SGI)
  • 上原英也 (SGI) 23日のみ
  • 坊農秀雅 (DBCLS)
  • 山中遼太 (先端研)
  • 山本泰智 (DBCLS)
  • 大石直哉 (DOGRUN)
  • 岡別府陽子 (MSS)
  • 時松敏明 (DBCLS) 22日午後から
  • 永野朗夫 (PENQE)
  • 藤澤貴智(遺伝研)
  • 京田耕司(RIKEN QBiC)
  • 櫛田達矢(NBDC)
  • 畠中秀樹(NBDC)
  • 信定知江(NBDC)
  • 桝屋啓志 (RIKEN BRC)22日のみ
  • 高月照江 (RIKEN BRC)
  • 戀津魁 (理研)
  • 山田一作 (野口研)23日のみ
  • 市原寿子 (かずさDNA研)
  • 山口敦子 (DBCLS)
  • 千葉啓和(基生研)
  • 森宙史(東工大)
  • 仲里猛留(DBCLS)22日のみ
  • 山本希(東工大)22日のみ
  • 小寺正明(東工大)22日のみ
  • 内藤雄樹 (DBCLS)
  • 新町大輔 (創価大)22日のみ
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