SPARQLthon33
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=== 今後の予定 === | === 今後の予定 === |
2015年6月22日 (月) 08:19時点における版
第33回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。
目次 |
開催概要
- 開催期間:2015年 6月22日(月) 10:00 〜 23日(火) 18:00
- 開催場所:ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS) @ 東京大学 柏の葉キャンパス駅前 サテライト 6階
- アクセス:http://dbcls.rois.ac.jp/access
- 開催連絡:http://groups.google.com/group/biohackathon-jp メーリングリストにて
プロジェクト
TPP グループ全体
- ゲノム・メタゲノム情報統合による微生物DBの超高度化推進 (黒川)
- Microbe DB で利用する Genome RDF を(TogoGenomeゲノムセットとMBGDのオーソログデータとの対応)を確定してトーゴーの日に備える
- MeGAP の完成度を高める
- 病原性遺伝子を RDF データに追加して、どの菌株に所属するかを DB 化
- 植物ゲノム情報活用のための統合研究基盤の構築 (田畑)
- トマトの物理地図/マーカー/ゲノム情報 (GFF3) を jBrowse で表示する (BioInterchange 1.0のGFF3→RDFコンバータのfixが必要)
- 生命と環境のフェノーム統合データベース (桝屋)
- マウスゲノムの NGS データのメタデータを作成
- WDCM http://www.wdcm.org/ - ATCC 以外のほとんどの菌株コレクションが加盟しているコンソーシアム
- これまでに作成した RDF / オントロジーを WDCM で採用できるとよい
- マウスの細胞のデータの RDF 化 (高月)
- 糖鎖統合データベースおよび国際糖鎖構造リポジトリの開発 (成松)
- KEGG Glycan の RDF があるという噂は否定された
- http://www.genome.jp/linkdb/ LinkDB はある
- http://togows.org/ にやっつけバージョンはある
- KEGG Glycan の RDF があるという噂は否定された
- 生命動態システム科学のデータベースの統合化(大浪)
- 線虫/ハエ/ゼブラ/一分子動態などの動画から画像処理でエッジ抽出などしたDBのメタデータを RDF で整備
- 個別化医療に向けたヒトゲノムバリエーションデータベース (徳永)
- 蛋白質構造データバンクの高度化と統合的運用 (中村)
- 生物種メタボロームモデル・データベースの構築 (有田)
- ゲノムとフェノタイプ・疾患・医薬品の統合データベース (金久)
- 疾患ヒトゲノム変異の生物学的機能注釈を目指した多階層オミクスデータの統合 (菅野)
SPARQLthon グループ
- お花見メタゲノムのメタデータの整備 (大田)
- がんゲノム (山中)
- D2RQ Mapper の機能追加リクエスト
- クラス定義 (map:donor a d2rq:ClassMap; d2rq:class <Donor>;)
- データベースがオフラインでも編集機能?マッピングファイルの読込機能?
- Namespaceとして定義してもマッピングファイルのPrefixに出てこないバグ?(up-ensembl)
- ICGC Linked Data Portal で発行したクエリがわかるように d3sparql の各グラフに SPARQL 確認ボタンを追加
- D2RQ Mapper の機能追加リクエスト
- PIERO reaction ontology (小寺、守屋、時松)http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/PIERO
- 酵素反応の部分的な特徴の記述(酵素反応中の化学部分構造変換とその語彙など)
- データの整備と使用例について
- RDF化ガイドラインに沿う形に
- Docker
- NGSデータ解析ツールのDocker化とその環境づくり(坊農)
- DRAに登録されたRNA-seqデータはGEOに入らないものを補完する「発現データ補完計画」
- NGSデータ解析ツールのDocker化とその環境づくり(坊農)
- NBDC DBカタログ (信定)
- ダウンロード可能な DB かどうかなどのメタデータを追記 http://integbio.jp/dbcatalog/?lang=ja
- 理研メタデータベースでも DB カタログの RDF スキーマを継承しているので今後も揃えたい
- 理研の RDF データはホスティングも可能 - Ontology/RDFガイドライン標準化委員会
- Virtuoso 7.2 の VALUES バグチェック (千葉)
- DBCLS SRAの遺伝研からAmazonへのマイグレーション (仲里)
- 理研 SciNes が メタデータベースに一本化されたので DB カタログと NGS データを中心に作業 (小林)
- GGGenome に INSDC 検索を取り込む, AWS で稼働できるか実験 (内藤)
- ニッカジのRDFデータの改善準備 (櫛田)
- TogoGenome
- リファレンスとなるゲノムデータセットの完備
- テキスト検索のデプロイ
- 真核を活かしたスタンザ、比較ゲノムなどトーゴーの日までのゴールを明確化
- BioHackathon 2015 ポスター(永野)
今後の予定
- BioHackathon 2015 参加登録開始 → http://2015.biohackathon.org/
- RDF化ガイドライン最新版 → RDFizingDatabaseGuideline
参考リンク
- これまでの SPARQLthon
参加者
- 片山俊明 (DBCLS)
- 川島秀一 (DBCLS)
- 守屋勇樹 (DBCLS)
- 小林紀郎 (理研)
- 小澤健太郎 (SGI)
-
上原英也 (SGI) 23日のみ - 坊農秀雅 (DBCLS)
- 山中遼太 (先端研)
- 山本泰智 (DBCLS)
- 大石直哉 (DOGRUN)
- 岡別府陽子 (MSS)
- 時松敏明 (DBCLS) 22日午後から
- 永野朗夫 (PENQE)
- 藤澤貴智(遺伝研)
- 京田耕司(RIKEN QBiC)
- 櫛田達矢(NBDC)
- 畠中秀樹(NBDC)
- 信定知江(NBDC)
- 桝屋啓志 (RIKEN BRC)22日のみ
- 高月照江 (RIKEN BRC)
- 戀津魁 (理研)
- 山田一作 (野口研)23日のみ
- 市原寿子 (かずさDNA研)
- 山口敦子 (DBCLS)
- 千葉啓和(基生研)
- 森宙史(東工大)
- 仲里猛留(DBCLS)22日のみ
- 山本希(東工大)22日のみ
- 小寺正明(東工大)22日のみ
- 内藤雄樹 (DBCLS)
- 新町大輔 (創価大)22日のみ