SPARQLthon30/GenomeDataSubset

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== クオリティーチェック項目 ==
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== クオリティーチェック ==
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* MBGDでCompleteとして登録
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{|- class="wikitable sortable"
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* Assembly levelによる分類
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!チェック項目
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* gap割合
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!ファイル
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* CDS数
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!ソース
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* unlocalizedの割合
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!対応
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* seq中のNの数
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* Contig数
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|MBGDでCompleteとして登録
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* CDS/genome length (kb)  
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|?
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|Assembly levelによる分類
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|-
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|assembly_statsをRDF化
 +
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|*_assembly_stats.txt (or sequence entry#sequence)
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|all total-gap-length
 +
|assembly_statsをRDF化
 +
|-
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|Contig数
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|*_assembly_stats.txt
 +
|all contig-count
 +
|assembly_statsをRDF化
 +
|-
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|CDS/genome length (kb)
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|sequence entries+ *_assembly_stats.txt
 +
|
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|【確認】
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|}
== 関連 ==
== 関連 ==
* [[SPARQLthon26/GenomeDataSubset]]
* [[SPARQLthon26/GenomeDataSubset]]

2015年3月13日 (金) 04:40時点における版

クオリティーチェック

チェック項目 ファイル ソース 対応
MBGDでCompleteとして登録 ? 【確認】
Assembly levelによる分類 assembly_summary_*.txt assembly_level 【済】
gap割合 assembly_stats.txt all ungapped-length/all total-length assembly_statsをRDF化
CDS数 sequence entries CDS features 【確認】rdf変換時にカウント
unlocalizedの割合 *_assembly_stats.txt unlocalized-scaffold total-length/all total-length assembly_statsをRDF化
seq中のNの数 *_assembly_stats.txt (or sequence entry#sequence) all total-gap-length assembly_statsをRDF化
Contig数 *_assembly_stats.txt all contig-count assembly_statsをRDF化
CDS/genome length (kb) sequence entries+ *_assembly_stats.txt 【確認】

関連

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