SPARQLthon28

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* SideEffect to Gene
* SideEffect to Gene
** [http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/index.php/SPARQLthon28/SideEffect2Gene SideEffect to Gene] (伊藤)
** [http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/index.php/SPARQLthon28/SideEffect2Gene SideEffect to Gene] (伊藤)
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* [http://penqe.com/togostanza/ TogoStanza](永野)
== 参考リンク ==
== 参考リンク ==

2015年1月16日 (金) 08:17時点における版

第28回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。

目次

開催概要

プロジェクト

TPP グループ全体

化合物

  • 天然物化合物 (時松、山田)
    • 天然物の基本骨格(Skeleton)のデータベース化
      • 当面、アルカロイドをターゲットに
      • pseudoalkaloids の一部について、生合成経路・生合成単位の情報を含む骨格データを用意したので、それをもとに今後の方針を議論
        • 個々の骨格の生合成単位の情報を機械可読にする方法の検討(山田)
        • 生合成経路・生合成単位の情報を含むアルカロイド骨格情報の収集(時松)
  • 日化辞(櫛田)
    • 日化辞ID-InChI-InChIKeyのマッピングファイルをNBDCアーカイブで公開した。
      • このマッピングファイルをEBIのUniChemに提供予定(連絡済)
    • TPPで取り扱う化合物に日化辞IDを付与したい
      • KNApSAcK の化合物には InChI, InChIKeyを付与済み(BH12.12)。今後、KNApSAcK の化合物に日化辞IDを付けていく予定。


各データベースの該当分野とモデル図

SPARQLthon グループ

  • TogoGenome
    • TogoGenome 真核版対応 (岡別府)
      • データ更新中
    • Gene を一意に決めるための URI をどうするか
      • http://togogenome.org/gene/<refseq_id>:<gene_id> (gene_id は /locus_tag か /gene) とする
      • locus_tag または gene が複数回出現している場合をチェックするデバッグコードを追加 (片山)
    • 真核データ・グラフ対応でスタンザを更新する
      • 守屋さん、永和さん部分はほぼ完了、上記 URI 変更に伴って再確認が必要
      • RDF で taxonomy <-> sequence URI のリンクが抜けていたので obo:so_part_of を追加 (岡別府・藤沢・片山)
    • GOLD Phenotype の RDF のデータ修正
      • スクリプトのバグを修正した結果、対応がとれるものが増えた (川島)
    • Phenotype レポートのスタンザを修正し取り込む
      • 継続中
    • 生物種リスト、遺伝子リストのスタンザを取り込む
      • 生物種リストは、TogoGenome トップページが Gene/Organism ... などタブ化したので代用可能
      • 遺伝子リストを生物種レポートページに埋め込むスタンザとしたい
    • スタンザの JSON によるメタデータ記述のための Stanza オントロジー 作成 (片山)
      • これを用いて、スタンザメタデータを記述する JSON を JSON-LD/Turtle にしたい (片山)

参考リンク


参加者

  • 片山俊明 (DBCLS)
  • 川島秀一 (DBCLS)
  • 小澤健太郎 (SGI) 15日のみ
  • 岡別府陽子(MSS)
  • 守屋勇樹(DBCLS)
  • 永野朗夫(PENQE)
  • 森宙史(東工大)15日のみ
  • 伊藤真和吏 (NIBIO) 16日のみ
  • 戀津魁(理研)
  • 山口敦子 (DBCLS)
  • 小林紀郎 (理研)
  • 櫻井望(かずさDNA研)15日のみ
  • 桝屋啓志(理研BRC)15日のみ
  • 矢田有加里(理研BRC)15日のみ
  • 高月照江(理研BRC)
  • 藤澤貴智(遺伝研)
  • 山本希(東工大)15日のみ
  • 山田一作(野口研)15日AM&16日
  • 大田達郎(DBCLS)
  • 山本泰智(DBCLS)
  • 木下聖子(創価大)15日AM
  • 新町大輔(創価大)15日AM
  • 青木信行(創価大)15日AM
  • 山中遼太(先端研)
  • 櫛田達矢(NBDC)15日のみ
  • 時松敏明(DBCLS)15日のみ
個人用ツール