SPARQLthon26

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* [[TPP-kurokawa|ゲノム・メタゲノム情報統合による微生物DBの超高度化推進]] (黒川)
* [[TPP-kurokawa|ゲノム・メタゲノム情報統合による微生物DBの超高度化推進]] (黒川)
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** 環境メタゲノムの系統組成比較スタンザ、竹原さんの作った菌の相対存在量と環境メタデータとの相関係数スタンザ、プロットのスタンザのデバッグ (鈴木)
+
** 竹原さんの作った環境メタゲノムの系統組成比較スタンザ、菌の平均相対存在量と環境メタデータとの相関係数スタンザ、その存在量と環境メタデータについてのプロットのスタンザのデバッグ (鈴木)
 +
***デバッグ出来た。
 +
***動かなかった原因はメタデータのキュレーションをした際にxsdでつけていたデータ型を変更したことと、RDF構造の変化によりPREFIXが変わっていた事
* [[TPP-sugano|疾患ヒトゲノム変異の生物学的機能注釈を目指した多階層オミクスデータの統合]] (菅野)
* [[TPP-sugano|疾患ヒトゲノム変異の生物学的機能注釈を目指した多階層オミクスデータの統合]] (菅野)
** TSS の RDF 化は込山さんが担当中
** TSS の RDF 化は込山さんが担当中

2014年11月17日 (月) 07:13時点における版

第26回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。

目次

開催概要

プロジェクト

TPP グループ全体

各データベースの該当分野とモデル図

  • データベースリスト
  • オントロジー図
    • ゲノム RDF の図 (桝屋)
      • EBI にあわせて少し更新が必要かも
    • 国名について何を使うか (NBDC DB archive では dbpedia:country を使っている)
    • 機関名について何を使うか (NBDC DB archive では rdf:type foaf:Organization のブランクノードで表された機関に rdfs:label として持っている)
      • ナイステップ のどこかに Excel データがある (DBCLS は含まれていない)
      • JST J-GLOBAL の機関名で検索すると DBCLS も含まれており、RDF 化も進めている (櫛田)
        • RDF を公開するか金儲けするか検討中 → 公開してください。。

SPARQLthon グループ

  • SPARQL Builder
    • SWAT4LS 論文の校正
    • 山本さんのprofilerの結果を使って動作確認をする
    • (実装が進めば) SPARQLthonに参加されている方に実際に使っていただいてテストと改良点のご指摘をお願いしたい
    • チュートリアルを書いていく
    • SPARQL metadataをSPARQL endpointに置く方法を決める
    • (余裕があれば) 試しに使ってみたいユーザのために "Try sample query" ボタンを作る
  • Lab note to RDF (Tazro, Jean-Luc)
    • LIMS + lab note + reproducibility ...
  • TogoGenome
    • 培地オントロジーの整理 (川島)
    • RefEx の RDF 化継続 (川島)
    • FANTOM5 Nanopub 解読 (川島)
    • 真核ゲノム対応、更新系 (岡別府)
      • MicrobeDB/MBGD でも真核・原核サブセットの取得が必要 - 取得方針の統合をしよう
    • 生物種リスト系スタンザの追加 (守屋)
  • TogoStanza
    • togostanza.org の設計 (永野)
    • TogoStanza の機能設計みなおし (片山)
  • PubMed に出てこない文献の識別子
    • KNApSAcK 化合物では、トータル 1200 雑誌数、このうち 150 雑誌くらいが頻出 → PubMed にあるかどうかチェック
    • カルチャーコレクションのリファレンスで PubMed にない文献情報の RDF 化

参考リンク


参加者

  • 片山俊明 (DBCLS)
  • 川島秀一 (DBCLS)
  • 小林紀郎 (理研)
  • 山口敦子 (DBCLS)
  • 守屋勇樹 (DBCLS)
  • 大田達郎 (DBCLS)
  • 山本泰智 (DBCLS)
  • 時松敏明 (DBCLS)
  • 山本 希(東工大)17日のみ
  • 鈴木真也(東工大)17日のみ
  • 永野朗夫(PENQE)17日のみ
  • 藤澤貴智(遺伝研)
  • 岡別府陽子(MSS)
  • 高月照江 (理研BRC)
  • 桝屋啓志 (理研BRC)17日のみ
  • 矢田有加里 (理研BRC)17日および18日(未定)
  • 平川英樹 (かずさ)18日のみ(予定)
  • 市原寿子 (かずさ)
  • 千葉啓和(基生研)17日のみ
  • 加藤文彦 (ROIS) 17日のみ
  • Jean-Luc Perret
  • 櫛田達矢 (NBDC)
個人用ツール