SPARQLthon27

提供：TogoWiki

（版間での差分）

移動：案内, 検索

2014年12月19日 (金) 07:25時点における版

第27回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。

開催概要

開催期間：12月18日(木) 10:00 〜 19日(金) 18:00
開催場所：遺伝学研究所生命情報研究センター棟 (DDBJ棟) 4F会議室 (W403-405) + 生命情報研究棟西棟 DBCLS
アクセス：http://dbcls.rois.ac.jp/access
- 遺伝研行きのシャトルバスがあります。乗り口は北口から出てロータリー向かって左手です。
- 新幹線ーNIGシャトルバス接続情報
- 9:30出発のシャトルバスに乗ってお越しいただくと、DDBJ棟までご案内します。
  - 関東方面からお越しの方はこだま639号 (東京8:26発、品川8:34発) がスムーズです。
  - 関西方面からお越しの方はこだま632号 (名古屋7:29発) がスムーズですが、朝が早いので前泊する方が楽です。
お昼について
- 所内には小さい食堂がありますが、売店などはありません。お弁当などをお持ち頂くことをお勧めします。
  - 参考: ランチスポット情報 [三島グルメ]
夕食について
- 初日の夕食は参加者のみなさまで三島駅前に出かける予定です。
ホテルについて
- 駅の周りのホテル
  - ホテルアルファワン http://www.alpha-1.co.jp/mishima/ 南口。INSDCミーティングの時に使ってるホテルその1
  - ホテルマッシモ三島 http://www.massimo-m.jp 南口。INSDCミーティングの時に使ってるホテルその2
  - 東横イン http://www.toyoko-inn.com/hotel/00215/ 北口。あんまりお店がない方だけど遺伝研行きシャトルバス乗り場に近い方
  - ドーミーイン http://www.hotespa.net/hotels/mishima/ 南口。温泉があるらしい。
開催連絡：http://groups.google.com/group/biohackathon-jp メーリングリストにて

プロジェクト

TPP グループ全体

平成26年度〜の統合化推進プログラム (TPP) の RDF 化支援

生物種メタボロームモデル・データベースの構築 (有田)]
- 質量分析の測定器のオントロジー整備（PSIより古いものの）
ゲノムとフェノタイプ・疾患・医薬品の統合データベース (金久)
ゲノム・メタゲノム情報統合による微生物ＤＢの超高度化推進 (黒川)
疾患ヒトゲノム変異の生物学的機能注釈を目指した多階層オミクスデータの統合 (菅野)
- ENSEMBL variation RDFの調査
植物ゲノム情報活用のための統合研究基盤の構築 (田畑)
- 病害キュレーションデータのRDF/SPARQL と NCBI GI, UniProt との Service クエリ
個別化医療に向けたヒトゲノムバリエーションデータベース (徳永)
蛋白質構造データバンクの高度化と統合的運用 (中村)
糖鎖統合データベースおよび国際糖鎖構造リポジトリの開発 (成松)
- PDBj と糖鎖のRDF (山田、金城)

　・PDBj <-> glycoinfo.org/glytoucan.org連携のための情報交換

- 名大古川先生のデータ（KOマウス） -> 理研（桝屋）へ状況説明
- 天然物化合物　（時松、櫻井）
生命と環境のフェノーム統合データベース (桝屋)
- 遺伝研ゼブラフィッシュグループとの打合せ
- マウス打合せ
遺伝研で公開しているコンソミックマウスの表現型DBのRDF化へ向けての打ち合わせの実施

　・パラメーター名の確認　・値の確認　・ステージの確認　・RDF化にするにあたり、必要Propertyの確認

写真のあるデータ：マウスの剥製コレクション　地域別亜種

　・剥製のデータについては基本的に電子データになっている　・剥製になっているものもあれば、無いものもあるが、データにはそれらについてはデータが入っている　・マウスだけでなく、ラットやウサギもある　・毛色については、剥製のコレクションの中にも多様性がある。

SPARQLthon グループ

伊藤
- Sagace + NBDC横断検索マークアップツール → http://sagace.nibio.go.jp/devel/metadata.html β版運用中
- SIDER(BIO2RDF) 化合物＜ー＞副作用マッピングできないものについて、薬の一般名などでつなぐのはどうでしょうか？
- ICD-10 RDF: BioPortal に BioHackathon中に作成した修正データを引き渡し，BioPortalでも参照の上，修正中とのこと

山中
- ICGCポータルサイトのSemWeb 化

岡別府
- TogoGenome 真核版（最初のバージョン終了）真核関連スタンザ作成（/w 守屋）
- ファッセット検索の不具合修正

藤澤
- RefSeq の更新 <-> FASTA

山口
- SPARQL Builder の内部エンジンの高速化

大田
- 実験プロトコルのRDF化（電子Labノート、LIMS）

永野
- togostanza.org ページの作成

川島
- NBRC Strain データに、BioSample をふる（/w 藤澤）
- RefEx RDF化（/w 小野）

山本
- ontop（B2RQ のようなRDB等にSPARQLするミドルウェア、メモはontop）、MarkLogic（トリプルストア）をためす。ontopのSPARQL1.1対応状況はBH12.12/SPARQL11test。MarkLogicは次回。
- Life Science Dictionary に含まれるICD10のURIについて、伊藤さんから頂いたBioPortalにあるVersion10にも対応。
- Apache Marmottaの3.3.0などSPARQL1.1対応状況の確認（BH12.12/SPARQL11test）。

片山
- 指定した taxonomy ID の下位階層を含む全 RDF データをダウンロードするサービス http://togogenome.org/download で RefSeq の Turtle に加え RefSeq の FASTA と UniProt の Turtle) に対応
- SPARQLthon27/StanzaMetadata togostanza.org 用スタンザメタデータの JSON 仕様策定
- BH14.14 ウェブサイト・登録ページ等準備

DDBJ 見学

富士山〜スパコン〜シーケンサー室〜大量研〜高木研

参考リンク

これまでの SPARQLthon

参加者

片山俊明 (DBCLS)
川島秀一 (DBCLS)
岡別府陽子（MSS）
守屋勇樹 (DBCLS)
藤澤貴智（遺伝研）
山本泰智 (DBCLS)
桝屋啓志 (理研BRC)
高月照江 (理研BRC)
矢田有加里 (理研BRC)
伊藤真和吏 (NIBIO) 18日のみ
永野朗夫 (PENQE)
大田達郎 (DBCLS)
時松敏明 (DBCLS)
山口敦子 (DBCLS)
千葉啓和（基生研）
櫻井望（かずさ）18日のみ
山田一作（野口研）
金城玲（阪大）
森宙史（東工大）19日のみ
山中遼太（先端研）
平川英樹（かずさ）18日のみ
市原寿子（かずさ）
呉　紅艶（DBCLS)
神沼英里 (遺伝研)19日のみ

@@ 42行： / 42行： @@
 * [[TPP-narimatsu|糖鎖統合データベースおよび国際糖鎖構造リポジトリの開発]] (成松)
 ** PDBj と糖鎖のRDF (山田、金城)
-** 天然物化合物（名大古川先生のデータ -> 理研（桝屋））　（時松、櫻井）
+　・PDBj <-> glycoinfo.org/glytoucan.org連携のための情報交換
+** 名大古川先生のデータ（KOマウス） -> 理研（桝屋）へ状況説明
+** 天然物化合物　（時松、櫻井）
 * [[TPP-masuya|生命と環境のフェノーム統合データベース]] (桝屋)
 ** 遺伝研ゼブラフィッシュグループとの打合せ