SPARQLthon30/GenomeDataSubset

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クオリティーチェック

チェック項目 ファイル ソース 対応
MBGDでCompleteとして登録 ? 【確認】
Assembly levelによる分類 assembly_summary_*.txt assembly_level 【済】
gap割合 assembly_stats.txt all ungapped-length/all total-length assembly_statsをRDF化
CDS数 sequence entries CDS features 【確認】rdf変換時にカウント
unlocalizedの割合 *_assembly_stats.txt unlocalized-scaffold total-length/all total-length assembly_statsをRDF化
seq中のNの数 *_assembly_stats.txt (or sequence entry#sequence) all total-gap-length assembly_statsをRDF化
Contig数 *_assembly_stats.txt all contig-count assembly_statsをRDF化
CDS/genome length (kb) sequence entries+ *_assembly_stats.txt 【確認】

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