SPARQLthon27

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(TPP グループ全体)
(TPP グループ全体)
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* [[TPP-narimatsu|糖鎖統合データベースおよび国際糖鎖構造リポジトリの開発]] (成松)
* [[TPP-narimatsu|糖鎖統合データベースおよび国際糖鎖構造リポジトリの開発]] (成松)
** PDBj と糖鎖のRDF (山田、金城)
** PDBj と糖鎖のRDF (山田、金城)
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** 天然物化合物(名大古川先生のデータ -> 理研(桝屋)) (時松、櫻井)
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 ・PDBj <-> glycoinfo.org/glytoucan.org連携のための情報交換
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** 名大古川先生のデータ(KOマウス) -> 理研(桝屋)へ状況説明
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** 天然物化合物 (時松、櫻井)
* [[TPP-masuya|生命と環境のフェノーム統合データベース]] (桝屋)
* [[TPP-masuya|生命と環境のフェノーム統合データベース]] (桝屋)
** 遺伝研ゼブラフィッシュグループとの打合せ
** 遺伝研ゼブラフィッシュグループとの打合せ

2014年12月19日 (金) 07:25時点における版

第27回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。

目次

開催概要

  • 開催期間:12月18日(木) 10:00 〜 19日(金) 18:00
  • 開催場所:遺伝学研究所 生命情報研究センター棟 (DDBJ棟) 4F会議室 (W403-405) + 生命情報研究棟西棟 DBCLS
  • アクセス:http://dbcls.rois.ac.jp/access
    • 遺伝研行きのシャトルバスがあります。乗り口は北口から出てロータリー向かって左手です。
    • 新幹線ーNIGシャトルバス接続情報
    • 9:30出発のシャトルバスに乗ってお越しいただくと、DDBJ棟までご案内します。
      • 関東方面からお越しの方は こだま639号 (東京8:26発、品川8:34発) がスムーズです。
      • 関西方面からお越しの方は こだま632号 (名古屋7:29発) がスムーズですが、朝が早いので前泊する方が楽です。
  • お昼について
    • 所内には小さい食堂がありますが、売店などはありません。お弁当などをお持ち頂くことをお勧めします。
  • 夕食について
    • 初日の夕食は参加者のみなさまで三島駅前に出かける予定です。
  • ホテルについて
  • 開催連絡:http://groups.google.com/group/biohackathon-jp メーリングリストにて

プロジェクト

TPP グループ全体

平成26年度〜の統合化推進プログラム (TPP) の RDF 化支援

 ・PDBj <-> glycoinfo.org/glytoucan.org連携のための情報交換

    • 名大古川先生のデータ(KOマウス) -> 理研(桝屋)へ状況説明
    • 天然物化合物 (時松、櫻井)
  • 生命と環境のフェノーム統合データベース (桝屋)
    • 遺伝研ゼブラフィッシュグループとの打合せ
    • マウス打合せ
  • 遺伝研で公開しているコンソミックマウスの表現型DBのRDF化へ向けての打ち合わせの実施

 ・パラメーター名の確認  ・値の確認  ・ステージの確認  ・RDF化にするにあたり、必要Propertyの確認

  • 写真のあるデータ:マウスの剥製コレクション 地域別亜種

 ・剥製のデータについては基本的に電子データになっている  ・剥製になっているものもあれば、無いものもあるが、データにはそれらについてはデータが入っている  ・マウスだけでなく、ラットやウサギもある  ・毛色については、剥製のコレクションの中にも多様性がある。

SPARQLthon グループ

  • 山中
    • ICGCポータルサイトのSemWeb 化
  • 岡別府
    • TogoGenome 真核版(最初のバージョン終了)真核関連スタンザ作成(/w 守屋)
    • ファッセット検索の不具合修正
  • 藤澤
    • RefSeq の更新 <-> FASTA
  • 山口
    • SPARQL Builder の内部エンジンの高速化
  • 大田
    • 実験プロトコルのRDF化(電子Labノート、LIMS)
  • 永野
    • togostanza.org ページの作成
  • 川島
    • NBRC Strain データに、BioSample をふる(/w 藤澤)
    • RefEx RDF化(/w 小野)
  • 片山
    • 指定した taxonomy ID の下位階層を含む全 RDF データをダウンロードするサービス http://togogenome.org/download で RefSeq の Turtle に加え RefSeq の FASTA と UniProt の Turtle) に対応
    • SPARQLthon27/StanzaMetadata togostanza.org 用スタンザメタデータの JSON 仕様策定
    • BH14.14 ウェブサイト・登録ページ等準備

DDBJ 見学

  • 富士山 〜 スパコン 〜 シーケンサー室 〜 大量研 〜 高木研

参考リンク


参加者

  • 片山俊明 (DBCLS)
  • 川島秀一 (DBCLS)
  • 岡別府陽子(MSS)
  • 守屋勇樹 (DBCLS)
  • 藤澤貴智(遺伝研)
  • 山本泰智 (DBCLS)
  • 桝屋啓志 (理研BRC)
  • 高月照江 (理研BRC)
  • 矢田有加里 (理研BRC)
  • 伊藤真和吏 (NIBIO) 18日のみ
  • 永野朗夫 (PENQE)
  • 大田達郎 (DBCLS)
  • 時松敏明 (DBCLS)
  • 山口敦子 (DBCLS)
  • 千葉啓和(基生研)
  • 櫻井望(かずさ)18日のみ
  • 山田一作(野口研)
  • 金城玲(阪大)
  • 森宙史(東工大)19日のみ
  • 山中遼太(先端研)
  • 平川英樹(かずさ)18日のみ
  • 市原寿子(かずさ)
  • 呉 紅艶(DBCLS)
  • 神沼英里 (遺伝研)19日のみ
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