SPARQLthon32

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** 今後の方針の検討(アルカロイド整理)
** 今後の方針の検討(アルカロイド整理)
*** 手始めに解析するアルカロイドの候補
*** 手始めに解析するアルカロイドの候補
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**** Isquinoline Alkaloids(候補1)
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**** Isoquinoline Alkaloids(候補1)
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***** [http://cnocglas.org/molbrowser/index.php?ids=C00082%09L-Tyrosine%0D%0AC03765%09{4-Hydroxyphenylacetaldehyde}%0D%0AC06160%09%28S%29-Norcoclaurine%0D%0AC05202%093%27-Hydroxy-N-methyl-%28S%29-coclaurine%0D%0AC02105%09%28S%29-Reticuline%0D%0AC05178%09%28R%29-Reticuline%0D%0AC06173%09Thebaine%0D%0AC01516%09{Morphine}&mode=1&prompt=n L-Tyrosine -->  '''{4-Hydroxyphenylacetaldehyde}''' -->  (S)-Norcoclaurine -->  3'-Hydroxy-N-methyl-(S)-coclaurine -->  (S)-Reticuline -->  (R)-Reticuline -->  Thebaine -->  '''{Morphine}''' ] においては、4-Hydroxyphenylacetaldehyde と Morphine が母核候補構造
+
***** (1) DNP の Isoquinoline Alkaloids 骨格分類の精査
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***** (2) KEGG と MetaCyc/PlantCyc の Isoquinoline Alkaloids 関連代謝経路の調査
 +
***** (1) と (2) の突き合わせ
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***** [http://cnocglas.org/molbrowser/index.php?ids=C00082%09L-Tyrosine%0D%0AC03765%09{4-Hydroxyphenylacetaldehyde}%0D%0AC06160%09%28S%29-Norcoclaurine%0D%0AC05202%093%27-Hydroxy-N-methyl-%28S%29-coclaurine%0D%0AC02105%09%28S%29-Reticuline%0D%0AC05178%09%28R%29-Reticuline%0D%0AC06173%09Thebaine%0D%0AC01516%09{Morphine}&mode=1&prompt=n L-Tyrosine -->  '''{4-Hydroxyphenylacetaldehyde}''' -->  (S)-Norcoclaurine -->  3'-Hydroxy-N-methyl-(S)-coclaurine -->  (S)-Reticuline -->  (R)-Reticuline -->  Thebaine -->  '''{Morphine}''' ] においては、4-Hydroxyphenylacetaldehyde (Benzylisoquinoline Alkaloid (DNP))と Morphine(Morphine Alkaloid (DNP)) が母核候補構造
**** Terpenoid Alkaloids(候補2)
**** Terpenoid Alkaloids(候補2)
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***** 今回は候補に挙げただけ
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* [[がんゲノム]] (山中)
* [[がんゲノム]] (山中)
** [https://github.com/ryotas/sparql-gateway SPARQL Endpoint 中継サーバー] に SPARQL Replay(=キャッシュ生成)機能を追加
** [https://github.com/ryotas/sparql-gateway SPARQL Endpoint 中継サーバー] に SPARQL Replay(=キャッシュ生成)機能を追加

2015年5月15日 (金) 07:27時点における版

第32回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。

目次

開催概要

プロジェクト

TPP グループ全体

各データベースの該当分野とモデル図

SPARQLthon グループ

  • RDF ポータル
  • TogoGenome
    • データ更新対応、テキスト検索APIの仕上げ (岡別府・片山)
    • トーゴーの日までの開発計画 (片山・川島・守屋)
  • TogoStannza
    • 可視化ライブラリ(永野)
    • リファレンスゲノムを推薦するサービス用スタンザ (藤澤・望月)
  • BioSample - BioProject - SRA metadata
    • メタデータ
    • Assembly report からのゲノムリストの更新系
  • LinkSet-RDF (上原)
  • 天然物 (山田、時松)

今後の予定

  • SPARQLthon33 からの日程調整
  • BioHackathon 2015 参加登録開始 → http://2015.biohackathon.org/
  • ご自由におとりください
    • データ中心科学 リサーチコモンズ研究紹介「データに語らせる科学」
    • 今日から使える!データベース・ウェブツール 別刷り
  • RDF化ガイドライン最新版 → RDFizingDatabaseGuideline

参考リンク


参加者

  • 片山俊明 (DBCLS)
  • 川島秀一 (DBCLS)
  • 小澤健太郎 (SGI)
  • 上原英也 (SGI) 14日のみ
  • 守屋勇樹 (DBCLS)
  • 永野朗夫 (PENQE)
  • 山口敦子 (DBCLS)
  • 坊農秀雅 (DBCLS)
  • 山中遼太 (先端研)
  • 藤澤貴智(遺伝研)
  • 望月孝子(遺伝研)
  • 山田一作(野口研)14日PM〜15日
  • 山本泰智 (DBCLS)
  • 高月照江(理研BRC)
  • 時松敏明 (DBCLS)
  • 森宙史(東工大)14日のみ
  • 山本希(東工大)14日のみ
  • 櫻井望(かずさ)14日のみ
  • 岡別府陽子(MSS)
  • 木下聖子(創価大)14日PMのみ
  • 青木信幸(創価大)14日PMのみ
  • 新町大輔(創価大)14日PMのみ
  • 藤田晶大(創価大)14日PMのみ
  • 土屋伸一郎(創価大)14日PMのみ
  • 戀津魁(理研)15日のみ
  • 市原寿子(かずさ)
  • 鈴木真也(東工大)14日のみ
  • 櫛田達矢(NBDC)14日PM
  • 小野浩雅 (DBCLS)
  • 仲里猛留(DBCLS)
  • 千葉啓和(基生研)
  • 大田達郎 (DBCLS)
個人用ツール