SPARQLthon32

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* [[TPP-kurokawa|ゲノム・メタゲノム情報統合による微生物DBの超高度化推進]] (黒川)
* [[TPP-kurokawa|ゲノム・メタゲノム情報統合による微生物DBの超高度化推進]] (黒川)
** 環境関連の(塩分濃度などの)数値メタデータのためのオントロジー(述語)の整備 MSV (metagenome sample vocabulary) (森・鈴木)
** 環境関連の(塩分濃度などの)数値メタデータのためのオントロジー(述語)の整備 MSV (metagenome sample vocabulary) (森・鈴木)
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***[[SPARQLthon32/overlap_parameter MSVで示されるパラメーターの問題について]]
** PDO の語句からゲノムを検索する - 新しいゲノムに対応、メタゲノムにもPDOを対応させる (山本)
** PDO の語句からゲノムを検索する - 新しいゲノムに対応、メタゲノムにもPDOを対応させる (山本)
** 生物種名と病名 (PDO) のタームを使って論文を検索、症状  (CSSO) とのマッピングや関連する毒素遺伝子を拾うなど (川島・山本・片山)
** 生物種名と病名 (PDO) のタームを使って論文を検索、症状  (CSSO) とのマッピングや関連する毒素遺伝子を拾うなど (川島・山本・片山)

2015年5月14日 (木) 03:23時点における版

第32回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。

目次

開催概要

プロジェクト

TPP グループ全体

各データベースの該当分野とモデル図

SPARQLthon グループ

  • RDF ポータル
    • ガイドラインのリリース (川島・山本・片山)
    • ポータルサイトの仕様 (川島・片山・永野)
  • TogoGenome
    • データ更新対応、テキスト検索APIの仕上げ (岡別府・片山)
    • トーゴーの日までの開発計画 (片山・川島・守屋)
  • TogoStannza
    • 可視化ライブラリ(永野)
    • リファレンスゲノムを推薦するサービス用スタンザ (藤澤・望月)
  • BioSample - BioProject - SRA metadata
    • メタデータ
    • Assembly report からのゲノムリストの更新系
  • LinkSet-RDF (上原)
    • オントロジー整備
  • 天然物 (山田、時松)
  • がんゲノム (山中)
  • Docker
    • NGSデータ解析ツールのDocker化とその環境づくり (坊農)

今後の予定

  • SPARQLthon33 からの日程調整
  • BioHackathon 2015 参加登録開始 → http://2015.biohackathon.org/
  • ご自由におとりください
    • データ中心科学 リサーチコモンズ研究紹介「データに語らせる科学」
    • 今日から使える!データベース・ウェブツール 別刷り

参考リンク


参加者

  • 片山俊明 (DBCLS)
  • 川島秀一 (DBCLS)
  • 小澤健太郎 (SGI)
  • 上原英也 (SGI) 14日のみ
  • 守屋勇樹 (DBCLS)
  • 永野朗夫 (PENQE)
  • 山口敦子 (DBCLS)
  • 坊農秀雅 (DBCLS)
  • 山中遼太 (先端研)
  • 藤澤貴智(遺伝研)
  • 望月孝子(遺伝研)
  • 山田一作(野口研)14日PM〜15日
  • 山本泰智 (DBCLS)
  • 高月照江(理研BRC)
  • 時松敏明 (DBCLS)
  • 森宙史(東工大)14日のみ
  • 山本希(東工大)14日のみ
  • 櫻井望(かずさ)14日のみ
  • 岡別府陽子(MSS)
  • 木下聖子(創価大)14日PMのみ
  • 青木信幸(創価大)14日PMのみ
  • 戀津魁(理研)15日のみ
  • 市原寿子(かずさ)
  • 鈴木真也(東工大)14日のみ
  • 櫛田達矢(NBDC)14日PM
  • 小野浩雅 (DBCLS)
  • 仲里猛留(DBCLS)
  • 千葉啓和(基生研)14日遅く?〜15日
個人用ツール